サーバ更新のお知らせ
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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
生物種別の遺伝子単位でエントリーを構成しており、NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載しています。染色体上の位置、配列、発現、構造、機能、ホモロジーデータのような遺伝子をベース...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Schizosaccharomyces pombe | Saccharomyces cerevisiae | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Mus musculus | ...
説明:
遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル（記号）、同義語を容易に見つけることができるデータベースです。データは、HUGO、OMIM、Genatlas、LocusLink、GDB、MGI、FlyBase、W...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患ゲノムデータベースは、アルツハイマー病、がん、糖尿病、高血圧、喘息および薬理遺伝学（ファーマコジェネティクス）のためのミレニアム・ゲノム・プロジェクト（MGP)研究グループ（SGMGP）により構築...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
「遺伝子多様性モデル解析事業」において、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(JBiC)はモデル疾患として選択した幾つかの多因子性疾患に関する遺伝子多型情報等を収集・解析し、疾患の原因となる疾患関連...
運用機関:
GBIF Secretariat
生物種:
All
説明:
世界各国の自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを集めたポータルサイトです。
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
Toxoplasma gondii
説明:
トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベースです。各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
Plasmodium falciparum | Plasmodium vivax | Plasmodium yoelii | Plasmodium berghei
説明:
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)の完全長cDNAデータベースです。発現遺伝子の5'端塩基配列をゲノム配列上にマップしています。TBLASTXを用いて、P.falciparumゲノム...
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
完全長ヒトcDNAの配列データベースです。GENBANKフォーマット、FASTAフォーマットそれぞれをダウンロードすることが可能です。
運用機関:
University of Munster
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエの成長過程や遺伝情報、特に遺伝子発現パターンに関する画像データベースです。ショウジョウバエの主要データベースであるFlyBase (http://integbio.jp/dbcatal...
運用機関:
Genetics Society of America
生物種:
Drosophila
説明:
ショウジョウバエの遺伝情報のデーターベースです。BLASTやGenomeBrowser、分類情報検索やショウジョウバエの成長過程を記録、描画した画像データも含まれています。
運用機関:
中央大学 理工学部
生物種:
Homo sapiens | Rattus | Mus | Archaea | Bacteria | ...
説明:
全自動ホモロジーモデリングソフトFAMS (Full Automatic Modeling System) を用いてモデリングされた277生物種のタンパク質構造モデルデータベースです。ヒトや新型インフ...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
Protein Data Bank (PDB)に登録されている酵素の立体構造を情報源として、文献情報などに基づき、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各エントリーには、酵素番号(EC number)...
運用機関:
国立研究開発法人海洋研究開発機構
生物種:
説明:
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションを公開しています。染色体マップ、タンパクコード遺伝子の基本情報、RNAのコドン使用頻度、tRNA、rRNA、挿入配列などが閲覧でき...
運用機関:
独立行政法人科学技術振興機構
生物種:
Eukaryota
説明:
この比較ゲノムブラウザでは、ヒトやチンパンジー、マウス、ラットなどの真核生物の比較ゲノミクス解析の結果を提供しています。比較ゲノミクス解析は、新規遺伝子の発見や、ゲノム進化についての新しい知見の蓄積に...
運用機関:
東京工業大学 大学院生命理工学研究科
生物種:
Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
説明:
腸管出血性大腸菌 O157:H7 Sakai株のゲノム情報データベースです。染色体やプラスミドの種々の情報検索や、関連論文の検索が利用できます。
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
eProtS（タンパク質構造百科事典）は、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。日本語版と英語版を用意しています...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
理研GSC ENU誘発による大規模マウス突然変異体作製プロジェクトにおいて作製されたマウスラインと関連リソースを検索できます。プロトコルやプロジェクト情報も掲載されています。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
PubMed、核酸、アミノ酸配列、発現データ、PubChem (生化学的な働きをする小分子)、タンパク質構造、解読が完了したゲノム、TaxonomyといったNCBIの主要な30以上ものデータベースに対...
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute
生物種:
説明:
ゲノム解読された脊椎生物およびその他の主要な真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Ce...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
欧州の核酸配列レポジトリで、個々の研究者やゲノム配列決定プロジェクトから提供される配列データの登録と配布を行っています。GenBank(米国), DDBJ(日本)と国際的なコラボレーションを行っていま...
運用機関:
熊本大学 生命資源研究・支援センター
生物種:
Mus musculus
説明:
熊本大学発生医学研究センター臓器形成分野で作製した可変型遺伝子トラップクローンのデータベースです。トラップした遺伝子に関する情報や5'-RACE法による同定情報、トラップクローンから樹立したマウス系統...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
タンパク質の分子表面に関するデータベースで、分子認識機構の分析に有用な情報を提供しています。Protein Data Bankの構造について、静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノリー表面と合...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Aeropyrum pernix K1 | Anaerolinea thermophila UNI-1 | Arthrospira platensis NIES-39 | Aspergillus oryzae RIB40 | Brevibacillus brevis NBRC 100599 | ...
説明:
NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、ア...
運用機関:
University of California
生物種:
Saccharomyces cerevisiae | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | ...
説明:
Yeast two-hybrid等の生化学実験によって決定されたタンパク質間相互作用のデータベースです。相互作用するタンパク質の情報の他に、相互作用マップを提供しています。相互作用マップでは、相互作用...
運用機関:
京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター
生物種:
Drosophila
説明:
「DGRC」はショウジョウバエ系統の統合検索システムです。現在のところ、ナショナル・バイオリソース・プロジェクト「ショウジョウバエ」の事業担当機関（京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大...
運用機関:
国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
生物種:
Deinococcus
説明:
放射線耐性菌(Deinococcus) について、DNA修復関連タンパク質のアミノ酸配列、ゲノム上の位置、相互作用の情報が公開されています。ORFのアノテーションに注力しています。サイトでは、データベ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
All
説明:
欧州と米国の対応機関（EBIとNCBI）と密接に関係しながら、DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースを構築している三大国際データバンクのひとつです。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Plasmodium falciparum | Cyanidioschyzon merolae | Rattus norvegicus | ...
説明:
ヒト、マウス、その他の真核生物の正確な転写開始点を収録したデータベースです。mRNA 5'端に存在するキャップ構造を特異的に選別するオリゴキャッピング法を用いて取得した最新の完全長cDNA配列と、その...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Ciona
説明:
ホヤ等の被嚢類の転写制御の情報を、文献より抽出したデータベースです。実験情報、遺伝子発現の局在、結合配列、プロモータ領域、文献情報などが収録されています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Bacillus subtilis
説明:
枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。
運用機関:
九州大学 生体防御医学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0K上流および0.2K下流まで）...
運用機関:
国立研究開発法人放射線医学総合研究所
生物種:
説明:
蛋白質多様性に着目する生物学研究を支援するために、蛋白質コード領域に見出されるアミノ酸変化多型と可変的スプライシングの情報を提供します。ここでは蛋白質多型の概念を遺伝的多型だけではなく、スプライシング...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
説明:
ゲノムネットのバックボーンとなる検索システムです。KEGGデータベース群をはじめ、ゲノムネットで公開しているデータベースを統合検索できる窓口です。
運用機関:
The university of Manchester
生物種:
説明:
タンパク質のフィンガープリントを提供しているサイトです。Accession番号やPRINTS code、配列情報などで検索することが可能です。立体構造へのリンクや生物種間の配列比較を行うためのマルチプ...
運用機関:
東京大学
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
生殖細胞 (germ cell) は種の保存に必須である重要な細胞であるだけでなく、減数分裂という特殊な分裂形式を持ち、全能性や無限増殖能を秘めている極めて興味深い細胞です。しかしながら、生殖細胞の形...
運用機関:
The Centre for Applied Genomics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムにおける構造多型を包括的にまとめたデータベースです。2005年に世界の5つの研究機関、企業が国際コンソーシアム（ヒトゲノム構造多型コンソーシアム）を結成し、多様な人種におけるコピー多型の全容...
運用機関:
九州大学 生体防御医学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造をゲノムブラウザー上に表示します。
九州大学生体防御医学研究所によるオリジナルサイト（http: //orca.gen.ky...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Cyanobacteria
説明:
らん藻遺伝子に関する全世界の研究者の知識を集約した「コミュニティデータベース」です。らん藻の１種であるSynechocystis sp. PCC6803 の全ゲノム配列は1996年にかずさDNA研究所...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Cyanobacteria
説明:
財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したシアノバクテリアを含む、シアノバクテリア、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果を収録しています。2017年にリリースされた新バージョンでは...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Bacteria | Eukaryota | Viruses
説明:
各生物種のコドン使用頻度を収集しているデータベースです。生物種ごとに、各タンパク質をコードする遺伝子から算出されるコドン使用回数を集計し、千分率で表示しています。GC含量も掲載されています。
CUTG...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
酵素反応のメカニズムに関するデータベースです。酵素について、タンパク質の配列や構造、触媒残基の位置、補助因子、反応メカニズムなどのアノテーション情報を収録しています。Protein Data Bank...
運用機関:
Max-Planck-Institut fur Entwicklungsbiologie
生物種:
説明:
複数のゲノム配列で保存されている非コードDNA領域は、制御エレメントである可能性が高いと考えられます。そこで、10種類の脊椎動物の相同遺伝子の組の上流領域から、保存されている非コード領域を収集し、デー...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
UniProtやIPIに登録されているタンパク質を関連のあるグループに自動的に分類したデータベースです。分類手法は、タンパク配列間のペアワイズ比較法に基づいています。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
説明:
CIBEXは、EBIのArrayExpress、NCBIのGene Expression Omnibus(GEO)とともに、遺伝子発現データの国際的レポジトリとして機能しているデータベースです。MGE...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Chlamydomonas reinhardtii
説明:
かずさDNA研究所で決定したクラミドモナスのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
生命プロセスに介在する小分子化合物の辞典です。ゲノムに直接コード化されている分子（例：核酸、タンパク、ペプチド）はこのデータベースの対象外です。登録されているデータは、多数の情報源のデータを組み合わせ...
運用機関:
東京医科歯科大学 難治疾患研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
癌の遺伝子発現データ及び臨床情報の統合データベースです。乳がん、結腸直腸がん、肝細胞がん、食道がん、甲状腺がん、胃がんの遺伝子発現プロファイル解析を行ったデータと詳細な臨床情報が格納されています。遺伝...
運用機関:
東北大学 加齢医学研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Chlorocebus aethiops | Callithrix jacchus | ...
説明:
東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センターは、国立大学の中で唯一の癌細胞バンクであり、国内外の研究者に多数の細胞株を供給しています。種々のヒト癌細胞、正常細胞、動物腫瘍細胞、正常機能保持細胞、単クロー...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
高品質で確実にアノテーション付けされたヒトとマウスのタンパク質コード領域のコアセットを集約し、提供しているデータベースです。
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）