データベースのレコード一覧 (件数: 2583)
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Digenic diseases database: DIDA
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
多因子遺伝の最もシンプルな形態である二遺伝子遺伝疾患の消化器疾患に関与するデータベースです。２つの遺伝子の遺伝子名、変異塩基、タンパク質、疾患名を収録しています。 遺伝子、多型、二遺伝子の組み合わせ、...
休止
ProteoRed
運用機関:
Centro de Investigacion Medica Aplicada (CIMA)
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
スペインのプロテオミクス研究施設の連携、統合、発展を目的とした国家的ネットワークサイトです。プロテオミクス分野の技術提供、Human Proteome Project (HPP) を含む国際プロジェク...
運用終了
openSNP
運用機関:
Seven Bridges, openSNP Administrators
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのゲノムデータのクラウドソースコレクションです。SNP のジェノタイピングデータ、エクソンの配列決定データ、表現型に付されたアノテーション、定量化された自己追跡データを提供します。ジェノタイピング...
休止
Swedish Ocean Archive: SHARK
運用機関:
Swedish Meterological and Hydrological Institute (SMHI)
生物種:
All
説明:
スウェーデン周辺の海の海洋環境モニタリングで得られたデータを含むデータベースです。コンピュータで利用するためのメタデータ、データ、パッケージとして収録しています。人間が読むことができるコンテンツはSH...
休止
SICAS Medical Image Repository: SMIR
運用機関:
Swiss Institute for Computer Assisted Surgery
生物種:
Homo sapiens
説明:
Sicas Medical Image Repository は、医療分野の画像、セグメンテーション画像、SSM などのデータから統計的形状モデルを構築･共有できる集中ストレージシステムです。DICO...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
塩基配列のデータベースです。以下のアーカイブにより構成されています：
・配列リードアーカイブ（SRA：Sequence Read Archive）：454、IonTorrent、Illumina、S...
休止
iSpyBio
運用機関:
生物種:
All
説明:
生命科学のためのインテリジェントで偏りのない検索エンジンです。論文、レビュー、特性決定画像、テスト済みアプリケーションなどのデータ数により試薬をランク付けします。抗体、タンパク質、ELISA キット、...
休止
bNAber
運用機関:
Ragon Institute, SBMRI, Sanford-Burnham Prebys Medical Discovery Institute, TSRI
生物種:
Homo sapiens | Human immunodeficiency virus
説明:
抗HIV広域中和抗体（bNAb）の中和プロファイル、配列、および３次元構造（解明されている場合）を含む詳細データを提供するデータベースです。また、中和データを解析するためのヒートマップや、bNAb の...
運用機関:
The National Autonomous University of Mexico at the Center for Genomic Sciences, University of Mexico
生物種:
Escherichia coli
説明:
RegulonDB は、細菌（大腸菌K12株）の遺伝子調節に関する知識を計算可能で体系化された形式で格納したデータベースです。文献からのマニュアルキュレーションおよびハイスループット実験データと計算機...
運用機関:
Manchester Center for Integrative Systems Biology
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母のゲノムスケール代謝モデル（GEM）のレポジトリです。yeast.sf.netから引き継いだプロジェクトです。ゲノムデータと文献から再構成された、高度にアノテーションされた酵母代謝ネットワーク...
運用機関:
University of Athens
生物種:
All
説明:
G タンパク質、GPCR およびエフェクター分子とそれらの相互作用に関するパブリックデータベースです。配列は、広範な文献検索に基づいて、異なるクラス、ファミリーおよびサブファミリーの階層に従って分類さ...
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute
生物種:
Vertebrata
説明:
配列決定が完了した脊椎動物のゲノム配列に手作業で付された高品質なアノテーションを収集したリポジトリです。マウスのノックアウトおよびヒトLOF転写産物を含む遺伝子、MHCおよびLRC領域、NODマウスの...
運用機関:
Association of Universities in the Netherlands (VSNU), Data Archiving and Networked Services (DANS)
生物種:
説明:
すべてのオランダの大学、KNAW、NWO、および他の多くの研究機関のリポジトリに収録されているものの、他のデータベースでは参照されていない科学的情報へのオープンアクセスを提供します。文献、データセット...
運用機関:
生物種:
Oryza
説明:
イネの日本晴種亜種のゲノム配列と12のイネ染色体のアノテーションを提供するデータベースです。遺伝子位置、構造、予測されるタンパク質の長さなどを収録しています。これらのデータは、検索ページとアノテーショ...
運用機関:
生物種:
説明:
世界中 90 以上の集団の HLA 配列、HLA 遺伝子座、HLA 対立遺伝子座、およびハプロタイプ頻度の遺伝学的検査のサポートツールへのアクセスを提供するリソースです。この他にも、造血幹細胞移植およ...
運用機関:
Center for Biomedical Informatics and Information Technology (CBIIT), Centers of Cancer Nanotechnology Excellence (CCNEs), Nanotechnology Characterization Laboratory (NLC), National Institute of Health
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
世界の生物医学ナノテクノロジー研究コミュニティ全体の情報共有を促進するべく設計されたデータ共有ポータルです。 生物医学においてナノテクノロジーがより迅速に利用され、その有効性が確認されることを目指して...
運用終了
Streptococcus agalactiae NEM316 / Serotype III genome database: SagaList
運用機関:
生物種:
説明:
食品媒介病原菌であるストレプトコッカス・アガラクティエ（Streptococcus agalactiae）のゲノム解析専用のデータベースです。Streptococcus agalactiae NEM3...
運用終了
Photorhabdus luminescens genome database: PhotoList
運用機関:
生物種:
説明:
Photorhabdus luminescens のゲノム解析データベースです。線虫に内部共生し、昆虫に病原性を示すPhotorhabdus luminescensのゲノムについて、遺伝子名、塩基長、...
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Mycoplasma pulmonis genome database: MypuList
運用機関:
生物種:
説明:
マウスの呼吸器マイコプラズマの病原菌である肺マイコプラズマ（M. pulmonis）のゲノム情報を、様々な面から関連づけ、統合することを目的としています。肺マイコプラズマ UAB CTIP 株から抽出...
運用終了
Listeria innocua and Listeria monocytogenes genomes database: ListiList
運用機関:
生物種:
説明:
食品媒介性病原菌であるリステリア菌、およびその非病原性近縁種であるリステリア・イノキュアのゲノムの解析に特化したデータベースです。細菌-宿主の相互作用を起こす典型であるリステリア菌（L. monocy...
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Legionella pneumophila genome database: LegioList
運用機関:
生物種:
説明:
レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）の Paris 株 （フランスの固有種）、Lens 株（流行株）、Phildelphia 1 株、Corby 株のゲノム分析専...
運用終了
Colibri
運用機関:
生物種:
説明:
グラム陰性細菌の典型である大腸菌（E. coli）のゲノム情報を様々な面から関連づけ、統合することを目的としたリソースです。典型株 K-12 から抽出された DNA とタンパク質の完全な配列データセッ...
運用終了
Buruli ulcer bacillus Database: BuruList
運用機関:
生物種:
説明:
マイコバクテリウム・ウルセランス菌、ブルーリ潰瘍桿菌のゲノム解析を専門とするデータベースです。流行株 Agy99 から抽出された DNA とタンパク質の完全な配列データセットを関連するアノテーションお...
休止
STING
運用機関:
Computational Biology Research Group , Embrapa/Informatica Agropecuaria
生物種:
All
説明:
タンパク質と他の生体巨大分子との相互作用に関する情報を収録したデータベースです。ブラジルの農業、家畜および医学が直面する課題の研究を支援することを主な目的として、これらの相互作用の分析に使用される構造...
運用機関:
慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本人の生殖細胞系列の病的変異（バリアント）の情報を提供するデータベースです。主に難病希少疾患領域における病的変異の情報を、論文からのキュレーションや既存のデータベースから収録しています。変異、疾患、...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
核酸医薬の開発支援のための、ヒトと実験動物（霊長類）のRNAデータを網羅するデータベース（2019年3月現在テスト版）です。RefSeq、Gencode、FANTOM5のデータから作成されたヒトのゲノ...
運用機関:
日本環境変異原学会
生物種:
Homo sapiens | Bacteria | Salmonella Typhimurium | Escherichia coli | Drosophila | ...
説明:
天然物を含め、食品や食品添加物、医薬品や医療用品、農薬などのほか、それらの材料として使用されてきた既存の工業用化学物質に対して国内外で行われた変異原性試験の結果を収集したデータベースです。化合物の一般...
運用機関:
難病プラットフォーム
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本医療研究開発機構（AMED）の「難治性疾患実用化研究事業」および厚生労働省が所管する「難治性疾患政策研究事業」で行われている難病を対象としたレジストリ研究の共通基盤を提供するサイトです。各研究班か...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明:
医薬基盤・健康・栄養研究所が公開している16のデータベース（生物資源および研究データ）を横断的に検索できるシステムです。キーワードを入力し、対象のデータベースを選択した検索の他、薬剤・化合物、疾患、遺...
運用機関:
東京大学医学部附属病院
生物種:
Homo sapiens
説明:
東京大学医学部附属病院脳神経外科で開発された健常成人（アジア人男性）の頭部解剖構造の3次元コンピュータグラフィックス（ポリゴンモデル）です。検体データを基礎とし、複数の教科書や医師の知見に基づき作成さ...
運用機関:
Neotoma Leadership Council
生物種:
Spermatophyta | Vertebrata | Bacillariophyta | Ostracoda | Insecta | ...
説明:
コミュニティベースの古生態学データベースです。約500万年前からの花粉、哺乳類、珪藻、貝形虫などの化石のデータおよび地質学データを含みます。ユーザーはCC BY 4.0の利用条件の下でデータを自由に利...
運用機関:
国立科学博物館
生物種:
Tracheophyta
説明:
日本の絶滅危惧維管束植物（環境省 2012）について、周辺地域となる中国、韓国、台湾、ロシア東部における分布と状態（絶滅危惧あるいは非絶滅危惧）を、各国および各地域のレッドリストをもとに作成し公開して...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター, TEC group
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌の全シグマ因子・転写因子とその制御標的遺伝子セットを格納したデータベースです。新規に開発したGonomic SELEX法により、全シグマ因子・転写因子の認識配列を同定しています。転写因子を指定し...
運用機関:
東京大学, 国立研究開発法人 森林研究・整備機構, 地方独立行政法人 北海道立総合研究機構, 明治大学
生物種:
Abies sachalinensis
説明:
トドマツのトランスクリプトームデータベースです。網羅的に収集された、トドマツの主要な器官（雄花、雌花、新葉、内樹皮）で働く遺伝子の発現と塩基配列情報およびアノテーションを提供しています。キーワード検索...
運用機関:
東邦大学 理学部 生物分子科学科
生物種:
Homo sapiens
説明:
核内受容体constitutive androstane receptor（CAR）のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs) の情報を提供するサイト...
運用機関:
東邦大学 理学部 生物分子科学科
生物種:
Homo sapiens
説明:
核内ホルモン受容体スーパーファミリーで転写因子として働く retinoid X receptor (RXR) のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs...
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Aves
説明:
大阪府立大学とその隣にあるにさんざい古墳で観察された野鳥約40種を紹介しています。種名・科名・および風景の写真から検索ができます。
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Embryophyta
説明:
大阪府立大学キャンパスおよび森林、公園、緑化現場などで出現した樹木の実生画像約170種を紹介しています。
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Embryophyta
説明:
大阪府立大学のキャンパスに生育する200種以上の樹木を紹介しています。種名・科名・花やたねおよび風景の写真から樹木の検索ができます。
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Bacteria | Archaea | Viruses | Eukaryota
説明:
ウィルスとその宿主をNCBI taxonomy IDのペアとして整理したデータベースです。NCBI/RefSeq、またはアクセッション番号がEBI GenomesにリストされたGenBankに完全長ゲ...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Allium cepa | Allium cepa var. aggregatum | Allium roylei | Allium fistulosum
説明:
ネギ属のトランスクリプトームデータベースです。次世代シークエンサーによるRNA-Seqで、日本ネギ（A. fistulosum, FF）、Shallot (A. cepa Aggregatum gro...
運用機関:
東北大学 大学院情報科学研究科
生物種:
Chlamydomonas reinhardtii | Cyanidioschyzon merolae
説明:
微細藻類の遺伝子共発現データベースです。公共データベース (Sequence Read Archive: http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01098, ...
運用機関:
Japan Paleobiology Database
生物種:
Metazoa | Bacteria | Haptophyceae | Stramenopiles | Fungi | ...
説明:
日本国内の大学・博物館・資料館などが所蔵する古生物標本を横断的に検索できるデータベースです。当該機関から提供された学名、記載著者名、産地や年代などの標本情報と所蔵機関名を収録しています。各レコードは所...
運用機関:
長浜バイオ大学
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患に関連する遺伝子多型を可視化するサイトです。dbSNP、ClinVar、COSMIC、OMIM、RAPIDなどから収集した情報を統合し、多型マップ、アミノ酸配列、タンパク質の3次元構造、SN...
運用機関:
公益財団法人長尾自然環境財団
生物種:
Chondrichthyes | Actinopterygii | Lepidosauria | Amphibia | Decapoda | ...
説明:
東南アジアの淡水魚を中心とする標本データベースです。ラオス、タイ、カンボジア、ベトナム、マレーシア、ミャンマー、および日本に生息する淡水魚、水生昆虫、貝類の生態写真や標本写真、遺伝子情報、タキソノミー...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Fagopyrum esculentum
説明:
ソバのゲノムデータベースです。NGSによって得られたショートリード配列を用いてドラフトゲノムを決定し、遺伝子予測解析により決定されたCDSについて、NCBI NRまたはTAIR 10データベースによる...
運用機関:
千葉大学 真菌医学研究センター
生物種:
Fungi | Actinobacteria
説明:
千葉大学真菌医学研究センターが収集、寄託された病原性真菌および放線菌の情報です。種名、単離日、遺伝子型、血清型、バイオハザードレベルなどの情報を収録しています。真菌リスト、放線菌リストによるブラウズや...
運用機関:
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物種:
Archaea | Bacteria | Apicomplexa | Mycetozoa | Fungi | ...
説明:
大規模な比較ゲノム解析を行うためのワークベンチです。クライアント・サーバ型システムで、MBGD (Microbial Genome Database for Comparative Analysis)...
運用機関:
認定特定非営利活動法人 健康と病いの語りディペックス・ジャパン
生物種:
Homo sapiens
説明:
病気の診断を受けた人やその家族が、同じような経験をした人たちの「語り」に触れて、 病気と向き合う勇気と知恵を身につけるために作られたウェブサイトです。認知症、乳がん、前立腺がん、大腸がん検診、臨床試験...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナ二次代謝産物の液体クロマトグラフィー/質量分析（LC-MS）によるプロファイルデータベースです。シロイヌナズナ野生型（Col-0）の部位別、発生段階別代謝物プロファイルデータベースAtM...
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