レコード詳細
運用終了
P-DIRECT ゲノム解析データポータル
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC01511 |
|---|---|
| 名称データベースの名称 | P-DIRECT ゲノム解析データポータル |
| 別称データベースの別称 | ― |
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://p-direct.jp |
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | P-DIRECT |
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 |
| 説明データベースの説明 | 文部科学省 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム (P-DIRECT) の「がん臨床シーズ育成グループ」が解析した、がん組織を含む様々なヒト試料についての全エクソンシーケンスなどの網羅的ゲノム・エピゲノム情報のポータルサイトです。 がん種ごとにまとめた、アミノ酸置換を伴う体細胞変異のリスト（メタデータ）をオープンデータとして公開しています。2015年6月現在、肺がん、脳腫瘍、白血病、骨髄異形成症候群、胸膜胚芽種のデータセットが収録されています。また、実際の研究プロジェクトにおけるがん症例毎の塩基配列データ（bamファイル、fastqファイルなど）は、バイオサイエンスデータベースセンターのNBDCヒトデータベース ( http://humandbs.biosciencedbc.jp ) から利用申請を必要とする制限付きで提供します。 P-DIRECTによるゲノム解析データポータルの運用は終了しましたが、ポータル運用時のデータセットのがん種、検体数、NBDCヒトデータベースIDがこちら （http://data-portal.jp/pdirect） でご覧になれます。本プロジェクトによる成果データの一部はNBDCヒトデータベース ( http://humandbs.biosciencedbc.jp )から制限付きで提供されており、「利用可能な研究データ一覧」の提供者情報内に「P-DIRECT」という記載が含まれています。 関連リンク：AMED 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）: https://www.amed.go.jp/program/list/01/03/003.html |
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Homo sapiens (9606) |
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
|
| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI | ― |
| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 日本語 |
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 運用終了 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://p-direct.jp |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | http://p-direct.jp |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先 | ― |
| API / SPARQL endpoint | ― |
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― |
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― |
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― |
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― |
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog |
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2015-06-30 |
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2018-05-13 |
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |