データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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運用機関:
Sanger Institute
生物種:
説明:
GeneDBはSangerInstituteの病原菌ゲノミクスの中核をなすプロジェクトです。GeneDBではタンパクの長さ、タンパク質の分子量、遺伝子の種類やGeneOntology、EC番号などでD...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
UniProtKBのタンパク質、RNAcentralのRNA分子、Complex Portalの複合タンパク質に高精度のGOアノテーションを付加するためのデータベースです。遺伝子産物とGOタームの関連...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
EBI ArrayExpress に登録されている遺伝子発現データを容易に検索、閲覧するためのインターフェースです。ArrayExpress のメタデータから集計した統計値をインタラクティブなグラフに...
運用機関:
University of Helsinki
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
歯の遺伝子発現データベースには成長因子、受容体、シグナル分子などの分類で遺伝子発現情報が記録されており、その成長過程での遺伝子発現の有無についても各種実験方法で確かめられた結果がリストで掲載されていま...
運用機関:
東京大学 先端科学技術研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
マイクロアレイによる遺伝子発現およびDNAコピー数解析によって、染色体およびRNAのレベルからゲノムの多様性を解明し、疾患感受性や薬剤感受性の遺伝的素因を明らかにすることを目指し、ヒトゲノム配列中のコ...
運用機関:
国立研究開発法人国立病院機構 九州がんセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化しています。国立研究開発法人国立病院機構九州が...
運用機関:
名古屋市立大学 大学院薬学研究科
生物種:
説明:
アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載しています。これまでに解析蓄積した500種類に...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Pan troglodytes | Macaca mulatta | ...
説明:
ヒトとその他12種の脊椎動物を対象に、ゲノム保存領域を表示する比較ゲノムブラウザで、H-InvDB のサテライトデータベースとして開発されました。ヒトと各生物種間に１対１で保存されたorthologo...
運用機関:
千葉大学 真菌医学研究センター
生物種:
Fungi | Actinobacteria
説明:
本データベースは、ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）の一環として収集、保存、研究された病原性カビ、酵母、キノコおよび病原性放線菌の画像を公開しています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Glossina morsitans
説明:
ツェツェバエ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。ダウンロードページが機能していません。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Echinococcus multilocularis
説明:
エキノコックス完全長cDNAデータベースには、クローンシーケンス情報がBLASTN(nt),BLASTX(nr),BLASTN(Em EST)と比較した結果と共に掲載されています。また、BLASTSe...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Cryptosporidium parvum
説明:
クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロード...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Babesia
説明:
バベシア完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Anopheles stephensi
説明:
ハマダラカ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページが機...
休止
FUGU GENOME PROJECT
運用機関:
Institute of Molecular and Cell Biology
生物種:
Takifugu rubripes
説明:
フグのゲノム情報を提供しています。このサイトでは各アセンブルデータに対するBLAST機能やアセンブルされた配列情報のダウンロード、GenomeBrowserを使用することができます。
運用機関:
早稲田大学 教育学部
生物種:
Synechocystis sp. PCC 6803
説明:
原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。シアノバクテリアSynechocystis sp. PCC 6803の約500の変異株のデー...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
転写開始点の多様性やスプライシングバリアントに焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースです。ヒト遺伝子数は2万～2万5000と推定されましたが、ヒトmRNAのバリエーションは10万程度と予測されて...
運用機関:
東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻
生物種:
説明:
様々な植物種で同定されたフラボノイドを報告した文献を集めたデータベースです。物質、植物種、文献 という3つの名前空間で構成されます。現在、6918フラボノイド構造、3655植物種、5006件の文献に基...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果ととも...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。（転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE（Ca...
運用機関:
慶應義塾大学
生物種:
Ciona intestinalis
説明:
カタユウレイボヤの孵化後の細胞の時空間的形態変化を明らかにし、網羅的発生ステージ表を作製することを目的に、後期の各発生ステージ（受精後17.5時間幼生～受精後7日幼若体）に対応する形態の3次元画像およ...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
アミノ酸配列をクエリとし、Blast検索、マルチプルアライメント、と順次ET法の各過程を実行し、最終的に予測した保存部位を立体構造上に表示します。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Pan troglodytes | Macaca mulatta | ...
説明:
H-InvDBで定義されたヒト遺伝子の分子進化データベースとして、ヒト代表配列（1配列/遺伝子座）と14種の脊椎動物とのオーソログ情報を提供しています。ヒトと各生物種間でスプライシングバリアントを比較...
運用機関:
Institut national de la recherche agronomique
生物種:
説明:
α/β‐ヒドロラーゼ折畳みスーパーファミリーのデータベースです。タンパク質のα/β‐ヒドロラーゼ折畳みは、α/β/αサンドイッチ構造を形成する5～8本鎖のβシートコアによって特徴づけられます。共通の祖...
運用終了
EST (A collection of short single-read transcript sequences from GenBank)
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
GenBankに登録されている、転写産物の一部の短い配列（EST）を収集したデータベースです。各エントリーにつき、EST名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表示されます...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Escherichia coli
説明:
再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量を収録したデータベースです。遺伝子名またはクローンID(JW ID)から各タンパク質の...
運用機関:
University of Pennsylvania
生物種:
Vertebrata
説明:
脊椎動物の赤血球細胞（赤血球産生）関連遺伝子を収集したデータベースです。各エントリーにはDNA配列、構造、タンパク情報、遺伝子発現情報、転写因子結合サイトが含まれています。
※現在、検索時にInter...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Eukaryota
説明:
転写開始点が決定されている真核生物のポリメラーゼIIプロモーターについての注釈付きデータベースです。各エントリーの注釈には、転写開始部位のマッピング実験に関する記述、外部データベースへのリンク、文献情...
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Dictyostelium discoideum | Plasmodium falciparum | Phytophthora infestans | Amoebozoa | Alveolata | ...
説明:
ゲノム解読された原生生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています...
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Embryophyta
説明:
ゲノム解読された植物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Diptera | Nematoda | Chelicerata | Hemiptera | Phthiraptera
説明:
ゲノム解読された無脊椎動物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めていま...
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Fungi
説明:
ゲノム解読された菌類を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Archaea | Viruses
説明:
ゲノム解読された真正細菌、古細菌を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進め...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。サンプル、実験情報、機器情報、データとしては配列トレース、配列、クオリティ値を含み、アセンブル、マッピング、機能アノテーションも提供しています...
運用機関:
Universite Claude Bernard Lyon 1
生物種:
Bacteria | Archaea | Ascomycota
説明:
原核生物（真正細菌、古細菌）と酵母の完全ゲノム配列を提供しています。GenBankやEMBL、RefSeqなどのデータベース名を選択し、キーワードや配列名、アクセッション番号で検索します。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens | Macaca mulatta | Mus musculus | Pan troglodytes | Canis lupus familiaris | ...
説明:
脊椎動物ゲノム間の進化的保存領域、RefSeqとUCSC既知遺伝子のプロモーター領域、ゲノム間のシンテニー、プロモーター領域および進化的保存領域の転写因子結合サイトについて、ダウンロード形式でファイル...
運用機関:
Ewha Womans University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Canis lupus familiaris | Gallus gallus | ...
説明:
選択的スプライシングを考慮した遺伝子推定プログラムECgeneをゲノムに適用してアノテーションしたデータベースです。生物種はヒト、マウス、ラットを対象としています。遺伝子を示すビューワーと詳細情報とし...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）は、ケンブリッジ郊外のウェルカムトラスト・ゲノムキャンパス内に設置されているバイオインフォマティクスの学術的研究機関です。EMBL（欧州分子生物学研究所）の...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
Homo sapiens | Oryzias latipes | Bacteria
説明:
大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNAクロマトグラム、決定した配列、クオリティ値のアーカイブです。 DTA は International Nucleotide Sequence...
運用機関:
University of Munster
生物種:
Posidonia oceanica | Zostera marina
説明:
2種類の海藻（地中海ポシドニア、アマモ）のEST配列を提供しているデータベースです。地中海ポシドニア9,412配列(3,387遺伝子）、およびアマモ5,185配列（1,219遺伝子）が収録されています...
運用機関:
Harvard University
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベースです。大腸菌の55種類のDNA結合タンパク質と結合サイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されています。
※各遺伝子...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
独立行政法人 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター：NBRC (NITE Biological Resource Center)で分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クロー...
運用機関:
Fritz Lipmann Institute - Leibniz Institute for Age Research
生物種:
説明:
DNAやRNAのジヌクレオチド配列の熱力学的特性や立体配座特性を収集したデータベースです。Twist, Bend, Roll(DNA-protein complex), Slide (DNA-prot...
運用機関:
Northwestern University
生物種:
Dictyostelium discoideum | Dictyostelium purpureum
説明:
細胞性粘菌研究の総合サイトです。ゲノムや遺伝子情報、学会情報、実験プロトコル、解析ツール等の提供と、株の配布を行っています。
運用機関:
筑波大学大学院 生命環境科学研究科
生物種:
Dictyostelium discoideum
説明:
社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報に、さまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースです。本...
運用機関:
首都大学東京
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエのGSベクター挿入系統データベースです。個々の系統の情報やベクター隣接配列、GAL4存在下で強制発現される遺伝子および表現型情報が登録されています。 GS系統番号、遺伝子名、染色体領域...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
Sequence Tagged Site(STS)を収録したデータベースです。STSはゲノムの位置を特定できる短い（約200-500bp）配列です。ゲノムの物理地図を作成する際の目印になります。dbS...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 神戸研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
DBSBはゲノムワイドな情報を利用した複雑な生命現象を解析するためのプラットフォームを提供します。サーカディアンリズムとホメオスタシス、細胞周期と細胞分裂、組織特性と区別、光応答とシグナル伝達などが重...
運用機関:
Shanghai Center for Bioinformation Technology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Gallus gallus | Fugu rubripes
説明:
ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグのhead-to-head (h2h)遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグにおいて、h2h遺伝子のペアは転写開始点が1kb...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）