データベースのレコード一覧 (件数: 2583)
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運用機関:
Center for Computational Biology and Bioinformatics and College of Engineering (CCBB), Koc University (KU)
生物種:
All
説明:
タンパク質の相互作用においてエネルギー的に重要となる残基（ホットスポット）のデータベースです。予測されるホットスポット残基のタイプとインターフェイスの構造的特性（インターフェイス残基対ポテンシャルなど...
運用機関:
University of Bari
生物種:
Homo sapiens
説明:
集団遺伝学およびミトコンドリア性疾患研究をサポートするためのオープンリソースです。公開されている集団調査関連の研究から得られたヒトのミトコンドリアゲノム配列について、人種によるグループ分け（アフリカ、...
運用機関:
Advanced Centre for Treatment, Research and Education in Cancer (ACTREC), Tata Memorial Centre (TMC)
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのヒストンの多型や翻訳後修飾部位（PTM）、および様々なヒストンを修飾する酵素に関するデータベースです。 ５種類のヒストンに対する多型の詳細情報（遺伝子ID、プロモーター配列、関連疾患など）や、翻...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
ハプロタイプブロックのバリアントにおけるノンコーディングゲノム（疾患に関連する遺伝子座における調節 SNP 候補など）についてのアノテーションを探索するツールです。1000 ゲノムプロジェクトから得ら...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
異なる生物種と条件下における遺伝子やタンパク質の発現パターンに関する情報を集めたデータベースです。マイクロサテライトやRNAシーケンシングを用いた多くの実験データを手動でキュレートし、実験条件、発現部...
運用機関:
生物種:
All
説明:
配列、構造、系統発生、機能の関係を通じてタンパク質（酵素）の機能進化を探索するためのリソースです。ドメイン構造、EC番号による機能分類、構成クラスターの生物種内分布率、GOアノテーションなどが、ダイナ...
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia, US Department of Health and Human Services
生物種:
Fungi | Oomycetes
説明:
菌界のゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノム配列とアノテーションに加え、実験分離株および環境分離株の配列データも収録されています。また...
運用機関:
Stockholm Bioinformatics Center
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Canis familiaris | Ciona intestinalis | Danio rerio | ...
説明:
ゲノム全体の機能の関係性を推測するためのフレームワークです。タンパク質相互作用、mRNAやタンパク質の共発現、遺伝的相互作用機構の相同性、転写因子結合部位の共有など、物理的な相互作用だけではなく間接的...
運用機関:
Howard Hughes Medical Institute, Harvard Medical School
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエの機能ゲノミクスに活用できるプラットフォームです。 Drosophila RNAi Screening Center (DRSC)およびTransgenic RNAi Project ...
運用機関:
Mayo Clinic, Scottsdale, Massachusetts Institute of Technology
生物種:
All
説明:
生化学系の簡単な熱力学的解析をシンプルなウェブインターフェイスで行うことができる生化学反応のための熱力学的計算ツールです。eQuilibrator は、生化学分野の化合物および反応をフリーテキストで検...
運用機関:
Genomics Institute, University of California
生物種:
Caenorhabditis | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトゲノムの機能因子のパーツを包括的なリストにまとめたデータベースです。タンパク質やRNAレベルで働く因子や、細胞や遺伝子が活性化する環境を制御する調節因子について、各因子の説明、解析方法や条件詳細、...
運用機関:
Universitetet i Bergen
生物種:
Eukaryota
説明:
真核生物におけるタンパク質相互作用部位の線形モチーフ（Eukaryotic Linear Motif:ELM）のアノテーションと発見に主眼を置いた計算生物学のリソースです。機能の種類、構成、3次元構造...
運用機関:
生物種:
説明:
オーソロガスな遺伝子群のデータベースです。（遺伝子オーソログのデータベースです。）これらのオーソロガス群には、機能を説明するアノテーション（様々なアノテーションにもとづき、遺伝子に共通する特徴 [de...
運用機関:
Texas A and M University
生物種:
Escherichia coli
説明:
あらゆる非病原性大腸菌とそのファージ、プラスミド、可動性遺伝因子にアノテーションを付すことを目的とした、コミュニティベースのリソースです。大腸菌の各系統についての遺伝子型、表現型、関係するプラスミドな...
運用機関:
Structural Biology and Bioinformatics Division Indian Institute of Chemical Biology
生物種:
Actinobacillus | Aeromonas | Arcanobacterium | Bacillus | Bordetella | ...
説明:
ヒトに対する細菌外毒素のデータベースです。本データベースは、ヒトの細菌性疾患の発症に寄与する毒素に関する情報を集約することを目的としています。病原菌については名称とNCBI Taxonomyへのリンク...
運用機関:
European Medicines Agency
生物種:
説明:
2004 年 5 月 1 日以降、欧州連合（EU）において開始されたすべての介入臨床試験のデータベースです。小児用医薬品開発に関連する臨床試験も含まれています。各エントリーには臨床試験名、基礎情報、適...
運用機関:
Open Research and Contributor ID Initiative (ORCID)
生物種:
説明:
ORCID は、研究者を特定する独自の識別子のレジストリです。透明性の高い手法で、これらの識別子に研究活動と成果を結びつけます。ORCID は、学問分野、研究分野、国境を越える拡張性においてユニークで...
運用機関:
生物種:
説明:
GESDB は、ヒト遺伝子研究についてのシミュレーションデータを共有し、シミュレーション技術を議論するためのプラットフォームです。データベースには、シミュレーションの説明、シミュレーション結果、および...
運用機関:
University of California
生物種:
All
説明:
BiGG は、公開されたゲノムスケールの代謝ネットワークの概説をまとめたフリーのリソースです。遺伝子はNCBI ゲノムアノテーションを使用してマッピングし、代謝産物は KEGG、PubChem などの...
運用機関:
AgBase, Mississippi State University
生物種:
All
説明:
宿主-病原体間におけるタンパク質-タンパク質間相互作用（PPI： protein-protein interaction）を収録したデータベースです。実験から得られた PPI についてタンパク質名と生...
運用機関:
Universiteit Stellenbosch
生物種:
All
説明:
運動モデルの構築、修正、シミュレーションを行う他、キュレーションされたモデルを保存するためのシステム生物学ツールです。モデル名、生物種、組織、反応過程、シミュレーション、文献の情報などを収録しています...
運用機関:
Labome
生物種:
All
説明:
市販の試薬についての情報を整理したデータベースです。試薬には、抗体、siRNA / shRNA、ELISA キット、cDNA クローン、タンパク質/ペプチド、および生化学物質が含まれます。抗体の品質に...
運用機関:
ELIXIR-Hub, UK, URGI, transplant
生物種:
Agaricus subrefescens | Arabidopsis thaliana | Arabis alpina | Botrytis cinerea B0510 | Botrytis cinerea T4 | ...
説明:
植物や真菌の害虫に特化した多種統合的な情報システムです。遺伝学データとゲノムデータを橋渡しすることで、研究者に農学に関係する種の遺伝的情報（遺伝地図、定量的形質遺伝子座、関連遺伝学、マーカー、多型、生...
運用機関:
Heidelberg Institute for Theoretical Studies, University of Manchester
生物種:
All
説明:
科学研究の資源、行程、結果を共有するためのプラットフォームです。科学的コミュニティ内での共同作業を可能にする SEEK ソフトウェアを使用して構築されています。FAIRDOM は、欧州システム生物学コ...
運用機関:
Auckland Bioengineering Institute
生物種:
All
説明:
IUPS フィジオームプロジェクトのためのメインのオンラインリポジトリです。器官システム、器官、組織、細胞と細胞に関わるタンパク質モジュール（イオンチャネル、シグナル、パスウェイ）の解剖学的物理的なモ...
運用機関:
Personal Health Informatics - Tampere University
生物種:
説明:
モデル化された患者の継続的な健康状態を視覚化するソフトウェアツールを対象とした、一連のユーザビリティテストから得られたデータセットです。結果は、hFigures による可視化ライブラリに重点を置くもの...
運用機関:
Swiss-Prot group, SIB Swiss Institute of Bioinformatics, Vital-IT group, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Mycobacterium tuberculosis | ...
説明:
脂質および脂質のデータを生物学的な知識およびモデルと統合するためのフレームワークを提供するリソースです。構造、電荷、代謝、遺伝子オントロジー、相互作用、細胞や組織の情報を専門家がキュレーションを行って...
運用機関:
Stanford University Center for Biomedical Informatics Research, University of Miami School of Medicine
生物種:
All
説明:
RegenBase は、脊髄損傷 (SCI) の生物学的ナレッジベースです。SCI のための初めてのオントロジーの形で、文献ベースのファクトと実験の詳細、SCI が化合物の酵素活性と細胞増殖に与える影...
運用機関:
Max Planck Institute for Ornithology (MPIO), University of Konstanz Library
生物種:
Animalia
説明:
査読済み出版物と関連する動物のトラッキングデータセットを無料で公開するアーカイブです。動物の追跡調査を行う研究者が、データを管理、共有、保護、分析、およびアーカイブする無料のオンラインデータベース M...
運用機関:
Baylor College of Medicine, Human Microbiome Project, Broad Institute, J. Craig Venter Institute (JCVI), NIH Data Analysis and Coordination Center (DACC), Washington University in St Louis School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
人体で見出される微生物群とヒトの健康や疾病との関わりを分析するNIH Human Microbiome Projectのデータベースです．健康な人の５つの部位（鼻腔、口腔、皮膚、胃腸管、泌尿生殖路）で...
運用機関:
University of Southern California (USC)
生物種:
Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
FaceBase は、頭蓋顔面の発達と奇形に関するデータベースです。マウス、ヒト、メダカ、チンパンジーについて頭蓋顔面の形成に関わる遺伝子の発現、ゲノムと表現型、CHip-seqについてのデータや顕微...
運用機関:
Division of Sleep & Circadian Disorders, Brigham and Women's Hospital/Harvard Medical School
生物種:
Homo sapiens | Primates
説明:
睡眠の研究に関する十分に特徴が明らかにされている研究コホートと臨床試験から収集された、匿名化された生理学的シグナルおよび臨床データ要素の大規模コレクションです。提供されたツールを使用して、何千ものデー...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
メキシコの50歳以上の成人を対象とした全国縦断健康調査のサイトです。
研究目的は主に以下の２点です：
1) 大規模な高齢のメキシコ人回答者グループにおける高齢化過程とその病気および障害による負担の調査...
運用機関:
Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM), Pasteur Institute of Morocco
生物種:
Homo sapiens
説明:
地中海地域の集団における創始者変異データの包括的なデータベースです。遺伝子の変異、疾患、居住地、変異頻度などを収録しています。疾患名、遺伝子名による検索が可能です。地中海地域の集団に見られる創始者変異...
運用機関:
Biozentrum, University of Basel, SIB, Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
説明:
学術的文献の中で発表された計算マクロ分子モデルを安定して保存、提供するアーカイブです。寄託された各モデルについて、概要、モデル画像、データマテリアル、計算工程を収録しています。各モデルごとに、ユニーク...
運用機関:
University of Pennsylvania, Institute for Biomedical Informatics (IBI), University of Pennsylvania
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの低分子ノンコーディング RNA （sncRNAs）の全ての重要なクラスを対象に、アノテーションと配列決定に基づく発現データを統合的に提供するデータベースです。遺伝子、前駆体と成熟sncRNAのア...
運用機関:
Centre for Proteomic and Genomic Research (CPGR)
生物種:
Homo sapiens
説明:
細胞シグネチャーに関する統一されたネットワークベースのデータポータルです。LINCS データセットパッケージと試薬を検索することができる統一的なインターフェースを提供します。LINCS のデータセット...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
eMERGE は、米国国立ヒトゲノム研究所（NHGRI）によって組織され、かつ資金提供を受けた国家的ネットワークです。DNA 生体リポジトリと、ゲノム医学の実施を支援する大規模かつハイスループットの遺...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
自閉症スペクトラム障害（ASD）患者と対照群から得られた機能的および構造的脳イメージングデータのデータベースです。ABIDE IとABIDE II の２つのコレクションで構成されています。
ABIDE...
運用機関:
Eawag, Johannes Gutenberg University
生物種:
Bacteria
説明:
enviPath は、微生物生体内における有機環境汚染物質の変化に関するデータベース兼予測システムです。実験的に観察された生体内変化パスウェイを保存し、表示することができる他、パスウェイと実験条件およ...
運用機関:
Bioinformatics Centre, Institute of Microbial Technology, Council of Scientific and Industrial Research (CSIR)
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
原核生物におけるクオラムセンシングシグナリング分子（QSSM：quorom sensing signaling molecule）に特化したリポジトリです。様々なクオラムセンシングのシグナル伝達系に関...
運用機関:
Cataland Institution for Research and Advanced Studies (ICREA), Barcelona Supercomputing Center (BSC), Barcelona University, Institute for Research in Biomedicine
生物種:
All
説明:
核酸の構造に関する、原子論的ダイナミクスシミュレーション軌道と解析のためのデータベースです。軌道データを保存する Cassandra、および解析とメタデータの格納を行う MongoDB の 2 つの ...
運用機関:
College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University, Group of Computational Epigenetic Research (GCER), Lab of Developmental Biology, Harbin Institute of Technology
生物種:
All | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
スーパーエンハンサーの収集、保管、オンライン分析に焦点を当てた、包括的なオンラインリソースです。複数の種におけるスーパーエンハンサーの統合と、それらの細胞同一性遺伝子発現の調節における潜在的役割に関す...
運用機関:
George Washington University
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子発現と疾患の関連についてのキュレーションされたデータベースです。遺伝子の発現レベルがTCGA （The Cancer Genome Atlas） で定義された各種のがんごとに表示されます。mRN...
運用機関:
Comsats Institute of Information Technology (CIIT), Seoul National University
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
完全に配列決定された原核生物ゲノムを対象に、推定によるゲノムワイド水平遺伝子導入（HGT：horizontal gene transfer）情報を提供するデータベースです。明示的な系統樹再構築進化モデ...
運用機関:
Baylor University, Churchill Group, The Jackson Laboratory, University of Tennessee
生物種:
Caenorhabditis elegans | Canis familiaris | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Gallus gallus | ...
説明:
非均一なデータソースから得られた遺伝子のセットを保存し、キュレーションし、分析することができる、一般に利用可能なオンラインリソースです。各データセットには文献情報、生物種、概要、遺伝子リストと外部リン...
運用機関:
Sequentia Biotech SL
生物種:
Chlorophyta | Viridiplantae
説明:
植物種と 藻類を対象に、lncRNA （Long non-coding RNAs）のアノテーションデータを整理、保存するデータベースです。塩基配列、コーディングの可能性、折りたたみ力、GC含有率を収録...
運用機関:
Indian Institute of Technology Hyderabad (IITH)
生物種:
説明:
EK3D は、72 個の大腸菌 K 抗原に関するリポジトリです。糖組成、エピマーおよびエナンチオマーの形態、および糖単量体間の結合に関する情報を提供します。 関連するパスウェイに基づいて４つのグループ...
運用機関:
University of Vienna, Department of Microbiology and Ecosystem Science
生物種:
All
説明:
rRNA を標的としたオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーに関する手作業でメンテナンスおよびキュレーションされたデータベースです。各オリゴヌクレオチドエントリーについて、最新の rRNA 配列デ...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）