レコード詳細
運用終了
DOGAN: a genome database of microorganisms sequenced at NITE
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC00050 |
|---|---|
| 名称データベースの名称 | DOGAN |
| 別称データベースの別称 | a genome database of microorganisms sequenced at NITE |
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/top |
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 |
| 説明データベースの説明 | NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。 |
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Aeropyrum pernix K1 (272557), Anaerolinea thermophila UNI-1 (926569), Arthrospira platensis NIES-39 (696747), Aspergillus oryzae RIB40 (510516), Brevibacillus brevis NBRC 100599 (358681), Caldisericum exile AZM16c01 (511051), Corynebacterium efficiens YS-314 (196164), Deferribacter desulfuricans SSM1 (639282), Desulfovibrio magneticus RS-1 (573370), Gemmatimonas aurantiaca T-27 (379066), Kitasatospora setae (2066), Kocuria rhizophila DC2201 (378753), Methanocella paludicola SANAE (304371), Microlunatus phosphovorus NM-1 (1032480), Oscillibacter valericigenes Sjm18-20 (693746), Pyrococcus horikoshii OT3 (70601), Rhodococcus erythropolis PR4 (234621), Rhodococcus opacus B4 (632772), Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7 (721032), Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 (718274), Sphingobium japonicum UT26S (452662), Sphingobium sp. SYK-6 (627192), Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 (196620), Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (158879), Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 (279808), Streptomyces avermitilis MA-4680 (227882), Sulfolobus tokodaii str. 7 (273063) |
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
|
| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI | ― |
| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 |
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 運用終了 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/data_download/view |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/top |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先 | ― |
| API / SPARQL endpoint | ― |
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― |
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | http://medals.jp/list/detail/109.html |
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― |
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― |
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog |
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2011-12-08 |
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2019-05-16 |
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |