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運用終了

iJGVD: Integrative Japanese Genome Variation Database

IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 NBDC01532
名称データベースの名称 iJGVD
別称データベースの別称 Integrative Japanese Genome Variation Database
URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL https://ijgvd.megabank.tohoku.ac.jp
運用機関名現在データベースを運用している機関名 東北大学東北メディカル・メガバンク機構 (J-Globalへのリンク)
運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 日本
説明データベースの説明 日本人健常者のゲノム配列を解析したデータベースです。東北メディカルメガバンクの行うゲノムコホート調査に参加した日本人の全ゲノム解析より得られた1塩基バリエーション (SNV) とその頻度を収録しています。重複、欠失の情報も収録しています。データはゲノムブラウザによってリファレンス配列とともに表示されます。また、遺伝子名、dbSNP rsID、染色体位置による検索が可能です。 なお、SNVの頻度情報一覧はNBDCヒトデータベース (http://humandbs.biosciencedbc.jp/hum0015-v1) よりダウンロードできます。 2019年9月、iJGVDのデータはJRGのデータと共にjMorp （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01518 ）に移行されました。
生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID Homo sapiens (9606)
タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI
PubMed ID:26292667
DOI:-
言語データベースの内容の記載に使用されている言語 英語
稼動状況データベースの稼動状況 運用終了
一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/201909/downloads
一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 ―
データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/201909/help/conditions-of-use
データベースの使い方 ―
データベースの連絡先 ―
API / SPARQL endpoint ―
LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク ―
MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク ―
統合TVへのリンク統合TVへのリンク ―
FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク ―
類似データベースこのデータベースに類似したデータベース
レコード管理者レコード管理者 Integbio Database Catalog
レコードの由来レコードの由来
レコード公開日日本語レコードの公開日 2015-10-27
レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 2021-05-09
本レコードの利用条件 Creative Commons CC0 license