サーバ更新のお知らせ
2025年3月19日にサーバ更新を実施しました。
詳細はNBDCポータルサイトでご確認下さい。 |
データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
Simon Fraser University
生物種:
Pseudomonas
説明:
シュードモナスゲノムに関するデータを集めているデータベースで、緑膿菌の一種、PAO1株のゲノムに対するアノテーションが付与されています。それ以外にもシュードモナス属の各種株の情報を閲覧することができま...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
アミノ酸配列の類似度やタンパク質の機能でグルーピングされたRefSeqタンパク(Cluster)を検索するサイトです。BLASTで得られたScoreを基に自動的にグルーピングされ、後に機能詳細などの情...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
タンパク質のアミノ酸配列のデータベースです。SwissProt、PIR、PRFやPDBからのレコードに加え、GenBankやRefSeq、TPAのコード領域から翻訳された配列のレコードもあります。タン...
運用機関:
Goteborgs universitet
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
遺伝子欠損出芽酵母のコレクションの表現系について定量的な情報を提供しているサイトです。成長速度、成長効率、適応時間（成長を始めるまでの時間）を用いて表現系を定量化しています。
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
PRIMeプロジェクトで分析された標準化合物を検索するウェブアプリケーションです。Standard Spectrum Searchでは、PRIMeプロジェクトで測定されている標準化合物を化合物名または...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
メタボロミクスにおいて2次元NMRは新しいアプローチです。そのため、スペクトルの測定から物質を帰属する流れは確立されていません。SpinAssignでは、標準化合物の2次元NMRスペクトルデータベース...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
メタボロームやトランスクリプトームを研究するためのプラットフォームを提供するポータルサイトです。クロマトグラフィー／マススペクトロメトリーの様々なタイプに対応するツール、マススペクトロメトリーにより得...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Pan troglodytes
説明:
チンパンジーの脳や皮膚、上皮組織を材料に作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定、その一部の全長配列を解読しデータベース化しています。現在、14,004の5'EST配列を格納していま...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Zinnia violacea
説明:
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されています。ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されています。また、マイクロアレイ...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用情報の表示を行います。H-Invitationalプロジェクトで構築されたヒトの転写物データから予測されるタンパク質について、タンパク質間相互作用情報の割...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を検索・推論し、そのオリジナル論文とともに出力します。まず、最初に指定キーワードをMEDLINEなどの文献データベースから全文検索し、次...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Porphyra yezoensis
説明:
かずさDNA研究所で決定したスサビノリのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
ある集団の進化的関係を解析するために集められたDNA配列のセットを収録しています。集団は同一生物種の個体で構成されている場合と、異なる種の個体で構成されている場合があります。各エントリーの配列セットで...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種:
Populus
説明:
森林総合研究所から寄託を受けたポプラ完全長cDNAクローンのキーワード検索が可能です。キーワードには、リソース番号、NCBI Accession Number、clone nameを指定することが可能...
運用機関:
The University of Tennessee Health Science Center
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Mus musculus
説明:
microRNA(miRNA)のTargetSiteのDNA自然変異に関する情報を集めているデータベースです。miRNA Target siteの変異により、遺伝子発現に影響を及ぼすことがあります。S...
運用機関:
Michigan State University
生物種:
Embryophyta
説明:
12種類の植物の反復配列データベースを提供しているサイトです。各配列に含まれている反復配列は配列や構造の類似性を基にsuper-class, class, subclassに分類されています。主に塩基...
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
説明:
タンパク質立体構造データベースPDBを利用して、タンパク質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベースです。相互作用部位を集める際に、異なる複数のタンパク質と相互作用出来るタンパク質の相互作用部位...
運用機関:
Beijing Genomics Institute
生物種:
Sus scrofa
説明:
配列の判明している領域における豚の遺伝子アノテーションを正確に提供しているサイトです。Sino-Danish Pig Genome Projectで得られたWGSデータ、ESTデータGenbankのデ...
運用機関:
大学病院医療情報ネットワーク
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの非同義置換（アミノ酸置換をともなう）SNP (Non-synonymous SNP; nsSNP)を収集したデータベースです。nsSNPは遺伝子の機能に従って分類し、タンパク質機能の階層分類リス...
運用機関:
帝京大学 医真菌研究センター
生物種:
Fungi
説明:
病原真菌データベース(PFDB)は、病原真菌の研究と教育のために利用できる画像とデータを公開しています。データベースの内容は、起因菌別あるいは疾患別に整理した病原真菌、および病理、臨床画像をメインに構...
運用機関:
山口大学 理学部
生物種:
説明:
ビジュアルな例を通して、ペトリネットによる生命パスウェイの構築方法を理解することができます。現在はシグナル伝達経路だけですが、代謝経路、遺伝子ネットワークなど追加される予定です。
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
説明:
タンデム型質量分析器測定で得られたペプチドやタンパク質同定データを蓄積している公共データベースです。イオン化方法や同定エンジン、修飾情報等、同定時のパラメータや生データを取得することができ、それらのキ...
運用機関:
Fred Hutchinson Cancer Research Center
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
前立腺での遺伝子発現に関するデータを集めたデータベースです。EST配列、cDNAライブラリに関する情報、マイクロアレイデータ等を提供しています。
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 神戸研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
保存されているnon-coding領域転写開始領域、転写因子結合領域の情報を統合した、哺乳類のプロモーター/エンハンサーデータベースを提供しているサイトです。Gene SymbolやRefSeqID、...
運用機関:
Institute for Systems Biology, University of Cambridge
生物種:
説明:
プリオン病研究に特化したデータを扱っているデータベースです。このサイトではプリオン病研究を行っている研究者に、解析、データの投稿、共有を他の研究者と行うことができるようにすることを目的にしています。
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
欧州蛋白質構造データバンク（PDBe: Protein Data Bank Europe)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提...
運用機関:
Centre for Molecular Medicine and Therapeutic
生物種:
説明:
転写因子と転写制御配列のデータベースです。キーワード検索が可能です。またプロジェクトで生産されたデータの投稿が可能です。
運用機関:
社団法人日本病理学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
主に医学部学生の自主学習や教員の方の講義の教材として活用してもらうことを目的にしたヒトの病理画像データベースです。日本病理学会教育委員会が中心となって作成されました。２４の臓器等に分類された目次から目...
運用機関:
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, the University of Toronto
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Viruses
説明:
約325件の生体パスウエイ関連データベース、分子相互作用関連データベースのリンクURL、詳細情報、利用方法を整理し、提供しています。各データベースはサブカテゴリー（タンパク質-タンパク質相互作用、代謝...
運用機関:
The European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
Pfam databaseを基にしたアミノ酸配列、塩基配列のアラインメント情報をまとめたもの、多くのタンパクで共通しているドメインの進化系統樹情報を提供しているサイトです。
2005年9月以降データは...
運用機関:
University of Aberdeen Foresterhill
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母の複製起点(ori)に関する提供者の情報をまとめて公開しているサイトです。各複製起点の情報確度、染色体上の位置が示されており、キーワード検索も可能です。
現在は運用を終了しています。後継サイト...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana
説明:
MEDLINE、OMIM、PPI等の文献情報とオントロジーを関連付けたデータベースです。ヒト、マウス、ラット、線虫、シロイヌナズナの生物種のデータがあります。文献、遺伝子、疾患名、代謝名、変異、局在、...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus | Mus musculus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana | ...
説明:
ゲノム上に存在する遺伝子などのさまざまなアノテーション情報に関する多数のデータベース群を同時に検索して、その結果を可視化する機能を持ちます。データサーバーとビューアーから構成されており、データサーバー...
運用機関:
創価大学
生物種:
説明:
生体高分子のオリゴマー構造をインタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることができます。Protein Data Bank (PDB)中の全ての立体構造について4次構造のキュレーションを行ってお...
運用機関:
Center for Biological Sequence Analysis
生物種:
説明:
O-またはC- のグリコシル化サイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質のデータベースです。公開データベースおよび文献からデータを収集し整理しています。各エントリには配列の他...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
国際塩基配列データベースであるGenBank、EMBL、DDBJ の配列データを収録しています。NCGR（National Center for Genome Resources）が提供しているゲノム...
運用機関:
University of California, San Francisco, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
生物種:
説明:
核内受容体に関する情報を提供しているサイトです。受容体タンパク質の配列情報、配列アラインメント情報、構造情報として、２次元情報やPDBへのリンク、NRSAS (Nuclear Receptor Str...
運用機関:
Poznan University
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota
説明:
非コードRNAの配列と機能に関する情報を収集したデータベースです。真正細菌、古細菌、真核生物の99生物種について30,000以上の配列が登録されています。配列情報はGenBank、アノテーション情報は...
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Nocardia farcinica
説明:
病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）と、アノテーションを掲載しています。リピート配列、薬剤耐性遺伝子、毒性遺伝子、リボソームタ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
染色体提供としてMSM/Ms系統種、宿主系統種としてC57BL/6Jを用いconsomic（遺伝的背景が同一の）系統を作成し、それらの系統からComplex Traitに重きを置いた表現系情報を収集し...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
国立遺伝学研究所（NIG）が確立した実験マウス系統の多型情報データベースです。日本の亜種を含む4つのマウス亜種由来の10の近交系（ミシマバッテリー）について全配列ゲノム情報と単一ヌクレオチド多型および...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
線虫（Caenorhabditis elegans）の発現パターンマップをEST解析およびWISH（組織や個体全体に対する ISH）により構築し、公開しています。他に、発生各期におけるISH画像やcD...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
説明:
理化学研究所（長田抗生物質研究室、ケミカルバイオロジー研究グループ）で精製された新規天然化合物一覧です。化合物名、生物活性、産生生物、参考文献、化学構造が収録されています。
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 和光研究所
生物種:
説明:
OECD国際協力に基づくニューロインフォマティクス日本ノードとして、日本におけるニューロインフォマティクスの情報集積拠点となるべく、国立研究開発法人理化学研究所・脳科学総合研究センター内に設立されまし...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Influenza A virus | Influenza B virus
説明:
抗インフルエンザウイルス薬開発において第1の標的タンパク質とされる、ノイラミニダーゼの立体構造予測モデル情報を格納しています。構造予測は、ホモロジーモデリング法に基づく立体構造予測のソフトウエアFAM...
運用機関:
Glaxo Wellcome, Inc.
生物種:
Homo sapiens | Rodentia
説明:
遺伝子導入された微生物lacI遺伝子、ヒトp53遺伝子、ヒトhprt遺伝子、遺伝子導入lacZ遺伝子の変異情報が掲載されており、その解析に使われるツールも使用することができます。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Drosophila melanogaster
説明:
機能性RNAプロジェクト (NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
機能性RNAプロジェクト(NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org」...
運用機関:
University College London
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Canis lupus familiaris | Ovis aries | Bos taurus
説明:
神経セロイドリポフスチン症(NCL; Neuronal Ceroid Lipofuscinosis)に関する遺伝子変異情報を提供しているサイトです。ヒトに限らず、モデル動物に関する情報も掲載されており...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）