レコード詳細
PreDom
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02646 |
|---|---|
| 名称データベースの名称 | PreDom |
| 別称データベースの別称 | ― |
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/domain/ |
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 長浜バイオ大学 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 |
| 説明データベースの説明 | タンパク質立体構造分類データベース（SCOP、CATH）に登録されている構造ドメインのドメイン-ドメイン相互作用面を収集したデータベースと、ドメインインターフェースの予測、およびマルチドメインタンパク質の全体構造の予測をおこなうWebツールです。 ・PreDom:DiD（ドメイン間相互作用部位表示） 相互作用部位のアミノ酸配列とドメイン情報、JSmol による立体構造が表示されます。PDB ID およびドメインリストからの検索が可能です。 ・PreDom:Interface（ドメイン間相互作用部位予測） ドメインの立体構造にもとづいて、２種類のアルゴリズムによりドメインインターフェースを構成するアミノ酸残基を予測します。 ・PreDom:Structure（マルチドメインタンパク質構造予測） 個々のドメインの立体構造にもとづいて、マルチドメインタンパク質の全体構造の予測を行います。 ・PreDom:Evtrace（進化トレース法による機能部位予測） タンパク質の進化情報と立体構造情報にもとづいて、タンパク質の機能部位予測を行います。 |
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | ― |
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI | ― |
| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 日本語, 英語 |
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― |
| データベースの使い方 | https://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/domain/tutorial.php?lang=ja |
| データベースの連絡先 | https://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/domain/mail.php?lang=en |
| API / SPARQL endpoint | ― |
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― |
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― |
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― |
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― |
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog |
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2024-03-22 |
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2024-03-22 |
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |