データベースのレコード一覧 (件数: 2596)
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RIKEN Human cDNA Encyclopedia Metabolome DNABook
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの代謝に関する遺伝子DNAを収録したDNAブックです。
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Embryophyta | Bacteria | Archaea | ...
説明:
マウスを中心とした実験動物、シロイヌナズナを中心とした実験植物、ヒトや動物の細胞材料、微生物・動物・ヒト由来DNA等の遺伝子材料、微生物材料等、ライフサイエンス研究の発展に 不可欠なバイオリソースを収...
運用機関:
Rhodococcus Genome Project
生物種:
Rhodococcus sp. strain RHA1
説明:
PCB分解微生物Rhodococcus sp.のRHA1株について、ゲノムDNA配列やアノテーション結果を提供しています。BLAST検索やゲノムブラウザの利用も可能です。
運用機関:
EMBL-EBI
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses
説明:
構造RNAの配列ファミリーを収録したデータベースです。RNAファミリーは、非コードRNA遺伝子、シス制御エレメント、自己スプライシングRNAの3つに分類され、保存された二次構造を持つことが知られていま...
運用機関:
Lawrence Berkeley National Laboratory
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
原核生物の転写制御について、文献情報を基に手作業でキュレートした転写制御相互作用情報と転写因子結合サイト情報、検証に用いた実験情報を提供しています。遺伝子名や制御因子名、エフェクター、その他フリーワー...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Mus musculus | Homo sapiens
説明:
代表的な免疫関連細胞の標準的な状態（無刺激、もしくはごく一般的な刺激後）のmRNAプロファイル、タンパク質定量プロファイルデータを閲覧、ダウンロード、解析できるデータベースです。測定プラットフォームは...
運用機関:
New England Biolabs Inc.
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Archaea | Viruses
説明:
制限酵素と関連するタンパク質に関する情報を収集したデータベースです。制限酵素の認識サイトや切断サイト、同一の塩基配列を認識するイソ制限酵素、入手先、メチル化感受性、文献情報などが収録されています。DN...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
アジアの原発性免疫不全症の問題の解決を目指した情報基盤リソースです。アジアでの研究者、臨床家と連携し、情報や技術を共有し、より有効な診断治療の確立を目指しています。インドのバイオインフォマティクス研究...
運用機関:
Consorzio interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo Per Universita e Ricerca / CASPUR
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
哺乳類の細胞を用いて電離放射線による転写の影響を測定したマイクロアレイデータを公共リポジトリや文献から収集し、データベース化しています。遺伝子名や放射線の種類、時間や量、生物種、細胞の種類などの条件で...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
PubChem Substanceは、出版社、研究者、化学ベンダー、製薬会社、および多くの重要なケミカルバイオロジーリソースをもつ研究者によって提供された化学物質とその生物活性に関する情報のオープンア...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
化合物名や分子量、CompoundIDなどで化合物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も可能です。...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
化合物を用いた実験結果を参照できるサービスです。どの様な目的で行った実験か、どの様なデータを取得したか、用いた複数の化合物データがPubChemIDと結びついて閲覧することができます。使用した化合物数...
運用機関:
University of Pennsylvania
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
通常のパスウェイデータベースと異なり、出芽酵母の3つの遺伝子の情報を１つのかたまり(MFG triplet)としてみなして文献から情報を収集してデータベースを構築しています。文献からの情報はどのレベル...
運用機関:
Simon Fraser University
生物種:
Pseudomonas
説明:
シュードモナスゲノムに関するデータを集めているデータベースで、緑膿菌の一種、PAO1株のゲノムに対するアノテーションが付与されています。それ以外にもシュードモナス属の各種株の情報を閲覧することができま...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
アミノ酸配列の類似度やタンパク質の機能でグルーピングされたRefSeqタンパク(Cluster)を検索するサイトです。BLASTで得られたScoreを基に自動的にグルーピングされ、後に機能詳細などの情...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
タンパク質のアミノ酸配列のデータベースです。SwissProt、PIR、PRFやPDBからのレコードに加え、GenBankやRefSeq、TPAのコード領域から翻訳された配列のレコードもあります。タン...
運用機関:
Goteborgs universitet
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
遺伝子欠損出芽酵母のコレクションの表現系について定量的な情報を提供しているサイトです。成長速度、成長効率、適応時間（成長を始めるまでの時間）を用いて表現系を定量化しています。
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
メタボロームやトランスクリプトームを研究するためのプラットフォームを提供するポータルサイトです。クロマトグラフィー／マススペクトロメトリーの様々なタイプに対応するツール、マススペクトロメトリーにより得...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Pan troglodytes
説明:
チンパンジーの脳や皮膚、上皮組織を材料に作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定、その一部の全長配列を解読しデータベース化しています。現在、14,004の5'EST配列を格納していま...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Zinnia violacea
説明:
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されています。ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されています。また、マイクロアレイ...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用情報の表示を行います。H-Invitationalプロジェクトで構築されたヒトの転写物データから予測されるタンパク質について、タンパク質間相互作用情報の割...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を検索・推論し、そのオリジナル論文とともに出力します。まず、最初に指定キーワードをMEDLINEなどの文献データベースから全文検索し、次...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Porphyra yezoensis
説明:
かずさDNA研究所で決定したスサビノリのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
ある集団の進化的関係を解析するために集められたDNA配列のセットを収録しています。集団は同一生物種の個体で構成されている場合と、異なる種の個体で構成されている場合があります。各エントリーの配列セットで...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種:
Populus
説明:
森林総合研究所から寄託を受けたポプラ完全長cDNAクローンのキーワード検索が可能です。キーワードには、リソース番号、NCBI Accession Number、clone nameを指定することが可能...
運用機関:
The University of Tennessee Health Science Center
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Mus musculus
説明:
microRNA(miRNA)のTargetSiteのDNA自然変異に関する情報を集めているデータベースです。miRNA Target siteの変異により、遺伝子発現に影響を及ぼすことがあります。S...
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
説明:
タンパク質立体構造データベースPDBを利用して、タンパク質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベースです。相互作用部位を集める際に、異なる複数のタンパク質と相互作用出来るタンパク質の相互作用部位...
運用機関:
Beijing Genomics Institute
生物種:
Sus scrofa
説明:
配列の判明している領域における豚の遺伝子アノテーションを正確に提供しているサイトです。Sino-Danish Pig Genome Projectで得られたWGSデータ、ESTデータGenbankのデ...
運用機関:
大学病院医療情報ネットワーク
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの非同義置換（アミノ酸置換をともなう）SNP (Non-synonymous SNP; nsSNP)を収集したデータベースです。nsSNPは遺伝子の機能に従って分類し、タンパク質機能の階層分類リス...
運用機関:
帝京大学 医真菌研究センター
生物種:
Fungi
説明:
病原真菌データベース(PFDB)は、病原真菌の研究と教育のために利用できる画像とデータを公開しています。データベースの内容は、起因菌別あるいは疾患別に整理した病原真菌、および病理、臨床画像をメインに構...
運用機関:
山口大学 理学部
生物種:
説明:
ビジュアルな例を通して、ペトリネットによる生命パスウェイの構築方法を理解することができます。現在はシグナル伝達経路だけですが、代謝経路、遺伝子ネットワークなど追加される予定です。
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
説明:
タンデム型質量分析器測定で得られたペプチドやタンパク質同定データを蓄積している公共データベースです。イオン化方法や同定エンジン、修飾情報等、同定時のパラメータや生データを取得することができ、それらのキ...
運用機関:
Fred Hutchinson Cancer Research Center
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
前立腺での遺伝子発現に関するデータを集めたデータベースです。EST配列、cDNAライブラリに関する情報、マイクロアレイデータ等を提供しています。
運用機関:
Institute for Systems Biology, University of Cambridge
生物種:
説明:
プリオン病研究に特化したデータを扱っているデータベースです。このサイトではプリオン病研究を行っている研究者に、解析、データの投稿、共有を他の研究者と行うことができるようにすることを目的にしています。
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
欧州蛋白質構造データバンク（PDBe: Protein Data Bank Europe)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および...
運用機関:
社団法人日本病理学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
主に医学部学生の自主学習や教員の方の講義の教材として活用してもらうことを目的にしたヒトの病理画像データベースです。日本病理学会教育委員会が中心となって作成されました。２４の臓器等に分類された目次から目...
運用機関:
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, the University of Toronto
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Viruses
説明:
約325件の生体パスウエイ関連データベース、分子相互作用関連データベースのリンクURL、詳細情報、利用方法を整理し、提供しています。各データベースはサブカテゴリー（タンパク質-タンパク質相互作用、代謝...
運用機関:
The European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
Pfam databaseを基にしたアミノ酸配列、塩基配列のアラインメント情報をまとめたもの、多くのタンパクで共通しているドメインの進化系統樹情報を提供しているサイトです。
2005年9月以降データは...
運用終了
OriDB: DNA Replication Origin Database
運用機関:
University of Aberdeen Foresterhill
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母の複製起点(ori)に関する提供者の情報をまとめて公開しているサイトです。各複製起点の情報確度、染色体上の位置が示されており、キーワード検索も可能です。
現在は運用を終了しています。後継サイト...
運用機関:
創価大学
生物種:
説明:
生体高分子のオリゴマー構造をインタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることができます。Protein Data Bank (PDB)中の全ての立体構造について4次構造のキュレーションを行ってお...
運用機関:
Center for Biological Sequence Analysis
生物種:
説明:
O-またはC- のグリコシル化サイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質のデータベースです。公開データベースおよび文献からデータを収集し整理しています。各エントリには配列の他...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
国際塩基配列データベースであるGenBank、EMBL、DDBJ の配列データを収録しています。NCGR（National Center for Genome Resources）が提供しているゲノム...
運用機関:
University of California, San Francisco, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
生物種:
説明:
核内受容体に関する情報を提供しているサイトです。受容体タンパク質の配列情報、配列アラインメント情報、構造情報として、２次元情報やPDBへのリンク、NRSAS (Nuclear Receptor Str...
運用機関:
Poznan University
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota
説明:
非コードRNAの配列と機能に関する情報を収集したデータベースです。真正細菌、古細菌、真核生物の99生物種について30,000以上の配列が登録されています。配列情報はGenBank、アノテーション情報は...
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Nocardia farcinica
説明:
病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）と、アノテーションを掲載しています。リピート配列、薬剤耐性遺伝子、毒性遺伝子、リボソームタ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
染色体提供としてMSM/Ms系統種、宿主系統種としてC57BL/6Jを用いconsomic（遺伝的背景が同一の）系統を作成し、それらの系統からComplex Traitに重きを置いた表現系情報を収集し...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
国立遺伝学研究所（NIG）が確立した実験マウス系統の多型情報データベースです。日本の亜種を含む4つのマウス亜種由来の10の近交系（ミシマバッテリー）について全配列ゲノム情報と単一ヌクレオチド多型および...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
線虫（Caenorhabditis elegans）の発現パターンマップをEST解析およびWISH（組織や個体全体に対する ISH）により構築し、公開しています。他に、発生各期におけるISH画像やcD...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 和光研究所
生物種:
説明:
OECD国際協力に基づくニューロインフォマティクス日本ノードとして、日本におけるニューロインフォマティクスの情報集積拠点となるべく、国立研究開発法人理化学研究所・脳科学総合研究センター内に設立されまし...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Influenza A virus | Influenza B virus
説明:
抗インフルエンザウイルス薬開発において第1の標的タンパク質とされる、ノイラミニダーゼの立体構造予測モデル情報を格納しています。構造予測は、ホモロジーモデリング法に基づく立体構造予測のソフトウエアFAM...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）