レコード詳細
運用終了
TOT-DB: The Theileria orientalis Genome Annotation Database
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC01325 | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 名称データベースの名称 | TOT-DB | ||||
| 別称データベースの別称 | The Theileria orientalis Genome Annotation Database | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://totdb.czc.hokudai.ac.jp/index.html | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター (J-Globalへのリンク) | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||
| 説明データベースの説明 | 寄生性原虫Theileria orientalisの全ゲノムを対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。 病原性の強いT. parvaやT. annulataとのゲノム比較ができます。またゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同性検索やデータの一括ダウンロードも行えます。全ゲノムの配列はホールゲノムショットガンと手動のギャップクロージング、自動および手動のアノテーションとを組み合わせて決定されています。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Theileria orientalis (68886), Theileria parva (5875), Theileria annulata (5874) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
|
||||
| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
|
||||
| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
|
||||
| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 運用終了 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://totdb.czc.hokudai.ac.jp/download.html | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | ― | ||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | http://medals.jp/list/detail/189.html | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
|
||||
| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2013-07-29 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2019-05-16 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |