データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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運用機関:
Institute for Systems Biology (ISB), Seattle Proteome Center
生物種:
Apis | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Candida | Danio rerio | ...
説明:
タンデム質量分析プロテオミクスの研究およびソフトウェアツールで同定されたペプチドの公開データベースです。サンプルの情報、サンプルの調整、解析プラットフォーム、変性方法、報告文献などの情報を収録していま...
運用機関:
生物種:
説明:
食品媒介病原菌であるストレプトコッカス・アガラクティエ（Streptococcus agalactiae）のゲノム解析専用のデータベースです。Streptococcus agalactiae NEM3...
運用機関:
生物種:
説明:
Photorhabdus luminescens のゲノム解析データベースです。線虫に内部共生し、昆虫に病原性を示すPhotorhabdus luminescensのゲノムについて、遺伝子名、塩基長、...
運用機関:
生物種:
説明:
マウスの呼吸器マイコプラズマの病原菌である肺マイコプラズマ（M. pulmonis）のゲノム情報を、様々な面から関連づけ、統合することを目的としています。肺マイコプラズマ UAB CTIP 株から抽出...
運用機関:
生物種:
説明:
食品媒介性病原菌であるリステリア菌、およびその非病原性近縁種であるリステリア・イノキュアのゲノムの解析に特化したデータベースです。細菌-宿主の相互作用を起こす典型であるリステリア菌（L. monocy...
運用機関:
生物種:
説明:
レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）の Paris 株 （フランスの固有種）、Lens 株（流行株）、Phildelphia 1 株、Corby 株のゲノム分析専...
運用機関:
生物種:
説明:
グラム陰性細菌の典型である大腸菌（E. coli）のゲノム情報を様々な面から関連づけ、統合することを目的としたリソースです。典型株 K-12 から抽出された DNA とタンパク質の完全な配列データセッ...
運用機関:
生物種:
説明:
マイコバクテリウム・ウルセランス菌、ブルーリ潰瘍桿菌のゲノム解析を専門とするデータベースです。流行株 Agy99 から抽出された DNA とタンパク質の完全な配列データセットを関連するアノテーションお...
運用機関:
Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM)
生物種:
Viruses
説明:
VirHostNet 2.0は広範囲におよぶ原著の文献をキュレートし、公開されたデータで補完したウイルス/ウイルス間およびウイルス/ホスト間のタンパク質間相互作用のデータセットを統合するデータベースで...
運用機関:
National Institute of Agrobiological Sciences, ProDom Team
生物種:
Spodoptera frugiperda
説明:
鱗翅目ヨトウガのゲノミクスの統合データベースです。数多くの遺伝子の同定と、科学コミュニティが関心を寄せる遺伝子ファミリーの包括的クローニングを可能とします。 クラスターやコンティグの塩基配列、ライブラ...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua
生物種:
Daphnia | Daphnia magna | Daphnia pulex
説明:
ミジンコ科のゲノムデータベースです。主にミジンコとオオミジンコについてEST、GSS、マイクロサテライトのライブラリー、遺伝子についての配列、染色体位置、相同遺伝子、タンパク質、オントロジー、発現情報...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua
生物種:
Anopheles gambiae | Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明:
真核生物データベースから得られる遺伝子･ゲノム情報について、共通の要約を提供するリソースです。要約に含まれる情報は、遺伝子記号および完全名、染色体、遺伝子および分子マップ情報、遺伝子のオントロジー（機...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua
生物種:
All
説明:
天然と推定される状態において、全体または部分的に、固定された３次元構造をもたないタンパク質に関する情報を提供するキュレーションされたデータベースです。タンパク質を得られた生物種、機能、固定の３次元構造...
運用機関:
Indian Institute of Science
生物種:
All
説明:
非冗長（25％および90％）データセットに存在するアミノ酸残基の立体配座角（主鎖および側鎖）に関する情報の検索を容易にするために開発された包括的でタイムリーな、権威あるリソースです。
運用機関:
University of Tampere
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患の原因となるタンパク質キナーゼドメイン上の変異を収録した包括的なレジストリです。本リソースは、突然変異に関する統計情報および表示、突然変異を有する配列（クリック可能）、および制限酵素パターンの変化...
運用機関:
Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM), SBI, bioinsilico.org
生物種:
All
説明:
既知のタンパク質構造から抽出されたループの構造的分類のコレクションです。この構造的分類は、ループの幾何学的形態および立体配座に基づいて行われます。幾何学的形態は、4 つの内部変数と規則的な隣接する二次...
運用機関:
Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM), SBI
生物種:
Gallus gallus | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
プロモーターや遺伝子についての情報を伴うオーソロガスな結合サイトのコレクションです。実験的に定義された結合サイトについて、予測される結合サイトやプロモーターの配列も収録しています。
運用機関:
Institut de Genetique et de Biologie Moleculaire et Cellulaire (IGBMC), Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種:
All
説明:
反復配列、膜貫通配列、および循環配列のための機能拡張を含むベンチマークアラインメントデータベースです。
運用機関:
International Centre Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB), Jedlik Laboratories: Bioinformatics, Faculty of Information Technology, Pázmány Péter Catholic University
生物種:
All
説明:
機械学習法の性能比較が可能な標準データセットを作成するためのコレクションです。ドメインの配列や構造のトポロジーグループの分類、タンパク質配列、データセット間の距離マトリックス、データ生成のための処理方...
運用機関:
National Centre for Scientific Research (CNRS), Institut de Biologie et Chimie des Proteines (IBCP), Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種:
Hepatitis C virus
説明:
C型肝炎ウイルスのタンパク質配列、構造および機能解析、ならびに構造生物学を主たる焦点とするデータベースです。命名法を確実にし、遺伝子領域／タンパク質、参照文献、遺伝子タイプ、興味深いドメインなどを収録...
運用機関:
FAIRDOM, Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS)
生物種:
All
説明:
生化学反応、この反応の運動方程式およびパラメータ、ならびにこれらのパラメータを測定した実験条件を収録したデータベースです。反応の基質、生成物、EC番号、関連パスウェイを収録しています。
運用機関:
Health Canada
生物種:
Homo sapiens
説明:
カナダでの使用が承認された医薬品に関する製品固有の情報を収録したデータベースです。Health Canadaが管理する本データベースには、ヒト用の医薬品および生物製剤、獣医薬および殺菌剤が含まれます。...
運用機関:
Harvard University, Dana-Farber Cancer Institute
生物種:
All
説明:
入手可能な EST および遺伝子配列を、可能な限り参照ゲノムと一緒に使用することで、可能性のある遺伝子およびそのバリアントのインベントリを提供し、あわせてこれらの遺伝子によって果たされる機能的役割およ...
運用機関:
Forsyth Institute
生物種:
Bacteria | Fungi
説明:
ヒトの口腔内に存在する原核生物種に関する、部位特異的な包括的データベースです。キュレーションされた 16S rRNA 遺伝子に基づく暫定的命名法と、分類学的情報に基づくゲノム情報が含まれています。
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia, The Wellcome Trust Sanger Institute, The Wellcome Trust Genome Campus
生物種:
Eukaryota | Leishmania | Leishmania major | Trypanosoma brucei | Trypanosoma cruzi | ...
説明:
トリパノソーマ科（Leishmania 属、Trypanosoma 属）の統合ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。ゲノムの配列や変異、転写、プロテオミクス、タンパク質の...
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia
生物種:
Eukaryota | Trichomonas
説明:
腟トリコモナスの統合ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。ゲノムの配列や変異、転写、プロテオミクス、タンパク質の機能アノテーション、パスウェイや相互作用などの情報を収録し...
運用機関:
Bioinformatics Resource Centers, National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH)
生物種:
Toxoplasma
説明:
ヒトおよび動物の疾病（トキソプラズマ症を含む）を引き起こす単細胞真核生物病原菌、トキソプラズマ属の統合ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。ゲノムの配列や変異、転写、プロ...
運用機関:
生物種:
Plasmodium
説明:
ヒトおよび動物の疾病（マラリアを含む）を引き起こす単細胞真核生物病原菌、マラリア原虫属の統合ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。ゲノムの配列や変異、転写、プロテオミクス...
運用機関:
生物種:
Eukaryota | Giardia
説明:
ヒトの下痢性疾患の原因となるランブル鞭毛虫のゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。核ゲノム組織の起源、寄生原生生物が使用する代謝経路、宿主との...
運用機関:
Institute of Integrative Biology, University of Liverpool, The Wellcome Trust Centre for Molecular Parasitology, The Wellcome Trust Sanger Institute, Bioinformatics Resource Centers, National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH)
生物種:
Acanthamoeba | Aedes aegypti | Anncaliia | Anopheles gambiae | Babesia | ...
説明:
真核生物病原体をカバーする統合ゲノムデータベースです。同じ構造で構築された分類群ごとのデータベースを多数含んでいます。VEuPathDB ポータルは、これらすべてのリソースへの入口として機能し、属間の...
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia
生物種:
Cryptosporidium
説明:
寄生虫クリプトスポリジウムのゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（VEuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノム配列およびアノテーションを統合したこのデータベースには、コミュニテ...
運用機関:
Computational Biology Research Group , Embrapa/Informatica Agropecuaria
生物種:
All
説明:
タンパク質と他の生体巨大分子との相互作用に関する情報を収録したデータベースです。ブラジルの農業、家畜および医学が直面する課題の研究を支援することを主な目的として、これらの相互作用の分析に使用される構造...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
市販されている医薬品およびその記録された副作用に関する情報を収録しています。副作用情報は、公開文書および添付文書から抽出されます。提供されている情報には、副作用の頻度、薬と副作用の分類、関連情報（薬と...
運用機関:
生物種:
説明:
大腸菌 K-12 ゲノムおよびプロテオーム配列に関する最新情報を含むデータベースです。遺伝子名、配列、前後の遺伝子マップ、マイクロアレイ、タンパク質の情報、大規模な遺伝子関連の文献目録を収録しています...
運用機関:
Human Genome Organisation (HUGO), Transforming Genetic Medicine Initiative
生物種:
Homo sapiens
説明:
HGNCデータベースは、HGNC (HUGO Gene Nomenclature Comittee) が既知のヒトの遺伝子ごとに承認した全ての遺伝子名と短縮名（シンボル）を収録しています。HGNC承認...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG), ELIXIR-Hub, MRC Laboratory of Molecular Biology (LMB), European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
生物種:
Homo sapiens
説明:
さまざまなデータ提供者から提供されたゲノム研究のデータセットを探索できるリソースです。データセットにアクセスするには、指定されたデータアクセス委員会（DAC）の承認を得る必要があります。
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), wwPDB, European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
生物種:
All
説明:
Protein Data Bank のエントリーに含まれるすべての残基および小分子成分を記述するデータベースです。リガンド、小分子、モノマーについての詳細な化学的記述（分子名、分子構造、SMILES、...
運用機関:
Digital Science, Macmillan Publishers, Datacite
生物種:
All
説明:
ユーザーの研究者が、自らの研究成果のすべてを、引用、共有、発見が可能な形で公開することができるリポジトリです。研究データのショーケース、研究結果のインパクトを測る場、カスタマイズ不要の実装ツールなどと...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG)
生物種:
All
説明:
遺伝子系統（phylomes）のカタログデータベースです。遺伝子の履歴を、系統樹および複数の配列アラインメントを用いて視覚化することができます。遺伝子名、配列、生物種、コピー数の情報を収録しています。
運用機関:
Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種:
Phaeodactylum tricornutum | Thalassiosira pseudonana
説明:
珪藻生物学の研究に利用することができる珪藻のEST（発現配列タグ）データベースを提示しています。コンティグ番号、クラスターサイズ、塩基配列などを収録しています。これらのデータベースは検索が可能です。
運用機関:
Laboratoire Architecture et Fonction des Macromolecules Biologiques (AFMB), Université d'Aix-Marseille
生物種:
All
説明:
グリコシド結合を分解、改変、または生成する酵素について構造的に関連する触媒および炭水化物結合モジュール（または機能的ドメイン）のデータベースです。活性部位の分類ファミリー、機能、3D構造、生物種などを...
運用機関:
生物種:
説明:
Protein Data Bank (PDB) の構造、リガンド、およびアノテーションが付された機能部位残基のデータベースです。タンパク質名、機能部位名、機能部位配列や共通配列などを収録しています。P...
運用機関:
Bioversity International
生物種:
Oryza
説明:
Genoplante プロジェクトによるイネ挿入変異株ライブラリーの評価から得られた表現型データを統合した検索可能なデータベースです。変異名、対応遺伝子、発現レベル、発現部位、観察方法などを収録してい...
運用機関:
International Cooperation Center for Agricultural Research for Development (CIRAD), Bioversity International, Generation Challenge Programme, South Green
生物種:
Viridiplantae
説明:
主要な植物門の進化に関する 37 種の完全ゲノムを含むデータベースです。位相同型の植物ファミリーを、広範かつ一貫した形で定義するため、これらのゲノムのクラスタリングを行いアノテーションしています。クラ...
運用機関:
Cincinnati Children's Hospital Medical Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの一塩基多型（SNP）とそのアノテーションをまとめた統合的データベースです。mRNA、タンパク質、遺伝子のNCBIリンク、CDD、パスウェイ情報などを収録しています。
運用機関:
Cincinnati Children's Hospital Medical Center, National Institute of Health
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトおよびマウス遺伝子のオーソログセットを系統的に分析することによって得られたシスエレメント領域のデータベースです。NCBI の参照配列（RefSeq）データベースにおけるマウスおよびヒト遺伝子の m...
運用機関:
The CUCKOO Workgroup
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces cerevisiae | ...
説明:
細胞周期に関わるタンパク質のデータベースです。真菌（S. cerevisiaeおよびS. pombe）動物（C. elegans、D. melanogaster、X. laevis、M. muscul...
運用機関:
Charles University
生物種:
Eukaryota | Viruses
説明:
実験的に得られた配列内リボソーム進入部位（IRES：Internal Ribosome Entry Site）のセグメントに関する情報を収録したデータベースです。機能の有無、プロモーターとのオーバーラ...
運用機関:
Coli Genetic Stock Center (CGSC), Yale University
生物種:
Escherichia coli
説明:
CGSCが保有する大腸菌の遺伝情報について、遺伝子型、CGSC が保有する株に対する参考文献情報、遺伝子の名称、同義語、特性、およびマップ位置、遺伝子産物、ならびに特定の突然変異と重要な文献への参照情...
運用機関:
Centro Biotecnologie Avanzate
生物種:
Bacteria | Bacteriophage sp. | Fungi | Saccharomyces
説明:
ヨーロッパのさまざまな生物種、遺伝的資料、およびその他の生物学的なカタログデータベースへリンクする統合リソースセンターです。これにより、世界中のユーザーは １つの共通の入り口からの検索で、関連する複数...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）