データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens
説明:
ゲノムワイド関連解析(GWAS)、メディカルシーケンシング、分子診断アッセイを含む、遺伝子型と表現型の関連研究のアーカイブです。登録されているデータセットは、公開データとコントロールデータに分けられて...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
各生物種のEST情報が得られる世界最大規模のESTレポジトリです。データの登録も可能です。
運用終了
dbCFC: Cytokine Family Database
運用機関:
熊本大学 大学院医学教育部
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
NCBI GenBankに登録されているヒトサイトカインのEST配列を収集したデータベースです。EST配列は、サイトカインファミリーごと、遺伝子ごとに整理されており、遺伝子、cDNA、タンパク質に関す...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
実験的または配列解析（ホモロジー検索とマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を収録しています。アミノ酸配列モチーフデータベースとしてPROSIT...
運用終了
Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi
運用機関:
独立行政法人産業技術総合研究所
生物種:
Aspergillus oryzae
説明:
糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)について、塩基配列および発現制御などの研究に役立つ情報を集めたサイトです。
Aspergillus oryzae EST データベース：麹...
運用機関:
Oxford University Press
生物種:
説明:
Oxford University Pressから出版されているオープンアクセスの学術誌です。生物系のデータベース研究やキュレーションに関する新しい知見を提供することによって、データベース開発者とキュ...
運用機関:
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物種:
Daphnia pulex
説明:
オオミジンコ（D. magna）のNIESクローンについてcDNAライブラリを作成し、EST解析を実施した結果が公開されています。クローン配列あるいはコンティグ配列、およびそれらに対するホモロジー検索...
運用機関:
The Hospital for Sick Children (SickKids)
生物種:
Homo sapiens
説明:
嚢胞性線維症(CF;Cystic Fibrosis)の病因はCFTR（CF transmembrane conductance regulator、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子）遺伝子の変異に...
運用機関:
東京大学
生物種:
Bacteria | Cyanobacteria | Paulinella chromatophora
説明:
原核、真核両ドメインにまたがる広汎なタンパク質についての高品質な自動クラスタリングを行うソフトウェア「GCLUST」を用いて、10種のバクテリアと38種のシアノバクテリア、59種の葉緑体、1種類の有殻...
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
説明:
CSMLは、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するためのXMLフォーマットです。他の生体内パスウェイ記述 XML...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されています。ectopic expressionはhybridiza...
運用機関:
調査中
生物種:
説明:
サイトカインと細胞に関するオンライン辞典で、全てテキストで記載されています。アルファベット別にキーワードが整理されており、情報量が多いのが特徴です。
※アカデミア、非営利組織のみフリーアクセスが可能で...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
分子進化的に保存されたタンパク質ドメインの配列アライメントとプロファイルを収録しています。Pfam、SMART、COG、PRK、TIGRFAMを情報源としています。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
タンパク質立体構造と機能の関係を動的に扱った研究は、実験的には数多く存在しますが、一般的なドラッグデザインではいまだにタンパク質を静的に扱っています。タンパク質の動的情報を得るには、実験もしくは分子動...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota | Avsunviroidae | Pospiviroidae | ...
説明:
完全ゲノム配列決定された生物のゲノム配列と、ゲノムにマッピングされたアノテーション情報を提供しています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
Plasmodium falciparum | Plasmodium yoelii | Plasmodium vivax | Plasmodium berghei | Toxoplasma gondii | ...
説明:
7種類の寄生原虫（熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、ネズミマラリア原虫2種、トキソプラズマ原虫、クリプトスポリジウム原虫、エキノコックス条虫）から全長cDNAライブラリを作成し、比較生物学的研究...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Archaea | Bacteria | Proteobacteria
説明:
全ゲノムにコードされているタンパク質配列の全てのオーソログを定義しているデータベースです。オーソログクラスターに含まれる生物種とタンパク質名、系統樹を収録しています。各クラスターは、個々のタンパクやパ...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
遺伝子クローンとライブラリの統合データベースです。クローン名とライブラリ情報、末端塩基配列情報、提供者の情報を提供しています。クローンの登録も行えます。前身のデータベースは「NCBI Clone Re...
運用機関:
調査中
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトとマウスの遺伝子発現データを収集・整備し、実験間で比較することができるデータベースです。キーワード検索が可能です。
運用機関:
筑波大学 下田臨海実験センター
生物種:
Ciona intestinalis
説明:
NBRPカタユウレイボヤでは、
1．カタユウレイボヤ野生型（クローズドコロニー）の飼育と提供（京都大学および東京大学）
2．カタユウレイボヤトランスジェニック系統・突然変異体の収集・保存と提供（筑波大...
運用機関:
Ewha Womans University
生物種:
Homo sapiens
説明:
ChimerDBは融合遺伝子の情報を集めたデータベースです。ChimerKB、ChimerPub、ChimerSeqの3つのモジュールで構成されています。
ChimerKBは、文献や公開されているリソ...
運用機関:
Stanford University
生物種:
Candida albicans
説明:
ヒト病原体であるカンジダ菌（Candida albicans）のゲノム配列や、手作業でキュレートした遺伝子、タンパク質のアノテーション情報を提供しているデータベースです。カンジダ菌の代謝パスウエイ表示...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 和光研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
哺乳類の脳の発達に伴う時間的空間的な遺伝子発現の情報を視覚化し分析するための総合的な神経科学データベースです。遺伝子名、発現場所、発現タイミング、関連する遺伝子オントロジーの情報が、In situ h...
運用終了
Cassava Full-Length cDNA Database
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Manihot esculenta
説明:
ESTのアセンブルによって得られたキャッサバの完全長cDNAデータベースです。キーワード検索やBLAST検索が可能です。
運用終了
NCC-CIR: Cancer Image Reference Database (がん診療画像レファレンスデータベース)
運用機関:
国立研究開発法人国立がん研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんの診療に有用な放射線、CT、MR、内視鏡、超音波、病理画像等の各種臨床画像・診断情報を提供する医師向けデータベースです。国立がん研究センター中央病院、東病院の症例を中心に、国立がん研究センター情報...
運用終了
Caenorhabditis elegans WWW Server
運用機関:
Virginia Commonwealth University
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
線虫研究に関するポータルサイト、リンク集です。最新の論文、学会情報、解析ソフトウェア、C. elegans以外の線虫を紹介するページや、主要な線虫データベース、関連サイト、各研究室へのリンク集を提供し...
運用機関:
Broad Institute of Harvard and MIT
生物種:
Homo sapiens
説明:
ブロード研究所は、マサチューセッツ工科大学（MIT）のホワイトヘッド研究所とハーバード大学のHarvard Institute of Chemistry and Cell Biology (ICCB)...
運用機関:
国立研究開発法人国立病院機構 九州がんセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
マンモグラフィ検診の導入や診断機器の進歩により、早期乳癌の発見率は増加してきました。一方で、境界病変や非触知病変、腫瘤非形成型病変など診断に苦慮する機会も増えています。そこで、医療関係者の方々を対象と...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
オンラインで利用できる生物医学関連の電子書籍を収録しています。テキスト中の引用文献はPubMedにリンクしています。
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Bombyx mori
説明:
エンハンサートラップ法によりカイコの新規突然変異系統を作出し、これらの系統におけるGFPレポーター発現部位情報や画像、ゲノム挿入位置情報などをまとめた新規突然変異系統データベースを構築しました。カイコ...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Bombyx mori
説明:
カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 グラフィカルなビューアにより、遺伝地図と物理地図の関連やマーカ情報を参照できます。
運用機関:
University of Wisconsin System Board of Regents
生物種:
All
説明:
ADIT-NMR、SMSDepにより登録されたペプチド、タンパク質、核酸等、生体高分子のNMR実験データを公開しています。データの検索、各データエントリーからPDBなど他のデータベースへのリンク、デー...
運用終了
BioSystems
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
代謝パスウエイやシグナルパスウエイ、疾患やその他の生体内プロセスに関わる生体分子の相互作用セットを収集したデータベースです。現在は、KEGGとEcoCycデータベースのパスウエイを対象としています。各...
運用機関:
Harvard University Department of Molecular and Cellular Biology
生物種:
説明:
ハーバード大学分子細胞生物学部で公開している生物学全般に関するリンク集です。生物学の各分野や、インターネットバイオリソース、検索エンジン、データバンク、モデル生物データベースといった分類ごとに有用なリ...
運用機関:
North Dakota State University
生物種:
Phaseolus | Vigna
説明:
マメ（インゲンマメ属、ササゲ属）ゲノムデータベースへのリンク集です。※アクセス不可のページが多数みられます。
運用機関:
Beta Cell Biology Consortium
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
Beta Cell Biology Consortiumは、膵臓ランゲルハンス島の発生と機能に関する理解を進展させる学際的アプローチの促進を目的としています。長期的な目標として、インスリン・デリバリー...
運用機関:
東北大学, 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Arabidopsis thaliana | Oryza sativa | Glycine max | Zea mays | Solanum lycopersicum | ...
説明:
ATTED-IIは、シロイヌナズナを中心とした植物の遺伝子共発現データを提供するデータベースです。AtGenExpress (TAIR)、ArrayExpressからのマイクロアレイデータと、DDBJ...
運用機関:
筑波大学大学院 生命環境科学研究科
生物種:
Dictyostelium discoideum AX2
説明:
細胞性粘菌 Dictyostelium discoideum AX2 株 cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridizationに基づく空間的遺伝子発現情報（画像...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
理化学研究所植物科学研究センターがMaxPlank研究所などと協力して、植物において初めて大規模なトランスクリプトームデータ（Affymetrixチップ1000枚以上）を収集して公開した「AtGenE...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Oryza sativa | ...
説明:
ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネについて、選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを収集したデータベースです。独自のアルゴリズムを用いて、ゲノム塩基配列とcDNA配列...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
二つのマウス細胞株（メラノサイト、メラノーマ）由来の完全長cDNA ライブラリから選択的スプライシングライブラリ(Alternative Splicing Library: ASL)を構築し、そこから...
運用機関:
独立行政法人酒類総合研究所
生物種:
Aspergillus oryzae RIB40
説明:
麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベースです。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には、酒類総合研究所のRIB40株が使われました。ゲノムの遺伝子アノテーショ...
運用機関:
長浜バイオ大学
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
遺伝子機能の多様化に重要な役割を果たす現象と考えられている選択的スプライシングが、タンパク質の立体構造や機能にどのような影響を与え得るかについてコンピュータにより解析した結果をまとめたデータベースです...
運用機関:
University of California, Santa Cruz
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
真核ゲノムのスプライシングパターンや制御を理解するために、酵母ORFのイントロン情報やスプライシング因子破壊株のマイクロアレイデータを蓄積しています。各エントリーには、ORF名、イントロンの数と配列、...
運用機関:
Helmholtz Zentrum Munchen
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
ドイツのシロイヌナズナゲノム解析グループのホームページです。クローンやコンティグ、遺伝子情報を公開しています。データベースMatDBでは、シロイヌナズナゲノムデータベースであるMIPS、TIGR、TA...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
運用終了
AQUA DNABook
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
説明:
ヒラメの遺伝地図作成に用いたマイクロサテライトマーカーと魚病診断に用いるプライマーをスポットしたDNAブックです。コイヘルペスなど病原体17種類のDNA断片と、ヒラメやマダイなどの耐病性の判定に利用で...
運用機関:
Institut national de la recherche agronomique
生物種:
Acyrthosiphon
説明:
アブラムシゲノム解析コンソーシアムによる成果として、エンドウヒゲナガアブラムシのドラフト配列とアノテーションを公開しています。各種プログラムによる自動的な遺伝子予測結果に加え、着目した2000以上の遺...
運用機関:
Lady Davis Institute for Medical Research
生物種:
Homo sapiens
説明:
アンドロゲン(男性ホルモン)受容体変異データベースです。PDFファイルによる一覧と、FileMakerPro用データベースファイルのダウンロードによりデータが得られます。
運用機関:
University of Texas Southwestern Medical Center
生物種:
説明:
CASP8に参加したグループの予測構造と、その評価を納めたデータベースです。各グループの予測構造はPyMOLを用いて表示することができます。
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）