レコード詳細
AAindex: Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC00004 | ||||||||||||||||||||
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| 名称データベースの名称 | AAindex | ||||||||||||||||||||
| 別称データベースの別称 | Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials | ||||||||||||||||||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://www.genome.jp/aaindex/ | ||||||||||||||||||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター (J-Globalへのリンク) | ||||||||||||||||||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||||||||||||||||||
| 説明データベースの説明 | アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデータベースから構成されています。 AAindex1：アミノ酸の特性を表現した20の数値セットのデータベース AAindex2：アミノ酸置換行列のデータベース AAindex3：アミノ酸間の相互作用ポテンシャルのデータベース | ||||||||||||||||||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | ― | ||||||||||||||||||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||||||||||||||||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||||||||||||||||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | ftp://ftp.genome.jp/pub/db/community/aaindex/ | ||||||||||||||||||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | http://www.genome.jp/aaindex/aaindex_help.html, ftp://ftp.genome.jp/pub/db/community/aaindex/aaindex.doc | ||||||||||||||||||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||||||||||||||||||
| データベースの使い方 | ― | ||||||||||||||||||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||||||||||||||||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||||||||||||||||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||||||||||||||||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||||||||||||||||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||||||||||||||||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||||||||||||||||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||||||||||||||||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||||||||||||||||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2011-12-08 | ||||||||||||||||||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2012-10-01 | ||||||||||||||||||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |