データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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運用機関:
Biolead, US National Cancer Institute
生物種:
Mammalia
説明:
多様な哺乳動物 RNAi 実験のコレクションです。遺伝子を選択した後、その遺伝子を標的とするすべての siRNA レコードを検索することが出来る他、その遺伝子を標的とする新しい siRNA を設計した...
運用機関:
Bioinformatics Resource Center, University of Wisconsin Biotechnology Center
生物種:
Campylobacter | Chlamydiaceae | Haemophilus | Listeria | Mycoplasma | ...
説明:
病原体に起因する疾患の研究に関わるデータやツールを提供するサイトです。カンピロバクター、リステリア、ブドウ球菌、連鎖状球菌、およびビブリオ菌などの食物媒介病原体の他、クラミジア、ヘモフィルス、マイコプ...
運用機関:
Department of Bioinformatics and Biochemistry, Institute for Biochemistry and Biotechnology, Technical University Braunschweig, National Genome Research Network (NGFN), Project Management Julich
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
原核生物における遺伝子調節と遺伝子発現に関する包括的なデータベースです。手動でキュレーションされたユニークな転写因子結合部位のコレクションを収録しています。各レコードには調節因子、塩基配列、アラインメ...
運用機関:
生物種:
All
説明:
多くの生物のタンパク質相互作用に関する情報を提供するデータベースです。実験的に確認された、既知のタンパク質 - タンパク質間の物理的相互作用 （PPI） を統合しています。相互作用に関するデータには、...
運用機関:
Bioinformatics and Drug Design Group, Department of Pharmacy, National University of Singapore
生物種:
Homo sapiens
説明:
文献に記載された複数の経路と標的疾患に関する情報、標的となる疾患の状況、各標的に向けられた薬／リガンドについての情報を提供するデータベースです。
運用機関:
BGEE administrators
生物種:
Anolis carolinensis | Bos taurus | Branchiostoma lanceolatum | Caenorhabditis elegans | Canis lupus | ...
説明:
複数のデータタイプ（bulk RNA-Seq、scRNA-Seq、Affymetrix、in situ ハイブリダイゼーション、および EST データ）から作成された複数の動物種の遺伝子発現パターンを...
運用機関:
生物種:
説明:
アジア人口の代表として、漢民族個人の全DNA配列を提示するデータベースです。YH と名付けられたこのゲノムは、Illumina Genome Analyzer によって生成された 33 億個のリード（...
運用機関:
Beijing Genomics Institute (BGI)
生物種:
Gallus gallus
説明:
鶏の変異データを保存、検索、視覚化、分析するための統合的情報システムです。
運用機関:
生物種:
Oryza sativa L. Yssp. Indica | Oryza sativa L. ssp. japonica
説明:
北京インディカとシンジェンタ社のジャポニカの配列断片群をさらに組み合わせた上で、イネの染色体に関連づけたデータベースです。また、遺伝子内容、反復要素、および SNP に関するイネゲノムのアノテーション...
運用機関:
BC Cancer Agency
生物種:
Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
ゲノムスケールのモチーフ探索、類似性、クラスタリング、共発生および共発現計算により同定された保存配列モチーフを収録したデータベースです。配列インプットには、低カバレージゲノム配列のデータ、および EN...
運用機関:
National Institute for Biological Standards and Control (NIBSC)
生物種:
Homo sapiens
説明:
英国生物製品基準規制機構（NIBSC：National Institute for Biological Standards and Control）が運営するヒト幹細胞（成人、胎児、胚由来）バンクで...
運用機関:
Rothamsted Research
生物種:
Bacteria | Fungi | Metazoa | Viridiplantae
説明:
病原体 - 宿主相互作用の結果に影響する遺伝子に関する分子･生物学的情報を収録したデータベースです。データは専門家がキュレーションしています。実験で検証された病原性、毒性、およびエフェクター遺伝子であ...
運用機関:
Baylor College of Medicine
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
単一の転移性因子によるショウジョウバエの遺伝子変異に関する公的リソースです。挿入因子、挿入位置、影響を受ける遺伝子,隣接配列などの情報を収録しています。またMiMICの手法やトランスポゾンの情報も記載...
運用機関:
Barcelona University
生物種:
Drosophila
説明:
ショウジョウバエ属の既存のすべての多型配列のコレクションを提供する二次データベースです。GenBankに収録された配列から配列の収集、分類、アラインメント、多型パラメータの確定を自動的に行っています。...
運用機関:
Arizona State University
生物種:
Eukaryota
説明:
テロメラーゼリボ核タンパク質の構造、機能、および進化の研究のためのウェブベースのツールです。テロメラーゼ酵素およびその基質であるテロメアについて知られている配列、機能、構造、疾患との関係などの情報を包...
運用機関:
American Chemical Society
生物種:
All
説明:
米国化学会（American Chemical Society） の情報部門であるCASが提供する化学物質情報のレポジトリです。各レコードには名称、同義語、構造、分子式、タンパク質や核酸の配列などが登...
運用機関:
Allergy Data Laboratories s.c., International Fund for Advanced Research in Allergy and Immunology (IFARAI)
生物種:
Homo sapiens
説明:
IgE 媒介性（アレルギー性、アトピー性）疾患（アナフィラキシー、喘息、アトピー性皮膚炎、結膜炎、鼻炎、蕁麻疹）を引き起こすアレルギー性分子（アレルゲン）のデータベースです。各アレルゲンについて、一般...
運用機関:
AGRIS Administrators, Ohio State University
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナのプロモーター配列、転写因子、およびそれらの標的遺伝子を収録した新しい情報リソースです。現在、以下のデータベースにより構成されています：
1) AtcisDB （Arabidopsis ...
運用機関:
AFTOL Team, Oregon State University
生物種:
Fungi
説明:
生命の主要なクレードの1つである、菌界の進化の理解を大幅に強化することを目的とするプロジェクトです。きのこ、菌類についての栽培、採取、生態など様々なレポートが登録されています。
運用機関:
Advance Biomedical Computing Center, United States National Cancer Institute
生物種:
All
説明:
RNAの３次元結合およびキッシングループ構造のデータベースです。PDB、SCOR、NCIR、NDB、MeRNAなど既存のデータベースからRNA情報を抽出し、エントリー名、構造の３次元画像、塩基配列に加...
運用機関:
Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPIMP)
生物種:
Viridiplantae
説明:
大規模スクリーニングや新規代謝バイオマーカー発見のために、最も広く利用されているルーチン技術のためのガスクロマトグラフィー（GC）質量分析（MS）の基準スペクトル、基準代謝産物プロファイルおよびツール...
運用機関:
生物種:
All
説明:
フローサイトメトリー実験のデータベースです。MIFlowCyt 標準に従って文献から収集およびアノテーション付けされたフローサイトメトリー実験について、研究者、実施機関、目的、ファンド、実験条件などを...
運用機関:
J. Craig Venter Institute (JCVI), Northrop Grumman Health IT, Vecna Technologies
生物種:
Influenza virus
説明:
米国国立アレルギー・感染症研究所が、Bioinformatics Resource Centers プログラムを通じて資金を提供している、インフルエンザに関するオープンアクセスの公開リソースです。公共...
運用機関:
Neuroscience Information Framework (NIF)
生物種:
All
説明:
研究者に論文で使用されている抗体を普遍的に同定する方法を提供するためのレジストリです。約 200 のサプライヤーが販売する市販抗体について抗体名、抗原、使用文献、クローンの種類、免疫動物種、サプライヤ...
運用機関:
Centre for Structural and Functional Genomics, Concordia University
生物種:
Fungi
説明:
特徴が同定されている真菌由来のリグノセルロース - 活性タンパク質に関する知識とアノテーションを検索することができるリソースです。遺伝子名、タンパク質名、酵素活性、基質、解析条件および、タンパク質や遺...
運用機関:
Bioinformatics Centre, University of Copenhagen, Biotech Research and Innovation Centre (BRIC), University of Copenhagen, Danish State Hospital, Finsen Laboratory
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
健康な個体および悪性血球新生個体における mRNA 発現のデータベースであり、ヒトおよびマウスの両方からのデータを含みます。特定の分化段階で、健康造形細胞およびがん性の造血細胞の遺伝子の発現プロットを...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG)
生物種:
Musa | Oryza | Solanaceae | Viridiplantae
説明:
植物の抵抗性遺伝子に関する情報が毎日更新されるオープンサイトです。抵抗性遺伝子を持つ生物種、遺伝子の名称、配列、非病原性遺伝子のリスト、疾患一覧などが保存され、キュレーションされ、議論されています。研...
運用機関:
Institute of Systems Biology Ltd, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒト転写因子（TF）およびマウス TF に対する TF 結合モデルを提供するデータベースです。基本的なモノヌクレオチド位置特異的マトリックス（PWM）の他、ChIP-Seqデータに基づいてジヌクレオチ...
運用機関:
生物種:
説明:
NASAの地球環境変動に関するデータとツールの情報を収録したポータルサイトです。テキスト検索の他、階層化されたキーワードからのデータのブラウジングが可能です。
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
All
説明:
癌生物医学情報科学グリッド（caBIG）を利用したマイクロアレイデータのデータベースです。2015年3月31日に運用終了しましたが、（https://wiki.nci.nih.gov/display/...
運用機関:
Institut Pasteur
生物種:
Bacteria
説明:
GenoList は微生物ゲノムの比較研究のための統合データベースです。現在のリリースは700種以上のゲノムデータを統合しています(Genome Reviews)。クエリーとナビゲーションユーザーイン...
運用機関:
Baylor College of Medicine
生物種:
All
説明:
タンパク質の配列におけるアミノ酸残基の進化的重要性をランク付けし、構造的に利用可能な場合はトップランクの残基を構造にマップして表示するツールです。リアルバリューとインテジャーとを使って表示するET V...
運用終了
AgBase
運用機関:
AgBase, Mississippi State University
生物種:
Metazoa | Viridiplantae
説明:
農作物や動物の遺伝子について遺伝子オントロジーを含めた構造アノテーションや機能アノテーションを行うデータベースです。データ収集元のDB名とアクセス番号、タンパク質名、遺伝子名、得られた生物種名、アミノ...
運用機関:
Myongji University
生物種:
Canis familiaris | Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
アポトーシス、炎症、ネクローシスおよび免疫細胞のシグナリングパスウェイの鍵となるdeath domain (DD) super family のデータベースです。文献から収集したヒトのDDについて、タ...
休止
FlavorDB
運用機関:
Indraprastha Institute of Information Technology (IIIT-Delhi)
生物種:
All
説明:
FlavorDB は、味と香りを表すフレーバー分子を収載したデータベースです。これらのうち 2,254 分子は、34 のカテゴリーに属する 936 の天然成分に由来しています。ダイナミックでユーザーフ...
Database of fuzzy protein complexes: FuzDB
運用機関:
生物種:
All
説明:
タンパク質の天然変性（ID：intrinsic disorder）領域がパートナー（タンパク質、核酸または小分子）との相互作用においても維持され、生物学的機能に直接影響を及ぼすファジータンパク質複合体...
運用機関:
Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Bioinformatics Research Group
生物種:
All
説明:
天然変性タンパク質同士で構成されるタンパク質複合体のデータベースです。単体の状態で安定した三次構造を持たないこれらのタンパク質の折りたたみは、複合体形成によって相互に誘導されます。このような複合体の情...
NCI Center for Strategic Scientific Initiatives Data Coordinating Center: CSSI DCC
運用機関:
Frederick National Laboratory for Cancer Research
生物種:
All
説明:
CSSI (Center for Strategic Scientific Initiatives) DCC （Data Coordinating Center） Portal は、CSSI から資金...
休止
e-ReColNat
運用機関:
RECOLNAT
生物種:
All
説明:
e-ReColNatはデジタル化された過去350年間の植物、動物、化石、地理に関する自然史コレクションを提供します。800万以上の標本と700万以上の画像データを含みます。アカウントを作成してデータを...
運用機関:
Southwest University
生物種:
Arabidopsis thaliana | Bombyx mori | Brassica | Drosophila | Homo sapiens | ...
説明:
リアルタイム定量PCR（qPCR）プライマーに関する情報を提供するデータベースです。ヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、酵母、シロイヌナズナ、米、トウモロコシなどを対象に、遺伝子特異的かつ事前計算されたプ...
休止
Xenobiotics Metabolism Database: XMetDB
運用機関:
Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University, Department of Drug Design and Pharmacology, University of Copenhagen, Universiteit Maastricht, IdeaConsult Ltd
生物種:
説明:
薬物代謝に関するオープンアクセス、オープンソースのデータベースです。データの登録と検索が可能なウェブインターフェースを備えています。実験で得られた基質とその代謝物、酵素反応のデータを、実験タイプ、酵素...
休止
VertNet IPT
運用機関:
VertNet
生物種:
Vertebrata
説明:
VertNet がIntegrated Publication Toolkit（IPT）を使用して運営する、生物多様性データに関するIPTサイトです。IPT は、一次出現データ、種別チェックリスト、お...
運用機関:
Oak Ridge National Laboratory
生物種:
説明:
陸生生物の地球化学的および生態学的動態観察データとモデルの包括的なアーカイブです。NASA の地球科学をサポートするための研究、教育、意思決定を促進するデータサービスを集め、配布し、提供しています。
運用終了
CRISPRdb
運用機関:
Universitè Paris-Sud 11, CNRS
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
公開された微生物ゲノムやユーザーが提供する配列に対して、CRISPR 配列を容易に検出するためのデータベースとツールを提供するサイトです。また、CRISPR-cas （CRISPR-associate...
運用機関:
Weizmann Institute of Science
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患データベースです。既存のデータソースから疾患エントリのそれぞれについて概要、症状、解剖学的情報、薬、遺伝的検査、変異、文献などの情報を収集しています。ソース間で異なる疾患名を統合する「エイリ...
運用機関:
Biozentrum, University of Basel
生物種:
Caulobacter crescentus | Neisseria meningitidis | Streptomyces coelicolor | Streptomyces granaticolor
説明:
ストレプトミセス属、カウロバクター属、およびナイセリア属のプロテオミクスデータベースです。この分野におけるユニークなデータベースです。所与の種の様々な発達段階におけるタンパク質の発現に関する知識ベース...
休止
The Benchmark Energy & Geometry Database: BEGDB
運用機関:
Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences (IOCB)
生物種:
All
説明:
Benchmark CCSD(T)/完全基底関数極限計算結果を収録したデータベースです。分子構造、エネルギー、および特性に関する高精度の QM 計算結果を収集します。これらのデータは、他の計算方法のテ...
運用終了
Target Central Resource Database: TCRD
運用機関:
European Commission under FP7 Grant Agreement, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, UNM School of Medicine, University of Miami School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
TCRD は、ドラッガブルゲノム知識管理センター（IDG-KMC：Druggable Genome Knowledge Management Center ）を支える薬剤のヒトゲノムターゲットに関する...
休止
mirDNMR
運用機関:
Wenzhou Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子中心のバックグラウンド 新生突然変異率（DNMR ： novo mutation rate） のデータベースです。異なる方法および集団の変動データから得られたバックグラウンドDNMRや各遺伝子の...
運用機関:
REFLORA Programme
生物種:
Chlorophyta | Phaeophyceae | Rhodophyta | Fungi | Viridiplantae
説明:
ブラジルのすべての既知の植物、藻類、および菌類についてのデータベースです。命名法、地理的分布（ブラジル国内の分布範囲、固有種バイオーム）の他、各生物の生活型、基質、および植生の種類に関する貴重なデータ...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）