レコード詳細
休止
PODC: Plant Omics Data Center
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC01577 | ||||
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| 名称データベースの名称 | PODC | ||||
| 別称データベースの別称 | Plant Omics Data Center | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://plantomics.mind.meiji.ac.jp/podc/ | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 明治大学 (J-Globalへのリンク) | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||
| 説明データベースの説明 | 高速シーケンサーにより得られた遺伝子発現プロファイルデータをもとに、文献情報に基づく知識情報を組み合わせた遺伝子発現ネットワーク情報を提供するデータベースです。種々の植物の遺伝子について、遺伝子名、説明、発現プロファイル、転写因子・シス因子情報、予想される遺伝子機能等の情報、他の遺伝子との発現ネットワーク、パラログやオルソログ情報などをマニュアルキュレーションおよび自然言語処理により集積、提供しています。遺伝子、機能、サンプル条件、転写因子・シス因子に対するキーワード検索のほか、BLAST検索、GEN（gene expression network）検索も可能です。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Arabidopsis thaliana (3702), Oryza sativa (4530), Physcomitrella patens (3218), Solanum lycopersicum (4081), Sorghum bicolor (4558), Vitis vinifera (29760), Solanum tuberosum (4113), Medicago truncatula (3880), Glycine max (3847), Nicotiana tabacum (4097), Zea mays (4577) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 休止 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://plantomics.mind.meiji.ac.jp/podc/bulkDownload.html | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | http://plantomics.mind.meiji.ac.jp/podc/img/README_PODC_bulkDownload.txt | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | ― | ||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2016-02-23 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2018-04-05 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |