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（2025年10月25日(土) 18:00～20:00）
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データベースのレコード一覧 (件数: 2582)
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生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
Baylor College of Medicine
生物種:
All
説明:
タンパク質の配列におけるアミノ酸残基の進化的重要性をランク付けし、構造的に利用可能な場合はトップランクの残基を構造にマップして表示するツールです。リアルバリューとインテジャーとを使って表示するET V...
運用終了
AgBase
運用機関:
AgBase, Mississippi State University
生物種:
Metazoa | Viridiplantae
説明:
農作物や動物の遺伝子について遺伝子オントロジーを含めた構造アノテーションや機能アノテーションを行うデータベースです。データ収集元のDB名とアクセス番号、タンパク質名、遺伝子名、得られた生物種名、アミノ...
運用機関:
Myongji University
生物種:
Canis familiaris | Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
アポトーシス、炎症、ネクローシスおよび免疫細胞のシグナリングパスウェイの鍵となるdeath domain (DD) super family のデータベースです。文献から収集したヒトのDDについて、タ...
休止
FlavorDB
運用機関:
Indraprastha Institute of Information Technology (IIIT-Delhi)
生物種:
All
説明:
FlavorDB は、味と香りを表すフレーバー分子を収載したデータベースです。これらのうち 2,254 分子は、34 のカテゴリーに属する 936 の天然成分に由来しています。ダイナミックでユーザーフ...
Database of fuzzy protein complexes: FuzDB
運用機関:
生物種:
All
説明:
タンパク質の天然変性（ID：intrinsic disorder）領域がパートナー（タンパク質、核酸または小分子）との相互作用においても維持され、生物学的機能に直接影響を及ぼすファジータンパク質複合体...
運用機関:
Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Bioinformatics Research Group
生物種:
All
説明:
天然変性タンパク質同士で構成されるタンパク質複合体のデータベースです。単体の状態で安定した三次構造を持たないこれらのタンパク質の折りたたみは、複合体形成によって相互に誘導されます。このような複合体の情...
NCI Center for Strategic Scientific Initiatives Data Coordinating Center: CSSI DCC
運用機関:
Frederick National Laboratory for Cancer Research
生物種:
All
説明:
CSSI (Center for Strategic Scientific Initiatives) DCC （Data Coordinating Center） Portal は、CSSI から資金...
運用機関:
Southwest University
生物種:
Arabidopsis thaliana | Bombyx mori | Brassica | Drosophila | Homo sapiens | ...
説明:
リアルタイム定量PCR（qPCR）プライマーに関する情報を提供するデータベースです。ヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、酵母、シロイヌナズナ、米、トウモロコシなどを対象に、遺伝子特異的かつ事前計算されたプ...
休止
VertNet IPT
運用機関:
VertNet
生物種:
Vertebrata
説明:
VertNet がIntegrated Publication Toolkit（IPT）を使用して運営する、生物多様性データに関するIPTサイトです。IPT は、一次出現データ、種別チェックリスト、お...
運用機関:
Oak Ridge National Laboratory
生物種:
説明:
陸生生物の地球化学的および生態学的動態観察データとモデルの包括的なアーカイブです。NASA の地球科学をサポートするための研究、教育、意思決定を促進するデータサービスを集め、配布し、提供しています。
運用終了
CRISPRdb
運用機関:
Universitè Paris-Sud 11, CNRS
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
公開された微生物ゲノムやユーザーが提供する配列に対して、CRISPR 配列を容易に検出するためのデータベースとツールを提供するサイトです。また、CRISPR-cas （CRISPR-associate...
運用機関:
Weizmann Institute of Science
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患データベースです。既存のデータソースから疾患エントリのそれぞれについて概要、症状、解剖学的情報、薬、遺伝的検査、変異、文献などの情報を収集しています。ソース間で異なる疾患名を統合する「エイリ...
運用機関:
Biozentrum, University of Basel
生物種:
Caulobacter crescentus | Neisseria meningitidis | Streptomyces coelicolor | Streptomyces granaticolor
説明:
ストレプトミセス属、カウロバクター属、およびナイセリア属のプロテオミクスデータベースです。この分野におけるユニークなデータベースです。所与の種の様々な発達段階におけるタンパク質の発現に関する知識ベース...
休止
CropPAL
運用機関:
Australian National Data Service (ANDS), Edwards Group, University of Western Australia
生物種:
Hordeum vulgare | Oryza sativa | Triticum aestivum | Zea mays
説明:
様々な作物におけるタンパク質の細胞内局在をワンストップで調べることができるデータベースです。大規模スケールのMS/MS（質量分析）結果、蛍光タグ実験の結果、ナズナの実験的タンパク質-タンパク質相互作用...
運用機関:
Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
CLIMA 2 は、独自のデータベースに、認証されたヒト細胞株 STR プロファイルの全てを収載することを目指した統合データベースです。データベースの内容は、ホームページのテーブル内でダイナミックに要...
Coral Trait Database
運用機関:
生物種:
Scleractinia
説明:
イシサンゴ目の珊瑚の生活史形質、系統発生的および生物地理的データを集めたデータベースです。野外調査や採取したもの、文献から抽出した情報など観察データや形質情報を収録しています。種、特徴、リソース、採集...
運用機関:
Department of Biochemistry, University of Cambridge, National Center for Biological Sciences (NCBS), Department of Crystallography, Birkbeck College, University of London
生物種:
All
説明:
タンパク質スーパーファミリーの構造的モチーフのアラインメントを収録するデータベースです。元のスーパーファミリーアラインメントデータベース CAMPASS (CAMbridge database of ...
運用機関:
Theoretical Biology and Biophysics, T-10, Los Alamos National Laboratory
生物種:
Nairovirus | Viruses | Zika virus
説明:
エボラ出血熱およびその他の出血熱を引き起こすウィルスのデータベースです。ウィルス種、地域による発生頻度、アミノ酸および塩基の配列を収録しています。種名、配列、サンプル情報や、地域による検索が可能です。
休止
zfishbook
運用機関:
Mayo Clinic
生物種:
Danio rerio
説明:
ゼブラフィッシュのトランスポゾン標識変異体のリアルタイムデータベースです。発現タグが付いた復帰可能な突然変異を作成する遺伝子破壊トランスポゾン（GBT）を導入したセルラインを登録しています。各レコード...
休止
ProteoRed
運用機関:
Centro de Investigacion Medica Aplicada (CIMA)
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
スペインのプロテオミクス研究施設の連携、統合、発展を目的とした国家的ネットワークサイトです。プロテオミクス分野の技術提供、Human Proteome Project (HPP) を含む国際プロジェク...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
塩基配列のデータベースです。以下のアーカイブにより構成されています：
・配列リードアーカイブ（SRA：Sequence Read Archive）：454、IonTorrent、Illumina、S...
運用機関:
The National Autonomous University of Mexico at the Center for Genomic Sciences, University of Mexico
生物種:
Escherichia coli
説明:
RegulonDB は、細菌（大腸菌K12株）の遺伝子調節に関する知識を計算可能で体系化された形式で格納したデータベースです。文献からのマニュアルキュレーションおよびハイスループット実験データと計算機...
運用機関:
University of Athens
生物種:
All
説明:
G タンパク質、GPCR およびエフェクター分子とそれらの相互作用に関するパブリックデータベースです。配列は、広範な文献検索に基づいて、異なるクラス、ファミリーおよびサブファミリーの階層に従って分類さ...
運用機関:
慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本人の生殖細胞系列の病的変異（バリアント）の情報を提供するデータベースです。主に難病希少疾患領域における病的変異の情報を、論文からのキュレーションや既存のデータベースから収録しています。変異、疾患、...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
核酸医薬の開発支援のための、ヒトと実験動物（霊長類）のRNAデータを網羅するデータベース（2019年3月現在テスト版）です。RefSeq、Gencode、FANTOM5のデータから作成されたヒトのゲノ...
運用機関:
日本環境変異原学会
生物種:
Homo sapiens | Bacteria | Salmonella Typhimurium | Escherichia coli | Drosophila | ...
説明:
天然物を含め、食品や食品添加物、医薬品や医療用品、農薬などのほか、それらの材料として使用されてきた既存の工業用化学物質に対して国内外で行われた変異原性試験の結果を収集したデータベースです。化合物の一般...
運用機関:
難病プラットフォーム
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本医療研究開発機構（AMED）の「難治性疾患実用化研究事業」および厚生労働省が所管する「難治性疾患政策研究事業」で行われている難病を対象としたレジストリ研究の共通基盤を提供するサイトです。各研究班か...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明:
医薬基盤・健康・栄養研究所が公開している16のデータベース（生物資源および研究データ）を横断的に検索できるシステムです。キーワードを入力し、対象のデータベースを選択した検索の他、薬剤・化合物、疾患、遺...
運用機関:
東京大学医学部附属病院
生物種:
Homo sapiens
説明:
東京大学医学部附属病院脳神経外科で開発された健常成人（アジア人男性）の頭部解剖構造の3次元コンピュータグラフィックス（ポリゴンモデル）です。検体データを基礎とし、複数の教科書や医師の知見に基づき作成さ...
運用機関:
Neotoma Leadership Council
生物種:
Spermatophyta | Vertebrata | Bacillariophyta | Ostracoda | Insecta | ...
説明:
コミュニティベースの古生態学データベースです。約500万年前からの花粉、哺乳類、珪藻、貝形虫などの化石のデータおよび地質学データを含みます。ユーザーはCC BY 4.0の利用条件の下でデータを自由に利...
運用機関:
国立科学博物館
生物種:
Tracheophyta
説明:
日本の絶滅危惧維管束植物（環境省 2012）について、周辺地域となる中国、韓国、台湾、ロシア東部における分布と状態（絶滅危惧あるいは非絶滅危惧）を、各国および各地域のレッドリストをもとに作成し公開して...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター, TEC group
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌の全シグマ因子・転写因子とその制御標的遺伝子セットを格納したデータベースです。新規に開発したGonomic SELEX法により、全シグマ因子・転写因子の認識配列を同定しています。転写因子を指定し...
運用機関:
東京大学, 国立研究開発法人 森林研究・整備機構, 地方独立行政法人 北海道立総合研究機構, 明治大学
生物種:
Abies sachalinensis
説明:
トドマツのトランスクリプトームデータベースです。網羅的に収集された、トドマツの主要な器官（雄花、雌花、新葉、内樹皮）で働く遺伝子の発現と塩基配列情報およびアノテーションを提供しています。キーワード検索...
運用機関:
東邦大学 理学部 生物分子科学科
生物種:
Homo sapiens
説明:
核内受容体constitutive androstane receptor（CAR）のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs) の情報を提供するサイト...
運用機関:
東邦大学 理学部 生物分子科学科
生物種:
Homo sapiens
説明:
核内ホルモン受容体スーパーファミリーで転写因子として働く retinoid X receptor (RXR) のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs...
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Aves
説明:
大阪府立大学とその隣にあるにさんざい古墳で観察された野鳥約40種を紹介しています。種名・科名・および風景の写真から検索ができます。
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Embryophyta
説明:
大阪府立大学キャンパスおよび森林、公園、緑化現場などで出現した樹木の実生画像約170種を紹介しています。
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Embryophyta
説明:
大阪府立大学のキャンパスに生育する200種以上の樹木を紹介しています。種名・科名・花やたねおよび風景の写真から樹木の検索ができます。
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Bacteria | Archaea | Viruses | Eukaryota
説明:
ウィルスとその宿主をNCBI taxonomy IDのペアとして整理したデータベースです。NCBI/RefSeq、またはアクセッション番号がEBI GenomesにリストされたGenBankに完全長ゲ...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Allium cepa | Allium cepa var. aggregatum | Allium roylei | Allium fistulosum
説明:
ネギ属のトランスクリプトームデータベースです。次世代シークエンサーによるRNA-Seqで、日本ネギ（A. fistulosum, FF）、Shallot (A. cepa Aggregatum gro...
運用機関:
東北大学 大学院情報科学研究科
生物種:
Chlamydomonas reinhardtii | Cyanidioschyzon merolae
説明:
微細藻類の遺伝子共発現データベースです。公共データベース (Sequence Read Archive: http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01098, ...
運用機関:
Japan Paleobiology Database
生物種:
Metazoa | Bacteria | Haptophyceae | Stramenopiles | Fungi | ...
説明:
日本国内の大学・博物館・資料館などが所蔵する古生物標本を横断的に検索できるデータベースです。当該機関から提供された学名、記載著者名、産地や年代などの標本情報と所蔵機関名を収録しています。各レコードは所...
運用機関:
長浜バイオ大学
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患に関連する遺伝子多型を可視化するサイトです。dbSNP、ClinVar、COSMIC、OMIM、RAPIDなどから収集した情報を統合し、多型マップ、アミノ酸配列、タンパク質の3次元構造、SN...
運用機関:
公益財団法人長尾自然環境財団
生物種:
Chondrichthyes | Actinopterygii | Lepidosauria | Amphibia | Decapoda | ...
説明:
東南アジアの淡水魚を中心とする標本データベースです。ラオス、タイ、カンボジア、ベトナム、マレーシア、ミャンマー、および日本に生息する淡水魚、水生昆虫、貝類の生態写真や標本写真、遺伝子情報、タキソノミー...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Fagopyrum esculentum
説明:
ソバのゲノムデータベースです。NGSによって得られたショートリード配列を用いてドラフトゲノムを決定し、遺伝子予測解析により決定されたCDSについて、NCBI NRまたはTAIR 10データベースによる...
運用機関:
千葉大学 真菌医学研究センター
生物種:
Fungi | Actinobacteria
説明:
千葉大学真菌医学研究センターが収集、寄託された病原性真菌および放線菌の情報です。種名、単離日、遺伝子型、血清型、バイオハザードレベルなどの情報を収録しています。真菌リスト、放線菌リストによるブラウズや...
運用機関:
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物種:
Archaea | Bacteria | Apicomplexa | Mycetozoa | Fungi | ...
説明:
大規模な比較ゲノム解析を行うためのワークベンチです。クライアント・サーバ型システムで、MBGD (Microbial Genome Database for Comparative Analysis)...
運用機関:
認定特定非営利活動法人 健康と病いの語りディペックス・ジャパン
生物種:
Homo sapiens
説明:
病気の診断を受けた人やその家族が、同じような経験をした人たちの「語り」に触れて、 病気と向き合う勇気と知恵を身につけるために作られたウェブサイトです。認知症、乳がん、前立腺がん、大腸がん検診、臨床試験...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナ二次代謝産物の液体クロマトグラフィー/質量分析（LC-MS）によるプロファイルデータベースです。シロイヌナズナ野生型（Col-0）の部位別、発生段階別代謝物プロファイルデータベースAtM...
運用機関:
株式会社 生命誌研究館
生物種:
Parasteatoda tepidariorum | Ligia exotica | Caridina multidentata | Hexapoda | Viridiplantae
説明:
生命誌研究館が提供するデータリソースのポータルサイトです。Pt_spiderBASE (日本産オオヒメグモのデータベース)、Pt_spider Image/Movie Database (日本産オオヒ...
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