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SSBD:database: Systems Science of Biological Dynamics database

IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 NBDC01349
名称データベースの名称 SSBD:database
別称データベースの別称 Systems Science of Biological Dynamics database
URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL https://ssbd.riken.jp/
運用機関名現在データベースを運用している機関名 特定国立研究開発法人理化学研究所　生命システム研究センター (J-Globalへのリンク)
運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 日本
説明データベースの説明 SSBDは生命動態の定量データとその取得に利用した動画像を再利用が容易なかたちで包括的に管理することを目的に構築されたデータベースです。単一分子、細胞、細胞核などのスケールにおける様々な手法により取得された様々な生物種のデータを収集しています。手法としては実験解析およびコンピュータシミュレーションともに対象としています。 定量データについては、新規に開発されたBiological Dynamics Markup Language (BDML)というデータフォーマットに従って表現されています。また動画像については、OMEROという世界標準になりつつある生命科学分野の動画像の管理システムを利用して管理されています。 本データベースに収録されているデータセットはダウンロード可能であり、各々の利用許諾にもとづいて利用することができます。 ユーザがデータを登録するSSBD:repositoryも紐づけられています。
生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID Eukaryota (2759), Bacteria (2)
タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI
PubMed ID:27412095
DOI:10.1093/bioinformatics/btw417
PubMed ID:25414366
DOI:10.1093/bioinformatics/btu767
言語データベースの内容の記載に使用されている言語 英語
稼動状況データベースの稼動状況 稼動中
一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク ―
一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 ―
データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 https://ssbd.riken.jp/database/copyright/
データベースの使い方 ―
データベースの連絡先 https://ssbd.riken.jp/database/contact/
API / SPARQL endpoint http://ssbd.qbic.riken.jp/restfulapi/
LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/ssbd/desc.html
MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク ―
統合TVへのリンク統合TVへのリンク ―
FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク https://fairsharing.org/biodbcore-000786
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レコード管理者レコード管理者 Integbio Database Catalog
レコードの由来レコードの由来
レコード公開日日本語レコードの公開日 2013-10-23
レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 2022-05-29
本レコードの利用条件 Creative Commons CC0 license