データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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生物種
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休止
Database of local DNA conformers: Dolce
運用機関:
生物種:
All
説明:
人が監督する手法と監督しない手法を組み合わせた自動的分類手法に基づく DNA 構造モチーフのデータベースです。2013 年 2 月までにリリースされた、X線 および NMR を用いたDNA構造解析に...
休止
CropPAL
運用機関:
Australian National Data Service (ANDS), Edwards Group, University of Western Australia
生物種:
Hordeum vulgare | Oryza sativa | Triticum aestivum | Zea mays
説明:
様々な作物におけるタンパク質の細胞内局在をワンストップで調べることができるデータベースです。大規模スケールのMS/MS（質量分析）結果、蛍光タグ実験の結果、ナズナの実験的タンパク質-タンパク質相互作用...
運用終了
Clinical Knowledgebase: JAX-CKB
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
半自動/手作業でキュレーションされた腫瘍に関するゲノムプロファイルのデータベースです。遺伝子/変異体のアノテーション、治療に関する知見、診断/予後情報、および臨床試験に関するデータを取り扱っています。...
運用機関:
Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
CLIMA 2 は、独自のデータベースに、認証されたヒト細胞株 STR プロファイルの全てを収載することを目指した統合データベースです。データベースの内容は、ホームページのテーブル内でダイナミックに要...
Coral Trait Database
運用機関:
生物種:
Scleractinia
説明:
イシサンゴ目の珊瑚の生活史形質、系統発生的および生物地理的データを集めたデータベースです。野外調査や採取したもの、文献から抽出した情報など観察データや形質情報を収録しています。種、特徴、リソース、採集...
休止
RNA Binding Protein Variant Database: RBP-Var
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
RNA 結合タンパク質によって媒介される転写後調節に関与する機能的変異体のデータベースです。RBP結合部位（rbSNP）におけるdbSNP、SNPによる二次構造変化（RiboSNitch）、miRNA...
休止
Whole-Cell Knowledge Base: WholeCellKB
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
Mycoplasma genitalium
説明:
全細胞モデルを実現するべく設計された、モデル生物データベースのオープンアクセスコレクションです。現在、グラム陽性細菌で一般的なヒト病原体であるマイコプラズマ・ジェニタリウムのデータベースが収録されてい...
運用機関:
Department of Biochemistry, University of Cambridge, National Center for Biological Sciences (NCBS), Department of Crystallography, Birkbeck College, University of London
生物種:
All
説明:
タンパク質スーパーファミリーの構造的モチーフのアラインメントを収録するデータベースです。元のスーパーファミリーアラインメントデータベース CAMPASS (CAMbridge database of ...
運用機関:
Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトタンパク質関連のデータをシームレスに統合するプラットフォームです。PTM、タンパク質-タンパク質相互作用、細胞内分布などの情報に加えて、siRNA実験データ、3D実験データ、パスウェイデータ、集団...
運用機関:
Theoretical Biology and Biophysics, T-10, Los Alamos National Laboratory
生物種:
Nairovirus | Viruses | Zika virus
説明:
エボラ出血熱およびその他の出血熱を引き起こすウィルスのデータベースです。ウィルス種、地域による発生頻度、アミノ酸および塩基の配列を収録しています。種名、配列、サンプル情報や、地域による検索が可能です。
休止
zfishbook
運用機関:
Mayo Clinic
生物種:
Danio rerio
説明:
ゼブラフィッシュのトランスポゾン標識変異体のリアルタイムデータベースです。発現タグが付いた復帰可能な突然変異を作成する遺伝子破壊トランスポゾン（GBT）を導入したセルラインを登録しています。各レコード...
運用機関:
The Biotechnology Center (BIOTEC), Technische Universitat Dresden, European Molecular Biology Organisation (EMBO), University of Copenhagen
生物種:
All
説明:
化学物質とタンパク質間の既存および予測される相互作用を探索することができるリソースです。実験、データベースおよび文献から得られたエビデンスに基づいて、化学物質を他の化学物質およびタンパク質とリンクづけ...
