データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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生物種
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運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Archaea | Avsunviroidae | Pospiviroidae | ...
説明:
異なる生物種由来の冗長性を排除したDNA, RNA, タンパク配列を収録したデータベースです。プラスミド、オルガネラ、ウイルス、古細菌、真正細菌、真核生物のアノテーション付けされた配列が含まれています...
運用終了
READ: Riken Expression Array Database
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
理研マウスcDNAマイクロアレイで取得した遺伝子発現データのデータベースです。実験情報とデータが登録されており、Web画面上でデータの抽出やグラフィカル表示機能を提供しています。
2013年に全てのR...
運用機関:
Reactome Team
生物種:
Homo sapiens | Arabidopsis thaliana | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Canis lupus familiaris | ...
説明:
ヒトの生体内の主要反応経路や生化学反応を整備したデータベースです。ヒト以外の20生物種のデータも格納しており、ヒトとの比較ができます。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているた...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナの完全長cDNAと変異株に関するサイトです。cDNAの遺伝子名、配列、関連する変異株の情報や、変異株のフェノタイプ、変異位置、3'末端配列の情報が収録されています。キーワード検索の他、フ...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネアノテーションプロジェクト（RAP）によるイネゲノムの高精度注釈（アノテーション）情報を収録したデータベースです。論文からのマニュアルキュレーションによりアノテーション情報を追加しています。ゲノム...
運用終了
RAD: Rice Annotation Database
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネゲノム研究プログラム(RGP)で蓄積されたイネゲノム(1,3,4&10番染色体)のアノテーション情報及び包括的なゲノム解析情報を提供しています。ゲノム上の予測遺伝子や完全長cDNAのアノテーション...
運用機関:
富山大学 和漢医薬学総合研究所
生物種:
説明:
民族薬物データベースには、民族薬物資料館に保管されている生薬の標本情報及び学術情報が収録されています。その内、和漢薬4,800点（英語3,500点）、ユナニー生薬177点、タイ生薬668点、アーユルヴ...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
MEDLINEおよび生命科学分野のジャーナル文献の書誌情報（タイトル、著者名、雑誌名、抄録など）を収録したデータベースです。全文をフリーで公開している文献については、提供サイトへのリンクが張られていま...
休止
ProTherm: Thermodynamic Database for Protein and Mutants
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
正常蛋白質及び実験的に作成した変異蛋白質の熱力学データ（ギブスの自由エネルギー変化、エンタルピー変化、変性温度、水中での変性温度等）を文献から抽出し、収録したデータベースです。蛋白質の立体構造や安定性...
休止
ProNIT: Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
実験的に決定されたタンパク質-核酸間の熱力学的相互作用データを収録したデータベースです。タンパク質情報、核酸情報、文献情報、実験条件、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
基準振動解析によって得られたタンパク質立体構造の動的構造に関するデータを集めたデータベースです。タンパク質分子が基準振動モードでゆらぐ様子を、無料のプラグインChimeを使うことによって、アニメーショ...
運用機関:
Rhone-Alpes Bioinformatics Center
生物種:
説明:
Swiss-ProtとTrEMBLのデータから自動生成したタンパク質ドメインファミリーのデータベースです。ProDomデータベースはInterProプロジェクトの一部です。
運用機関:
財団法人蛋白質研究奨励会
生物種:
説明:
タンパク質研究奨励会のホームページです。タンパク質文献データベースである「PRF/LITDB」、アミノ酸配列データベースである「PRF/SEQDB」、合成物質データベースである「PRF/SYNDB」が...
運用機関:
九州大学 生体防御医学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本人におけるマイクロサテライトマーカーヘテロ接合度の情報（4868マーカー）をデータベース化したものです。日本人集団を対象とした連鎖解析や相関解析に有用なマーカー選択の基盤を整備しました。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
タンパク質工学への貢献を目的として作られた文献データベースです。対象は、自然変異、人工変異、ランダム変異、部位指定変異などの全ての変異体を含み、グロビン属と免疫グロブリン属以外の全てのタンパク質として...
運用機関:
James Hutton Institute
生物種:
Arabidopsis thaliana | Chlamydomonas reinhardtii | Medicago truncatula | Solanum lycopersicum | Lycopersicon hirsutum f. glabratum | ...
説明:
植物の核小体低分子RNAに関するデータベースを提供しているサイトです。配列情報、発現データ、rRNA変異サイトなどの情報が提供されています。
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Embryophyta
説明:
高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、PubMedへのリンク、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加したデータベースです。...
運用機関:
Georgetown University Medical Center
生物種:
説明:
タンパク質とゲノムの研究をサポートする統合公開バイオインフォマティクスリソースです。PIRは、1984年にタンパク質配列の同定とアノテーションをサポートするためのリソースとしてNational Bio...
運用機関:
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物種:
Physcomitrella patens
説明:
無処理、オーキシン処理、サイトカイニン処理の原糸体由来のヒメツリガネゴケ完全長cDNAライブラリーから得られた８万以上のEST配列や相同性検索結果、実験プロトコルを公開しています。ヒメツリガネゴケのm...
運用終了
Pfam
運用機関:
EMBL-EBI
生物種:
説明:
現在最もよく整備されたタンパク質ドメインデータベースの一つで、膨大な数のタンパク質ファミリーのコレクションを保持しています。手作業で分類を行った高品質のPfam-Aと、機械的に分類を行ったPfam-B...
運用機関:
国立循環器病センター研究所
生物種:
Mus musculus | Rattus norvegicus | Sus scrofa
説明:
生体内のペプチドを液体クロマトグラフィや質量分析で網羅的に分離・同定し、それらの電荷、疎水性、分子量とともに整理しています。
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Sus scrofa
説明:
ブタのゲノム (コンティグ)やcDNA、cSNP (cDNA上のSNP)の配列情報を格納したデータベースです。絞り込み検索により配列やその注釈情報 (他種の配列との類似性検索結果等)を参照できます。ま...
運用終了
PEDANT3 database: a Protein Extraction, Description and Analysis Tool
運用機関:
German Research Center for Environmental Health
生物種:
説明:
数多くの解析ツールで自動的に解析されたゲノムシーケンス情報を提供しています。このサイトには事前に計算されて得られた相同マトリクスデータベースがあり、新しくシーケンスされたゲノム情報に対しても解析をすぐ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌ゲノムの全体像を明らかにするために、染色体上の全遺伝子について、特に実験的な機能解析に重要な情報を集積させる目的で構築したデータベースです。各遺伝子につき、名前、位置および向き、生育に必須か否か...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
説明:
タンパク質立体構造データベースPDBを、京都大学科学研究所で配列解析用に編成しなおしたデータベースです。PDBの１つのエントリーには複数のポリペプチド鎖がふくまれるので、これを別々のエントリーにし、同...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
All
説明:
日本蛋白質構造データバンク (PDBj: Protein Data Bank Japan) は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク (BMRB)、...
運用機関:
wwPDB consortium
生物種:
All
説明:
タンパク質と核酸の３次元構造の構造座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共レポジトリです。
RCSB PDB （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc0...
運用終了
ナショナルバイオリソースプロジェクト 病原微生物: National Bioresource Project - Pathogenic microbes
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
複数の研究機関で収集、保存されている病原微生物について、各研究機関をネットワーク化することにより、病原微生物遺伝資源の収集、保存、提供体制を構築することを目的としています。細菌/放線菌、真菌、原虫のリ...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens
説明:
Johns Hopkins大学のVictor A. McKusick 博士が中心となって記述、編集を行っている、ヒトの遺伝子変異と遺伝病のデータベースです。全ての既知のメンデル型遺伝病と12,000以...
運用機関:
University of Sydney
生物種:
説明:
ヒト、マウス以外の動物の遺伝子疾患を収録したデータベースです。テキストによる解説、文献情報、OMIM, PubMed, Geneへのリンク情報が含まれます。手作業によるキュレートが行われています。
運用機関:
新潟大学 大学院医歯学総合研究科
生物種:
説明:
様々な生物種のオペロンの情報を文献から収集し、データベース化しました。また、既知オペロン構造から推測されるオペロン構造もデータベース化しています。さらに、オペロンに関連する遺伝子間距離、マイクロアレイ...
運用機関:
Pole BioInformatique Lyonnais
生物種:
Bacillus subtilis
説明:
枯草菌に関する情報を提供しているサイトです。シーケンス名、遺伝子アクセション番号、全文検索で検索することが可能です。SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENへの相互参照に加えて、遺伝子...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Triticum | Aegilops | Avena
説明:
コムギの統合データベースです。1996年にコムギ（Triticumと関連種Aegilops）の遺伝資源に関心の高い研究者らにより作成され、現在は系統情報に加えてゲノム関連情報として遺伝子記号のカタログ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Oryza
説明:
イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイトです。種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Oryzias
説明:
メダカバイオリソースに関する情報を提供しています。組織、発生段階等の情報から絞り込んで目的の資源を分与申し込みすることが可能です。また、Medaka Atlasなどの情報へのリンク、BLAST検索ツー...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌や大腸菌組み換えDNA操作ベクター、ラムダファージのコレクションの検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。各生物資源に関する情報や、資源利用した時に得られた成果発表に関する情報を提...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Chrysanthemum
説明:
広義キク属の分与、保存を目的としています。属種別の画像が掲載されており、その種類はこのサイトで定義されているAccessionNumberで管理されています。
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Archaea | Bacteria | Fungi | Cyanobacteria | Glaucocystophyceae | ...
説明:
NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイト...
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Mycoplasma penetrans
説明:
マイコプラズマ (M. penetrans、M. pneumoniae) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されています。M. penetransについては、完全長ゲノム配列、アミノ酸配列、アノテーシ...
運用終了
MRCD: Microbial Resources and Chemotaxomy Database
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
知的基盤分類番号をIDとする微生物情報のデータベースです。オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式...
運用機関:
九州大学 大学院
生物種:
Ipomoea nil
説明:
アサガオ突然変異系統の収集・保存・提供を行っているページです。系統リスト、画像カタログ、交配系統カタログのほか、遺伝子リストや連鎖地図など、分かりやすい解説ページとして掲載されています。アサガオの栽培...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Lotus japonicus
説明:
財団法人かずさDNA研究所は、マメ科植物では世界初となるミヤコグサ（Lotus japonicus）のゲノムの解読に成功しました。「miyakogusa.jp」では、得られた成果や情報を公開しており、...
運用機関:
東京大学 大気海洋研究所
生物種:
Gnathostomata | Hyperoartia
説明:
DDBJ、GenBank、EMBL に登録された魚類の完全長ミトコンドリア・ゲノム情報の容易な検索を可能にし、あわせて関連情報（記載論文情報、標本情報、生物情報など）を提供します。また、このデータセッ...
運用機関:
Faculty of Life Sciences (The University of Manchester)
生物種:
説明:
公開されているmicroRNAの配列について、配列から予測されるmiRNA前駆体のヘアピン構造(mirで示されます)、成熟miRNAの配列(miRで示されます)、文献情報等が登録されています。様々な検...
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus
説明:
マウス研究の総合サイトです。マウス遺伝子に関する情報の他、遺伝子発現データ、多型・変異情報、パスウエイ、遺伝性癌症候群モデルラットに関するデータ、マウス各系統の表現型に関する詳細な情報等を提供していま...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
ゲノム配列が公開されているバクテリアおよび古細菌を対象とした遺伝子の検索や各種解析ツールを提供しています。プロテアーゼによる分解シミュレーション、制限酵素による切断サイトのシミュレーションも行えます。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
文献や、生物学情報の内容を表すキーワードのデータベースです。このキーワードを利用することで関連する生物学情報を得ることができます。キーワードは階層構造をなしており、より詳細に情報をたどることも、より抽...
運用機関:
The European Molecular Biology Laboratory
生物種:
Oryzias latipes
説明:
このデータベースはメダカの遺伝子発現情報をin-situ hybridizationで確認した情報を公開しています。また、制御配列の発現データも収録しています。各データには遺伝子名、Ensembl I...
運用機関:
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物種:
Archaea | Bacteria | Apicomplexa | Mycetozoa | Fungi | ...
説明:
オーソログ解析に基づいて微生物ゲノムの比較解析を行うためのデータベースです。公開されたゲノム全体を含む標準オーソログテーブルに基づいて、各オーソロググループの系統プロファイルの比較などを行えるほか、動...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）