データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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運用機関:
Kansas State University
生物種:
Tribolium castaneum
説明:
コクヌストモドキ（Tribolium）の遺伝学および発生生物学のためのコミュニティリソースです。データベースは、汎用データモデル Chado 上に構築されており、ゲノム配列から突然変異表現型まで、さま...
運用機関:
Department of Energy Joint Genome Institute (DOE JGI)
生物種:
Bacteria | Eukaryota | Fungi
説明:
公に利用可能なすべての微生物のゲノムを対象として、データの管理、分析およびアノテーション付与を行うためのプラットフォームです。ゲノム、タキソノミー、研究、代謝などの情報を収集しています。ゲノム、機能、...
運用機関:
Infrafrontier Research Infrastructure, Infrafrontier Gmbh
生物種:
Mus musculus
説明:
生物医学の基礎研究に不可欠な、重要なマウスの変異株の収集、保管（凍結保存）および配布を目的とした非営利リポジトリです。ヨーロッパ中のいくつかの研究所や機関をパートナーとして、ヒトの遺伝的および多因子性...
運用機関:
Iowa State University
生物種:
Glycine max | Glycine soja
説明:
米国農務省研究サービス植物遺伝学ユニット（USDA-ARS）が運用する大豆の遺伝子データベースです。専門家によりキュレーションされた大豆の遺伝子、ゲノミクス、関連するデータリソースを集約しており、最新...
運用機関:
Institute for Systems Biology (ISB), Seattle Proteome Center
生物種:
Apis | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Candida | Danio rerio | ...
説明:
タンデム質量分析プロテオミクスの研究およびソフトウェアツールで同定されたペプチドの公開データベースです。サンプルの情報、サンプルの調整、解析プラットフォーム、変性方法、報告文献などの情報を収録していま...
運用機関:
National Institute of Agrobiological Sciences, ProDom Team
生物種:
Spodoptera frugiperda
説明:
鱗翅目ヨトウガのゲノミクスの統合データベースです。数多くの遺伝子の同定と、科学コミュニティが関心を寄せる遺伝子ファミリーの包括的クローニングを可能とします。 クラスターやコンティグの塩基配列、ライブラ...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua
生物種:
Daphnia | Daphnia magna | Daphnia pulex
説明:
ミジンコ科のゲノムデータベースです。主にミジンコとオオミジンコについてEST、GSS、マイクロサテライトのライブラリー、遺伝子についての配列、染色体位置、相同遺伝子、タンパク質、オントロジー、発現情報...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua
生物種:
Anopheles gambiae | Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明:
真核生物データベースから得られる遺伝子･ゲノム情報について、共通の要約を提供するリソースです。要約に含まれる情報は、遺伝子記号および完全名、染色体、遺伝子および分子マップ情報、遺伝子のオントロジー（機...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua
生物種:
All
説明:
天然と推定される状態において、全体または部分的に、固定された３次元構造をもたないタンパク質に関する情報を提供するキュレーションされたデータベースです。タンパク質を得られた生物種、機能、固定の３次元構造...
運用機関:
Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM), SBI, bioinsilico.org
生物種:
All
説明:
既知のタンパク質構造から抽出されたループの構造的分類のコレクションです。この構造的分類は、ループの幾何学的形態および立体配座に基づいて行われます。幾何学的形態は、4 つの内部変数と規則的な隣接する二次...
運用機関:
Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM), SBI
生物種:
Gallus gallus | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
プロモーターや遺伝子についての情報を伴うオーソロガスな結合サイトのコレクションです。実験的に定義された結合サイトについて、予測される結合サイトやプロモーターの配列も収録しています。
運用機関:
Institut de Genetique et de Biologie Moleculaire et Cellulaire (IGBMC), Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種:
All
説明:
反復配列、膜貫通配列、および循環配列のための機能拡張を含むベンチマークアラインメントデータベースです。
運用機関:
International Centre Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB), Jedlik Laboratories: Bioinformatics, Faculty of Information Technology, Pázmány Péter Catholic University
生物種:
All
説明:
機械学習法の性能比較が可能な標準データセットを作成するためのコレクションです。ドメインの配列や構造のトポロジーグループの分類、タンパク質配列、データセット間の距離マトリックス、データ生成のための処理方...
運用機関:
National Centre for Scientific Research (CNRS), Institut de Biologie et Chimie des Proteines (IBCP), Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種:
Hepatitis C virus
説明:
C型肝炎ウイルスのタンパク質配列、構造および機能解析、ならびに構造生物学を主たる焦点とするデータベースです。命名法を確実にし、遺伝子領域／タンパク質、参照文献、遺伝子タイプ、興味深いドメインなどを収録...
運用機関:
FAIRDOM, Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS)
生物種:
All
説明:
生化学反応、この反応の運動方程式およびパラメータ、ならびにこれらのパラメータを測定した実験条件を収録したデータベースです。反応の基質、生成物、EC番号、関連パスウェイを収録しています。
運用機関:
Health Canada
生物種:
Homo sapiens
説明:
カナダでの使用が承認された医薬品に関する製品固有の情報を収録したデータベースです。Health Canadaが管理する本データベースには、ヒト用の医薬品および生物製剤、獣医薬および殺菌剤が含まれます。...
運用機関:
Forsyth Institute
生物種:
Bacteria | Fungi
説明:
ヒトの口腔内に存在する原核生物種に関する、部位特異的な包括的データベースです。キュレーションされた 16S rRNA 遺伝子に基づく暫定的命名法と、分類学的情報に基づくゲノム情報が含まれています。
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia, The Wellcome Trust Sanger Institute, The Wellcome Trust Genome Campus
生物種:
Eukaryota | Leishmania | Leishmania major | Trypanosoma brucei | Trypanosoma cruzi | ...
説明:
トリパノソーマ科（Leishmania 属、Trypanosoma 属）の統合ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。ゲノムの配列や変異、転写、プロテオミクス、タンパク質の...
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia
生物種:
Eukaryota | Trichomonas
説明:
腟トリコモナスの統合ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。ゲノムの配列や変異、転写、プロテオミクス、タンパク質の機能アノテーション、パスウェイや相互作用などの情報を収録し...
運用機関:
Bioinformatics Resource Centers, National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH)
生物種:
Toxoplasma
説明:
ヒトおよび動物の疾病（トキソプラズマ症を含む）を引き起こす単細胞真核生物病原菌、トキソプラズマ属の統合ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。ゲノムの配列や変異、転写、プロ...
運用機関:
生物種:
Plasmodium
説明:
ヒトおよび動物の疾病（マラリアを含む）を引き起こす単細胞真核生物病原菌、マラリア原虫属の統合ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。ゲノムの配列や変異、転写、プロテオミクス...
運用機関:
生物種:
Eukaryota | Giardia
説明:
ヒトの下痢性疾患の原因となるランブル鞭毛虫のゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。核ゲノム組織の起源、寄生原生生物が使用する代謝経路、宿主との...
運用機関:
Institute of Integrative Biology, University of Liverpool, The Wellcome Trust Centre for Molecular Parasitology, The Wellcome Trust Sanger Institute, Bioinformatics Resource Centers, National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH)
生物種:
Acanthamoeba | Aedes aegypti | Anncaliia | Anopheles gambiae | Babesia | ...
説明:
真核生物病原体をカバーする統合ゲノムデータベースです。同じ構造で構築された分類群ごとのデータベースを多数含んでいます。VEuPathDB ポータルは、これらすべてのリソースへの入口として機能し、属間の...
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia
生物種:
Cryptosporidium
説明:
寄生虫クリプトスポリジウムのゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（VEuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノム配列およびアノテーションを統合したこのデータベースには、コミュニテ...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
市販されている医薬品およびその記録された副作用に関する情報を収録しています。副作用情報は、公開文書および添付文書から抽出されます。提供されている情報には、副作用の頻度、薬と副作用の分類、関連情報（薬と...
運用機関:
生物種:
説明:
大腸菌 K-12 ゲノムおよびプロテオーム配列に関する最新情報を含むデータベースです。遺伝子名、配列、前後の遺伝子マップ、マイクロアレイ、タンパク質の情報、大規模な遺伝子関連の文献目録を収録しています...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG), ELIXIR-Hub, MRC Laboratory of Molecular Biology (LMB), European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
生物種:
Homo sapiens
説明:
さまざまなデータ提供者から提供されたゲノム研究のデータセットを探索できるリソースです。データセットにアクセスするには、指定されたデータアクセス委員会（DAC）の承認を得る必要があります。
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), wwPDB, European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
生物種:
All
説明:
Protein Data Bank のエントリーに含まれるすべての残基および小分子成分を記述するデータベースです。リガンド、小分子、モノマーについての詳細な化学的記述（分子名、分子構造、SMILES、...
運用機関:
Digital Science, Macmillan Publishers, Datacite
生物種:
All
説明:
ユーザーの研究者が、自らの研究成果のすべてを、引用、共有、発見が可能な形で公開することができるリポジトリです。研究データのショーケース、研究結果のインパクトを測る場、カスタマイズ不要の実装ツールなどと...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG)
生物種:
All
説明:
遺伝子系統（phylomes）のカタログデータベースです。遺伝子の履歴を、系統樹および複数の配列アラインメントを用いて視覚化することができます。遺伝子名、配列、生物種、コピー数の情報を収録しています。
運用機関:
Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種:
Phaeodactylum tricornutum | Thalassiosira pseudonana
説明:
珪藻生物学の研究に利用することができる珪藻のEST（発現配列タグ）データベースを提示しています。コンティグ番号、クラスターサイズ、塩基配列などを収録しています。これらのデータベースは検索が可能です。
運用機関:
Laboratoire Architecture et Fonction des Macromolecules Biologiques (AFMB), Université d'Aix-Marseille
生物種:
All
説明:
グリコシド結合を分解、改変、または生成する酵素について構造的に関連する触媒および炭水化物結合モジュール（または機能的ドメイン）のデータベースです。活性部位の分類ファミリー、機能、3D構造、生物種などを...
運用機関:
生物種:
説明:
Protein Data Bank (PDB) の構造、リガンド、およびアノテーションが付された機能部位残基のデータベースです。タンパク質名、機能部位名、機能部位配列や共通配列などを収録しています。P...
運用機関:
The CUCKOO Workgroup
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces cerevisiae | ...
説明:
細胞周期に関わるタンパク質のデータベースです。真菌（S. cerevisiaeおよびS. pombe）動物（C. elegans、D. melanogaster、X. laevis、M. muscul...
運用機関:
Charles University
生物種:
Eukaryota | Viruses
説明:
実験的に得られた配列内リボソーム進入部位（IRES：Internal Ribosome Entry Site）のセグメントに関する情報を収録したデータベースです。機能の有無、プロモーターとのオーバーラ...
運用機関:
Coli Genetic Stock Center (CGSC), Yale University
生物種:
Escherichia coli
説明:
CGSCが保有する大腸菌の遺伝情報について、遺伝子型、CGSC が保有する株に対する参考文献情報、遺伝子の名称、同義語、特性、およびマップ位置、遺伝子産物、ならびに特定の突然変異と重要な文献への参照情...
運用機関:
Centre for Arab Genomic Studies
生物種:
Homo sapiens
説明:
アラブ首長国連邦ゲノム研究センター（CAGS）が運営する、アラブ人の遺伝性疾患についてのデータベースです。疾患名、WHO ICD、OMIM番号、関連遺伝子、変異位置や疾患の解説を収録しています。疾患、...
運用機関:
Centre de Biochimie Structurale (CBS)
生物種:
All
説明:
ジスルフィド結合の結び目を突き抜けるジスルフィド結合（ノッティン構造）ファミリー（別名：インヒビターシスチンノット[ICK] ）のデータベースです。PDB ID、学術名称、3D構造、アミノ酸配列などの...
運用機関:
Center for Applied Genomics
生物種:
Homo sapiens
説明:
自閉症に関連した情報を手作業でキュレーションしたデータベースです。公開されている文献、データベース、および未発表データから得られたブレークポイントやその他のゲノム機能が収録されています。
運用機関:
Icahn School of Medicine at Mount Sinai, US National Cancer Institute
生物種:
Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
タンパク質の翻訳後修飾（PTM）に関する広範な情報を提供するデータベースです。タンパク質の機能、分布、配列、３次元構造、関与するリン酸化酵素やタンパク質、がん部位での変異、他生物種との配列比較などの情...
運用機関:
生物種:
説明:
Cell Signaling Technology 社の抗リン酸化抗体製品を展示するためのシグナル伝達パスウェイポータルです。細胞周期調節、細胞内代謝、エピジェネティックスなどについてのインタラクティ...
運用機関:
LBI Team (CEA)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Helicobacter pylori | Homo sapiens | ...
説明:
タンパク質 - タンパク質相互作用ネットワークを推測する自動予測ツールです。interolog 概念に基づいたメソッドを採用しており、ソースである公共データベースから得られた相互作用のデータセットと、...
運用機関:
Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC)
生物種:
All
説明:
1965年に創設された、小分子有機結晶および金属-有機結晶構造の世界的なデータベースです。X線および中性子回折解析から得られた化学構造、3D構造、文献を収録しています。
運用機関:
生物種:
説明:
本データベースは、天然タンパク質を対象として、in vivo または in vitro でのタンパク質分解事象について記述したドキュメントに簡単にアクセスできるコレクションです。エントリは、プロテアー...
運用機関:
Bulyk Laboratory, Brigham and Women's Hospital/ Harvard Medical School
生物種:
Ashbya gossypii | Burkholderia pseudomallei K96243 | Burkholderia thailandensis E264 | Caenorhabditis elegans | Cryptosporidium parvum | ...
説明:
in vitro での タンパク質の DNA 結合特異性に、汎用的なタンパク質結合マイクロアレイ（PBM）技術を適用して生成したデータを収録しています。タンパク質名、PBMに結合する領域の塩基配列、遺...
運用機関:
Buck Institute for Research on Aging, U.S. National Library of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの変異データに、タンパク質構造情報およびその他機能関連情報（存在する場合のみ）をアノテーション付けしたデータベースです。各変異について、変異配列、関連するタンパク質、染色体位置などを収録しています...
運用機関:
Human Microbiome Project, Broad Institute
生物種:
Magnaporthe grisea
説明:
Magnaporthaceae 科の複数の真菌ゲノムへのアクセスを提供し、それらの比較分析を容易にするデータベースです。このプロジェクトは、国際イネブラストゲノムコンソーシアム（Internation...
運用機関:
BC Cancer Agency
生物種:
All
説明:
学術的な文献から、既知の遺伝子調節因子をキュレーションするためのオープンデータベースです。世界中のユーザーから、バイオアッセイに対するアノテーションが収集され、PubMED、Entrez Gene、E...
運用機関:
Department of Medical Informatics, Institute of Medical Biometry und Informatics, Heidelberg University, University of Tübingen
生物種:
Homo sapiens
説明:
クラス I およびクラス II MHC 分子に結合することが知られているペプチド配列のデータベースです。公開された文献からMHCクラスIおよびクラスIIリガンドのコレクションと、ヒトおよび他の生物種（...
運用機関:
University of Dundee
生物種:
All
説明:
構造データにおいて観察されるドメイン-ドメイン間の相互作用をまとめたオブジェクト指向のデータベースです。MSD データウェアハウス（現PDBe）から得た構造データにProtein Quaternary...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）