データベースのレコード一覧 (件数: 2583)
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運用機関:
京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター
生物種:
Drosophila
説明:
「DGRC」はショウジョウバエ系統の統合検索システムです。現在のところ、ナショナル・バイオリソース・プロジェクト「ショウジョウバエ」の事業担当機関（京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大...
運用機関:
国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
生物種:
Deinococcus
説明:
放射線耐性菌(Deinococcus) について、DNA修復関連タンパク質のアミノ酸配列、ゲノム上の位置、相互作用の情報が公開されています。ORFのアノテーションに注力しています。サイトでは、データベ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
All
説明:
欧州と米国の対応機関（EBIとNCBI）と密接に関係しながら、DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースを構築している三大国際データバンクのひとつです。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Plasmodium falciparum | Cyanidioschyzon merolae | Rattus norvegicus | ...
説明:
ヒト、マウス、その他の真核生物の正確な転写開始点を収録したデータベースです。mRNA 5'端に存在するキャップ構造を特異的に選別するオリゴキャッピング法を用いて取得した最新の完全長cDNA配列と、その...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Ciona
説明:
ホヤ等の被嚢類の転写制御の情報を、文献より抽出したデータベースです。実験情報、遺伝子発現の局在、結合配列、プロモータ領域、文献情報などが収録されています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Bacillus subtilis
説明:
枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。
運用機関:
九州大学 生体防御医学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0K上流および0.2K下流まで）...
運用機関:
国立研究開発法人放射線医学総合研究所
生物種:
説明:
蛋白質多様性に着目する生物学研究を支援するために、蛋白質コード領域に見出されるアミノ酸変化多型と可変的スプライシングの情報を提供します。ここでは蛋白質多型の概念を遺伝的多型だけではなく、スプライシング...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
説明:
ゲノムネットのバックボーンとなる検索システムです。KEGGデータベース群をはじめ、ゲノムネットで公開しているデータベースを統合検索できる窓口です。
運用機関:
東京大学
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
生殖細胞 (germ cell) は種の保存に必須である重要な細胞であるだけでなく、減数分裂という特殊な分裂形式を持ち、全能性や無限増殖能を秘めている極めて興味深い細胞です。しかしながら、生殖細胞の形...
運用機関:
The Centre for Applied Genomics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムにおける構造多型を包括的にまとめたデータベースです。2005年に世界の5つの研究機関、企業が国際コンソーシアム（ヒトゲノム構造多型コンソーシアム）を結成し、多様な人種におけるコピー多型の全容...
運用機関:
九州大学 生体防御医学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造をゲノムブラウザー上に表示します。
九州大学生体防御医学研究所によるオリジナルサイト（http: //orca.gen.ky...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Cyanobacteria
説明:
財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したシアノバクテリアを含む、シアノバクテリア、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果を収録しています。2017年にリリースされた新バージョンでは...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Bacteria | Eukaryota | Viruses
説明:
各生物種のコドン使用頻度を収集しているデータベースです。生物種ごとに、各タンパク質をコードする遺伝子から算出されるコドン使用回数を集計し、千分率で表示しています。GC含量も掲載されています。
CUTG...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
酵素反応のメカニズムに関するデータベースです。酵素について、タンパク質の配列や構造、触媒残基の位置、補助因子、反応メカニズムなどのアノテーション情報を収録しています。Protein Data Bank...
運用機関:
Max-Planck-Institut fur Entwicklungsbiologie
生物種:
説明:
複数のゲノム配列で保存されている非コードDNA領域は、制御エレメントである可能性が高いと考えられます。そこで、10種類の脊椎動物の相同遺伝子の組の上流領域から、保存されている非コード領域を収集し、デー...
運用終了
CluSTr: Clusters of SWISS-PROT and TrEMBL proteins database
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
UniProtやIPIに登録されているタンパク質を関連のあるグループに自動的に分類したデータベースです。分類手法は、タンパク配列間のペアワイズ比較法に基づいています。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
説明:
CIBEXは、EBIのArrayExpress、NCBIのGene Expression Omnibus(GEO)とともに、遺伝子発現データの国際的レポジトリとして機能しているデータベースです。MGE...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Chlamydomonas reinhardtii
説明:
かずさDNA研究所で決定したクラミドモナスのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
生命プロセスに介在する小分子化合物の辞典です。ゲノムに直接コード化されている分子（例：核酸、タンパク、ペプチド）はこのデータベースの対象外です。登録されているデータは、多数の情報源のデータを組み合わせ...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
癌の遺伝子発現データ及び臨床情報の統合データベースです。乳がん、結腸直腸がん、肝細胞がん、食道がん、甲状腺がん、胃がんの遺伝子発現プロファイル解析を行ったデータと詳細な臨床情報が格納されています。遺伝...
運用機関:
東北大学 加齢医学研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Chlorocebus aethiops | Callithrix jacchus | ...
説明:
東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センターは、国立大学の中で唯一の癌細胞バンクであり、国内外の研究者に多数の細胞株を供給しています。種々のヒト癌細胞、正常細胞、動物腫瘍細胞、正常機能保持細胞、単クロー...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
高品質で確実にアノテーション付けされたヒトとマウスのタンパク質コード領域のコアセットを集約し、提供しているデータベースです。
運用機関:
熊本大学 生命資源研究・支援センター
生物種:
Mus musculus
説明:
熊本大学生命資源開発研究・支援センター動物資源開発研究部門(CARD)に保存されている遺伝子改変マウスの系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関する情報が記載されています。 また、寄託、分与/分譲（...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒト、マウスのがん細胞株の核型解析結果、CGH解析結果、臨床情報等を提供するデータベースです。NCI/NCBIのSKY/M-FISH & CGH Database、NCIのMitelman Datab...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Bacillus subtilis
説明:
JAFAN（枯草菌の日本機能解析ネットワーク）による枯草菌ORFデータベースです。枯草菌ゲノム上のORFと詳細なアノテーション、変異株リスト、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されています。
運用機関:
Technische Universitat Braunschweig
生物種:
Gallus gallus | Bos taurus | Cervus elaphus | Canis | Danio rerio | ...
説明:
酵素の機能と特性データを収集した総合的な酵素情報データベースです。データの大半は主要文献から手動で抽出したもので、酵素の機能、構造、生成反応、生物種、活性、実験手法、応用、変異体に関する情報を網羅して...
運用終了
脳画像データベース
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Macaca mulatta | Macaca fuscata
説明:
ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳のMRI画像の連続写真をデジタル化し、マウスのみの操作で簡便に参照可能なデータベースです。
運用機関:
東京大学
生物種:
Bombyx mori
説明:
カイコの突然変異体の写真を集めた画像集です。変異遺伝子名をクリックするとカイコの画像が表示されます。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
説明:
情報検索技術と情報抽出技術を用いて、概念ネットワークを自動的に描画するシステムです。このシステムでは、(1)概念の関係性が1件以上の文献アブストラクトに明確に記述されている、(2)それぞれの概念がME...
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。
運用機関:
The Berkeley Drosophila Genome Project
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエゲノムプロジェクトのホームページです。ゲノム配列、配列アノテーション、ESTやcDNA、遺伝子発現パターン等のデータを公開しています。クローンやライブラリの分配も行っています。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Hordeum vulgare
説明:
Barley DBでは、岡山大学資源植物科学研究所がナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）オオムギの代表機関として保存している分譲可能なオオムギリソース情報（オオムギ各系統の種子や穂の写真、...
運用機関:
ATLAS
生物種:
説明:
「Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology」はオンラインの査読付きジャーナルおよびデータベースで、 癌や高発癌性疾患...
運用終了
ARTADE: ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから検索できるよう...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
遺伝子発現を含む機能ゲノミクス実験データの欧州版アーカイブです。ユーザはMIAMEおよびMINSEQE形式のデータを登録したりダウンロードすることが可能です。
運用終了
ARCHAIC: Archaebacterial Information Collection
運用機関:
独立行政法人産業技術総合研究所
生物種:
Pyrococcus sp. OT3 | Thermoplasma volcanium GSS1 | Archaeoglobus fulgidus
説明:
古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより、ゲノム全体の構成...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統名、遺伝子名、RBRC ...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
説明:
アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデ...
運用機関:
東京大学 大学院新領域創成科学研究科
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現の解析を行った結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。
オリジナルSAGE法は3'側の特...
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、P...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
All
説明:
国内外の生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースについての説明や生物種などの基本的な属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベースです。
文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産...
運用機関:
University of Alberta/Department of Computing Science
生物種:
説明:
薬剤の化学的、薬理的、薬事的データとそのターゲット（配列、構造、パスウエイ）の詳細情報を収集、統合したバイオインフォマティクスおよびケモインフォマティクスのリソースです。薬剤エントリー約4,800件の...
休止
GeneMap DB
運用機関:
Children's Hospital of Philadelphia
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトBAC (bacterial artificial chromosome) クローンの情報に関するデータベースです。各クローンについて、染色体上の位置、制限酵素処理パターン、対応するSTSマーカー...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
ヒト疾患モデルマウス（ライソゾーム病モデル、生活習慣病モデル、ネフローゼモデル、心筋症モデルなど）を収集し、提供しています。25 疾患・評価系に関連する、144系統のマウスの情報があります。さらに、マ...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Pan troglodytes | Macaca fascicularis
説明:
主にヒトやマウスの遺伝子を凍結保存し、クローン情報の公開と分譲を行うサイトです。マウス脳cDNAクローン、カニクイザルcDNAクローン、染色体特異的クローン、ヒト疾患関連遺伝子cDNAクローンや正常な...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Homo sapiens | Rattus | Mus musculus | Oryctolagus cuniculus | Cricetinae | ...
説明:
疾患研究資源の所在情報のデータベースです。実験動物、疫学研究、バイオバンクの3つのデータベースがあり、それぞれ、ヒト疾患研究のためのマウス・ラット等の系統情報、日本人を対象とする疫学研究情報、疾患を対...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
厚生労働省の難治性疾患克服研究事業で収集された難病患者試料（DNA、細胞など）を集約・保管し、分譲を行うバンク事業のサイトです。試料データベースの利用には利用者登録が必要です。
運用終了
Open TG-GATEs
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明:
131化合物（医薬品等）のin vivo（ラットの肝臓と腎臓）およびin vitro（ヒトとラットの肝細胞） 暴露データ（遺伝子発現データ、毒性学データ）を集積したデータベースです。遺伝子発現データと...
運用機関:
九州大学 大学院農学研究院
生物種:
Hexapoda
説明:
ELKUTypeは、九州大学農学研究院昆虫学教室所蔵のタイプ標本情報のデータベースです。タイプ(模式標本)は、新種等のタクソン(分類単位)が設立され、記載命名された時に用いられた標本で、その中の1個体...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）