レコード詳細
VISDB: Viral Integration Site DataBase
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02613 | ||||
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| 名称データベースの名称 | VISDB | ||||
| 別称データベースの別称 | Viral Integration Site DataBase | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | https://bioinfo.uth.edu/VISDB/index.php | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth) | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | アメリカ合衆国 | ||||
| 説明データベースの説明 | ヒトゲノムに組み込まれたウィルスの統合位置と関連情報のデータベースです。 5 つの DNA 腫瘍ウィルス (HBV、HPV、EBV、MCV、AAV2) と 4 つの RNA レトロウィルス (HIV、MLV、HTLV、XMRV) を含む、9 つの主要なウィルスをカバーしています。 データは文献からキュレートしており、各エントリには、融合ウィルスとホスト、検証の有無、検出方法、サンプルタイプ (腫瘍、非腫瘍)、疾患、ウィルス配列、宿主配列、標的遺伝子を制御するための miRNA、上流および下流の配列 などを収録しています。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Hepatitis B virus (10407), Human papillomavirus (10566), Human gammaherpesvirus 4 (10376), Adeno-associated virus - 2 (10804), Human immunodeficiency virus (12721), Human T-cell leukemia virus type I (11908), Merkel cell polyomavirus (493803), Murine leukemia virus (11786), Xenotropic MuLV-related virus (438045) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | https://bioinfo.uth.edu/VISDB/index.php/download | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | https://bioinfo.uth.edu/VISDB/public/archives/Manual.pdf?csrt=10859936412756757940 | ||||
| データベースの連絡先 | https://bioinfo.uth.edu/VISDB/index.php/help?csrt=10859936412756757940#contact-us-page | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2022-04-13 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2022-04-13 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |