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5'SAGE: 5'-end serial analysis of gene expression database

IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 NBDC00003
名称データベースの名称 5'SAGE
別称データベースの別称 5'-end serial analysis of gene expression database
URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
運用機関名現在データベースを運用している機関名 東京大学　大学院新領域創成科学研究科 (J-Globalへのリンク)
運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 日本
説明データベースの説明 ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現の解析を行った結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。 オリジナルSAGE法は3'側の特定の断片を用いて遺伝子を特定するものであり、最長27bpの断片を用いることで発現遺伝子のゲノム上の位置を決定することができます。しかしながら5'端の情報は正確でないものが多く、遺伝子の機能を明らかにする上で問題になることがあります。こうした問題を克服し、さらに詳細な解析を行うため、転写開始点及び遺伝子発現頻度を観察できる5'-end SAGE (5'SAGE)法を開発しました。
生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID Homo sapiens (9606)
タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI
PubMed ID:15300261
DOI:-
PubMed ID:15608259
DOI:-
言語データベースの内容の記載に使用されている言語 英語
稼動状況データベースの稼動状況 休止
一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク ―
一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 ―
データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 ―
データベースの使い方 ―
データベースの連絡先 ―
API / SPARQL endpoint ―
LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク ―
MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク ―
統合TVへのリンク統合TVへのリンク ―
FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク ―
類似データベースこのデータベースに類似したデータベース
レコード管理者レコード管理者 Integbio Database Catalog
レコードの由来レコードの由来
レコード公開日日本語レコードの公開日 2011-12-08
レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 2012-10-01
本レコードの利用条件 Creative Commons CC0 license