休止
GENI-ACT
運用機関:
Microbial Genome Annotation Network (MGAN)
生物種:
Bacteria
説明:
研究者のコミュニティが、協力して細菌のゲノムにアノテーションを付すことができるリソースです。既存のゲノムに対し変更を提案することができる他、これらの変更を NCBI Genbank に反映することも可...
休止
MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins
運用機関:
Indian Institute of Technology Kanpur
生物種:
All
説明:
MIP（主要内在性膜タンパク質）ファミリーの構造比較モデルのデータベースです。ほぼ完成されているこの MIP のデータセットは、NCBI が提供している生物の完全長ゲノム配列を用いて特定されたものです...
運用終了
DistiLD Database: Diseases and Traits in Linkage Disequilibrium Blocks: DistiLD
運用機関:
Disease Systems Biology Group, Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患に関連する SNP および遺伝子を染色体の観点から容易に照会･可視化することができるデータベースです。過去に行われたゲノムワイド関連解析（GWAS：genome-wide association ...
休止
The Pain and Interoception Imaging Network: PAIN
運用機関:
Gail and Gerald Oppenheimer Center for Neurobiology of Stress at UCLA, University of California
生物種:
Homo sapiens
説明:
UCLA で行われた構造的および機能的磁気共鳴スキャン（MRI、fMRI、および DTI）の脳画像アーカイブであり、すべての疼痛研究者に公開されています。
運用機関:
University of Vienna, Department of Microbiology and Ecosystem Science
生物種:
All
説明:
rRNA を標的としたオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーに関する手作業でメンテナンスおよびキュレーションされたデータベースです。各オリゴヌクレオチドエントリーについて、最新の rRNA 配列デ...
運用機関:
Lab of bioinformatics and computational genomics (BIOBIX)
生物種:
説明:
リボソームプロファイリングを用いて同定された 短いオープンリーディングフレーム(sORF) のデータベースです。リボソームプロファイリングからsORF を同定し、最先端のツールと測定基準を組み込み、結...
休止
WholeCellSimDB
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
説明:
全細胞モデルのシミュレーション結果を収録したデータベースです。研究者が、全細胞モデルの予測結果を簡単に調べて分析できるように設計されています。予測には以下の項目が含まれます。
- 代謝産物濃度
...
運用終了
Digenic diseases database: DIDA
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
多因子遺伝の最もシンプルな形態である二遺伝子遺伝疾患の消化器疾患に関与するデータベースです。２つの遺伝子の遺伝子名、変異塩基、タンパク質、疾患名を収録しています。 遺伝子、多型、二遺伝子の組み合わせ、...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
公開されている転写因子のクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-seq）実験結果をEncodeデータセットと統合した、包括的解析のためのリソースです。転写因子（TF）、転写コアクチベーター（TCA）、...
休止
ProteoRed
運用機関:
Centro de Investigacion Medica Aplicada (CIMA)
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
スペインのプロテオミクス研究施設の連携、統合、発展を目的とした国家的ネットワークサイトです。プロテオミクス分野の技術提供、Human Proteome Project (HPP) を含む国際プロジェク...
運用終了
openSNP
運用機関:
Seven Bridges, openSNP Administrators
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのゲノムデータのクラウドソースコレクションです。SNP のジェノタイピングデータ、エクソンの配列決定データ、表現型に付されたアノテーション、定量化された自己追跡データを提供します。ジェノタイピング...
運用終了
National Database for Clinical Trials related to Mental Illness: NDCT
運用機関:
US National Institute of Mental Health (NIMH)
生物種:
Homo sapiens
説明:
米国国立精神衛生研究所（National Institute of Mental Health）が資金を提供する臨床試験のデータを共有するための情報科学プラットフォームです。本データベースは、米国国立...
運用機関:
University of California San Diego
生物種:
Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Mus musculus
説明:
NIDDK のミッションに関連する大規模なデータプールへのアクセスを提供するリソースです。dkNET ポータルには、抗体、ベクター、マウスの系統、データ、プロトコル、文献などといった研究リソースに関す...
運用機関:
The Reference Center on Environmental Information (CRIA)
生物種:
All
説明:
ブラジル･サンパウロ州内で収集された主要な生物多様性データ、および SinBiota データベースに登録された他のネットワークや観測データから統合されたデータを取得するためのサイトです。データの概要、...
休止
Swedish Ocean Archive: SHARK
運用機関:
Swedish Meterological and Hydrological Institute (SMHI)
生物種:
All
説明:
スウェーデン周辺の海の海洋環境モニタリングで得られたデータを含むデータベースです。コンピュータで利用するためのメタデータ、データ、パッケージとして収録しています。人間が読むことができるコンテンツはSH...
休止
SICAS Medical Image Repository: SMIR
運用機関:
Swiss Institute for Computer Assisted Surgery
生物種:
Homo sapiens
説明:
Sicas Medical Image Repository は、医療分野の画像、セグメンテーション画像、SSM などのデータから統計的形状モデルを構築･共有できる集中ストレージシステムです。DICO...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua, Institue of Molecular Biology, gGmbH, Structural Bioinformatics and Molecular Modelling Group, CRBM
生物種:
All
説明:
アノテーションを付したタンデムリピートタンパク質構造のデータベースです。最先端のリピート検出法と手作業のキュレーションを利用して、タンパク質データバンクに体系的にアノテーションを付けるとともに、リピー...
運用機関:
Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge
生物種:
Anopheles gambiae | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエ、ハマダラカ、および線虫のゲノム、発現およびタンパク質データの統合データベースです。データが統合されているため、生物学的知識の領域にまたがる高度なデータマイニングクエリの実行が可能です...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
塩基配列のデータベースです。以下のアーカイブにより構成されています：
・配列リードアーカイブ（SRA：Sequence Read Archive）：454、IonTorrent、Illumina、S...
休止
iSpyBio
運用機関:
生物種:
All
説明:
生命科学のためのインテリジェントで偏りのない検索エンジンです。論文、レビュー、特性決定画像、テスト済みアプリケーションなどのデータ数により試薬をランク付けします。抗体、タンパク質、ELISA キット、...
休止
bNAber
運用機関:
Ragon Institute, SBMRI, Sanford-Burnham Prebys Medical Discovery Institute, TSRI
生物種:
Homo sapiens | Human immunodeficiency virus
説明:
抗HIV広域中和抗体（bNAb）の中和プロファイル、配列、および３次元構造（解明されている場合）を含む詳細データを提供するデータベースです。また、中和データを解析するためのヒートマップや、bNAb の...
運用機関:
Laboratory of Andrej Sali, University of California at San Francisco (UCSF)
生物種:
All
説明:
アノテーションが付されたタンパク質構造比較モデルのデータベースです。モデルは、MODELLERプログラム（http://salilab.org/modeller/）に基づいた、自動モデリングパイプライ...
運用機関:
CiteAB, STORM Consultancy
生物種:
All | Mus musculus | Xenopus
説明:
引用数でランク付けされた最大の抗体検索エンジンであり、有用な抗体を簡単に見つけることができます。抗体の順位を決める透明性の高い方法として、引用の数を使用しています。また、強力なフィルターにより、アプリ...
運用機関:
The National Autonomous University of Mexico at the Center for Genomic Sciences, University of Mexico
生物種:
Escherichia coli
説明:
RegulonDB は、細菌（大腸菌K12株）の遺伝子調節に関する知識を計算可能で体系化された形式で格納したデータベースです。文献からのマニュアルキュレーションおよびハイスループット実験データと計算機...
運用機関:
Manchester Center for Integrative Systems Biology
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母のゲノムスケール代謝モデル（GEM）のレポジトリです。yeast.sf.netから引き継いだプロジェクトです。ゲノムデータと文献から再構成された、高度にアノテーションされた酵母代謝ネットワーク...
運用機関:
University of Athens
生物種:
All
説明:
G タンパク質、GPCR およびエフェクター分子とそれらの相互作用に関するパブリックデータベースです。配列は、広範な文献検索に基づいて、異なるクラス、ファミリーおよびサブファミリーの階層に従って分類さ...
運用機関:
National Toxicology Program (NTP), NIEHS, NIH
生物種:
All
説明:
毒物ゲノミクスデータの統合公開リポジトリです。研究デザインおよびスケジュール、臨床化学的および組織病理学的所見、ならびにマイクロアレイデータおよびプロテオミクスデータが含まれます。また、化学物質および...
運用機関:
University of California Los Angeles, University of Missouri, University of North Carolina, The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus
説明:
科学的に価値のある遺伝子改変マウス系統およびマウスES細胞株を配布および凍結保存するリソースです。変異遺伝子の位置や種類、表現型、コロニーの状態などの情報を収録しています。
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute
生物種:
Vertebrata
説明:
配列決定が完了した脊椎動物のゲノム配列に手作業で付された高品質なアノテーションを収集したリポジトリです。マウスのノックアウトおよびヒトLOF転写産物を含む遺伝子、MHCおよびLRC領域、NODマウスの...
運用機関:
Association of Universities in the Netherlands (VSNU), Data Archiving and Networked Services (DANS)
生物種:
説明:
すべてのオランダの大学、KNAW、NWO、および他の多くの研究機関のリポジトリに収録されているものの、他のデータベースでは参照されていない科学的情報へのオープンアクセスを提供します。文献、データセット...
運用機関:
PBIL
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
完全に配列決定された生物（細菌、古細菌および真核生物）から得られた相同遺伝子のデータベースです。遺伝子ID、生物種、機能の情報を相同性に基づく系統樹の形式で収録しています。このコレクションは、UniP...
運用終了
National Database for Autism Research: NDAR
運用機関:
US National Institute of Mental Health (NIMH)
生物種:
Homo sapiens
説明:
自閉スペクトラム障害関連データのための拡張可能でスケーラブルな情報科学プラットフォームです。すべてのレベルの生物学的および行動的組織（分子、遺伝子、神経組織の他、行動、社会および環境相互作用）、ならび...
運用機関:
生物種:
Oryza
説明:
イネの日本晴種亜種のゲノム配列と12のイネ染色体のアノテーションを提供するデータベースです。遺伝子位置、構造、予測されるタンパク質の長さなどを収録しています。これらのデータは、検索ページとアノテーショ...
運用機関:
生物種:
説明:
世界中 90 以上の集団の HLA 配列、HLA 遺伝子座、HLA 対立遺伝子座、およびハプロタイプ頻度の遺伝学的検査のサポートツールへのアクセスを提供するリソースです。この他にも、造血幹細胞移植およ...
運用機関:
National Center for Biological Sciences (NCBS)
生物種:
All
説明:
単一メンバータンパク質ドメインのスーパーファミリーの配列構造テンプレートを提供するデータベースです。アミノ酸配列、残基数、モチーフの３次元構造、空間的距離によるクラスタリング情報などを提供します。配列...
運用機関:
Center for Biomedical Informatics and Information Technology (CBIIT), Centers of Cancer Nanotechnology Excellence (CCNEs), Nanotechnology Characterization Laboratory (NLC), National Institute of Health
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
世界の生物医学ナノテクノロジー研究コミュニティ全体の情報共有を促進するべく設計されたデータ共有ポータルです。 生物医学においてナノテクノロジーがより迅速に利用され、その有効性が確認されることを目指して...
運用機関:
生物種:
説明:
異なる構造予測技術によって得られた３次元タンパク質モデルを収集するデータベースです。タンパク質の配列、生物種、PDBへのリンク、予測されたモデルのデータを収録しています。
運用機関:
International Union of Basic and Clinical Pharmacology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Plasmodium falciparum | Rattus
説明:
薬理学関連の情報を集約したデータベースです。各ターゲットについて専門家がキュレーションを行った主要な特性と選択可能なリガンド、利用可能なツール化合物の概要を提供します。また、薬理学、生理学、構造、遺伝...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）