データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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運用機関:
University College Cork
生物種:
説明:
Recodingとは、塩基配列を通常の規則に沿わないで読み取ることを指します。Recodingが起こることにより、セレノシステインが挿入されたり、停止コドンが無視されたりなどの現象が起こります。これら...
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RARTF: RIKEN Arabidopsis Transcription Factor database
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
PSI-BLAST検索により検出されたシロイヌナズナの全転写因子1,978件と転写因子ファミリーの情報を扱うデータベースです。完全長cDNA配列、Ds-tagged 変異体、ファミリー間のマルチプルシ...
運用終了
RAPID: RIKEN Arabidopsis Phenome Information Database
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
理研植物科学研究センターで作製したシロイヌナズナトランスポゾンタグラインのデータベースです。Line Codeをキーにした検索と、表現型を選択することによる検索が可能です。Line Codeの一覧も表...
運用機関:
Simon Fraser University
生物種:
Pseudomonas
説明:
シュードモナスゲノムに関するデータを集めているデータベースで、緑膿菌の一種、PAO1株のゲノムに対するアノテーションが付与されています。それ以外にもシュードモナス属の各種株の情報を閲覧することができま...
運用終了
PRIMe - Standard Spectrum Search: Platform for RIKEN Metabolomics - Standard Spectrum Search
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
PRIMeプロジェクトで分析された標準化合物を検索するウェブアプリケーションです。Standard Spectrum Searchでは、PRIMeプロジェクトで測定されている標準化合物を化合物名または...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
説明:
標準化合物の2次元NMRスペクトルデータベースを対象として、ピーク値により検索するウェブアプリケーションです。独自の1Hおよび13Cのケミカルシフトデータベースに基づき、多数の代謝物とユーザーのNMR...
運用終了
Plant Repeat Databases
運用機関:
Michigan State University
生物種:
Embryophyta
説明:
12種類の植物の反復配列データベースを提供しているサイトです。各配列に含まれている反復配列は配列や構造の類似性を基にsuper-class, class, subclassに分類されています。主に塩基...
運用終了
PEDB: Mammalian Promoter/Enhancer Database
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 神戸研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
保存されているnon-coding領域転写開始領域、転写因子結合領域の情報を統合した、哺乳類のプロモーター/エンハンサーデータベースを提供しているサイトです。Gene SymbolやRefSeqID、...
運用終了
PDB-REPRDB: 代表タンパク質チェイン決定システム
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提...
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PAZAR: A Public Database of Transcription Factor and Regulatory Sequence Annotation
運用機関:
Centre for Molecular Medicine and Therapeutic
生物種:
説明:
転写因子と転写制御配列のデータベースです。キーワード検索が可能です。またプロジェクトで生産されたデータの投稿が可能です。
運用機関:
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, the University of Toronto
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Viruses
説明:
約325件の生体パスウエイ関連データベース、分子相互作用関連データベースのリンクURL、詳細情報、利用方法を整理し、提供しています。各データベースはサブカテゴリー（タンパク質-タンパク質相互作用、代謝...
運用終了
OmicScan (Integrating MEDLINE and Omics Database)
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana
説明:
MEDLINE、OMIM、PPI等の文献情報とオントロジーを関連付けたデータベースです。ヒト、マウス、ラット、線虫、シロイヌナズナの生物種のデータがあります。文献、遺伝子、疾患名、代謝名、変異、局在、...
運用終了
OmicBrowse
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus | Mus musculus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana | ...
説明:
ゲノム上に存在する遺伝子などのさまざまなアノテーション情報に関する多数のデータベース群を同時に検索して、その結果を可視化する機能を持ちます。データサーバーとビューアーから構成されており、データサーバー...
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Nocardia farcinica
説明:
病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）と、アノテーションを掲載しています。リピート配列、薬剤耐性遺伝子、毒性遺伝子、リボソームタ...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
説明:
理化学研究所（長田抗生物質研究室、ケミカルバイオロジー研究グループ）で精製された新規天然化合物一覧です。化合物名、生物活性、産生生物、参考文献、化学構造が収録されています。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Mus musculus | Rattus norvegicus | Drosophila | Caenorhabditis elegans | Bombyx mori | ...
説明:
２８機関のリソースセンターをつなぐメタデータサイトで、ライフサイエンス研究の基礎・基盤となるバイオリソース（動物、植物等）について収集・保存・提供を行うとともに、バイオリソースの質の向上を目指し、保存...
運用終了
MusBanks: A portal to worldwide mutant databases
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスの変異に関して、MEDLINE等の文献と世界のマウス変異データベースから情報を収集したデータベースです。キーワード検索が可能です。
運用機関:
群馬大学 生体調節研究所附属生体情報ゲノムリソースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
MIAMI法（マイクロアレイによるゲノムワイドなメチル化解析法）について詳しい実験手法を示すとともに、この手法を用いた解析により、様々な疾患とエピジェネティクスの関係の例をまとめています。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
生物種:
説明:
このポータルサイトでは、これまで経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトについて、1989年以降の成果物（データベース、ツール等）の情報を整理・提供しています。現在...
運用機関:
University of Wurzburg
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
L1Baseはヒトやげっ歯類ゲノムに存在する有効と思われるL1 Insertion専門のデータベースです。２つのORFが欠損していないL1 Element配列全長、そして、欠損していないORF2と欠損...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana | Oryza sativa | Solanum lycopersicum | Lotus japonicus | Glycine max | ...
説明:
遺伝子の発現データと代謝産物の蓄積データを、代謝経路マップ上で同時に表示することができるビューワーです。ユーザー自身のDNAマイクロアレイデータや代謝産物分析データを、インターネットブラウザを介してK...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Bombyx mori
説明:
カイコゲノム配列を元にタンパク質をコードする遺伝子構造を自動予測するシステムです。予測処理では複数の解析ツール(GeneScan、FGENESH、HMMER等)の解析結果を統合して行なっています。カイ...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Bombyx mori
説明:
カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。複数のビューアが存在し、マーカ・遺伝子・形質等のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報をグラフィカルに参照できます。またお手持ちの配列...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Bos taurus | Felis catus | Gallus gallus | Pan troglodytes | Canis lupus familiaris | ...
説明:
JCRBが保有する培養細胞を分譲するためのデータベースです。ヒト、マウス、ラットなどの組織細胞に加え、高発がん性遺伝病患者由来細胞、発光細胞（Luc発現細胞）、ヒトiPS細胞、マウスES細胞、霊長類細...
運用機関:
University of London
生物種:
説明:
IUBMB、IUPACの命名規則に関する情報を提供しています。文書全体をWeb上で閲覧できるように変換しており、見やすいように修正を加えています。
運用機関:
Princeton University
生物種:
Sterkiella histriomuscorum | Oxytricha fallax
説明:
繊毛虫類の配列データベースです。大核（MAC）や小核（MIC）の配列、IES（Internal Eliminating Sequences）およびMDS（macronuclear-destined s...
運用機関:
National Human Genome Research Institute, National Institute of Health
生物種:
Vertebrata
説明:
各生物種のヒストンタンパク質とその配列変異の多様性についてのデータベースです。H1、H2A、H2B、H3、H4の各多型タンパク質についてアミノ酸配列、アラインメント、αヘリックスやβストランド構造の位...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
説明:
タンパク質のX線結晶解析に用いられる重原子誘導体の作成支援を目的としたデータベースシステムです。既知の重原子誘導体をデータベース化しており、結晶構造解析を行いたいタンパク質のアミノ酸配列を入力すると、...
運用終了
AOE: All Of gene Expression
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
EBI ArrayExpress に登録されている遺伝子発現データを容易に検索、閲覧するためのインターフェースです。ArrayExpress のメタデータから集計した統計値をインタラクティブなグラフに...
運用機関:
東京大学 大学院総合文化研究科
生物種:
Embryophyta | Bacteria | Metazoa | Fungi
説明:
Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースです。95生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づき、類似度の閾値を自動的に設定しながら相同タンパ...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
経済産業省「機能性RNAプロジェクト」の成果であるデータベース群のポータルサイト「ncRNA.org」の中のデータベースです。ncRNAの配列、構造、遺伝子発現情報をまとめています。
国立研究開発法...
運用機関:
九州大学 大学院農学研究院
生物種:
Hexapoda
説明:
日本産の全昆虫について、和名または学名を入力することによって、その文字列を含む昆虫のリストを学名と和名で表示する辞書です。
運用機関:
首都大学東京
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエのGSベクター挿入系統データベースです。個々の系統の情報やベクター隣接配列、GAL4存在下で強制発現される遺伝子および表現型情報が登録されています。 GS系統番号、遺伝子名、染色体領域...
運用機関:
Oxford University Press
生物種:
説明:
Oxford University Pressから出版されているオープンアクセスの学術誌です。生物系のデータベース研究やキュレーションに関する新しい知見を提供することによって、データベース開発者とキュ...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナの葉緑体タンパク質を産生すると予想した遺伝子に、トランスポゾンまたはT-DNAを挿入して破壊したタグラインを大規模に収集し、植物体の形態変化を育成プレート上で観察・分類した結果、異常な表...
運用終了
NCC-CIR: Cancer Image Reference Database (がん診療画像レファレンスデータベース)
運用機関:
国立研究開発法人国立がん研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんの診療に有用な放射線、CT、MR、内視鏡、超音波、病理画像等の各種臨床画像・診断情報を提供する医師向けデータベースです。国立がん研究センター中央病院、東病院の症例を中心に、国立がん研究センター情報...
運用機関:
University of Wisconsin System Board of Regents
生物種:
All
説明:
ADIT-NMR、SMSDepにより登録されたペプチド、タンパク質、核酸等、生体高分子のNMR実験データを公開しています。データの検索、各データエントリーからPDBなど他のデータベースへのリンク、デー...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
説明:
バイオマーカー候補と臨床的障害の関係から新規のバイオマーカー候補を見出すためのデータベースです。MEDLINE、OMIM、PPIs等の文献情報からバイオマーカー関連の情報をまとめています。キーワード検...
運用終了
BCBC: Beta Cell Biology Consortium
運用機関:
Beta Cell Biology Consortium
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
Beta Cell Biology Consortiumは、膵臓ランゲルハンス島の発生と機能に関する理解を進展させる学際的アプローチの促進を目的としています。長期的な目標として、インスリン・デリバリー...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
説明:
DDBJがWWWならびにWeb APIで提供している高速なキーワード検索サービスです。国際塩基配列データベースのほか、生命科学分野の主要なデータベースに対して統合的な検索を行うことができます。SRSに...
運用終了
苫小牧研究林生命情報データベース: TOEFbioinfo
運用機関:
北海道大学 総合博物館
生物種:
Lepidoptera
説明:
苫小牧研究林所蔵の標本情報のデータベースです。Lepidoptera （ 鱗翅目(チョウ目)）の標本情報を写真とともに収録しています。
運用機関:
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所
生物種:
説明:
このデータベースは、森林病害虫獣を含め、日本の森林に関係する種の個々の生態等について簡単な説明と写真を掲載したものです。現在、菌類及び樹木病原性生物28件、昆虫・小動物類116種、鳥獣類14種、昆虫病...
運用終了
佐賀大学電子図書館 植物遺伝資源検索
運用機関:
佐賀大学
生物種:
Rutaceae
説明:
佐賀大学が所有する、柑橘及びミカン亜科植物の形態、分布、特徴及び画像を収録したデータベース。
運用機関:
Los Alamos National Laboratory
生物種:
Chlamydophila pneumoniae | Chlamydia trachomatis | Haemophilus ducreyi | Mycoplasma genitalium | Neisseria gonorrhoeae | ...
説明:
ヒトパピローマウイルスのデータベースです。遺伝子の詳細データや配列、系統樹、パスウェイなどを収録しています。現在、オリジナルのデータベースは運用を終了し、アーカイブとしてデータが見られるようになってい...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
説明:
遺伝資源情報の提供者と利用者が一緒に作り上げる情報アーカイブ。SHIGENプロジェクトは
実験研究に必要な遺伝資源材料の情報公開サイトを網羅的に調べて提供する(WGR)
国内の利用可能な資源に...
運用機関:
National Cancer Institute
生物種:
Homo sapiens
説明:
1973年からアメリカでの癌の罹患率や生存率、死亡率等、癌に関する統計データを収集しているサイト。30種類以上の癌の情報を集めており、アメリカの人口の約26パーセントをカバーしています。300万人以上...
運用機関:
老化促進モデルマウス（SAM）研究協議会
生物種:
Mus musculus
説明:
老化促進モデルマウス（SAM）に関する情報を集めたサイトです。SAMマウスのマイクロサテライト一覧やSAM命名法、分与に関する情報などが掲載されています。
運用機関:
Census of Marine Life
生物種:
説明:
様々な情報源（データベース）の海洋学関連のデータを評価・統合し、多数の海洋生物に関するデータを閲覧、検索できるサイトです。
運用機関:
一般社団法人 日本質量分析学会
生物種:
説明:
代謝物質（基礎代謝、植物二次代謝標準物質）を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。国内外12機関のデータをまとめて検索、閲覧が可能であり、マニュアルが充実しています。
運用機関:
Natural History Museum
生物種:
Lepidoptera
説明:
世界中に生息するチョウやガの幼虫が食べる植物の情報を集めたデータベース。
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）