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運用終了

RIKEN Hub Database

IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 NBDC00666
名称データベースの名称 RIKEN Hub Database
別称データベースの別称
URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL http://omicspace.riken.jp/db/index.html.ja?keyword=%E7%90%86%E7%A0%94
運用機関名現在データベースを運用している機関名 国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所 (J-Globalへのリンク)
運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 日本
説明データベースの説明 理研には約400の研究室があり、それぞれが自発的に研究成果の発表を行っています。データ公開も様々な形式で行われ、現在約80のデータ提供サイトがWeb上で公開されています。このため、どこでどのようなデータが公開されているのかが分かりづらく、公開データの再利用やコンピュータを使った統合利用が容易ではありませんでした。また、ライフサイエンスで扱われるデータのほとんどは、形式が定まっていない集積困難なデータであり、塩基配列やDNAチップデータのような集積リポジトリが存在しておらず、データ公開が容易ではありません。理研総合データベースでは、SWF(Semantic Web Folders)を使うことで、理研の公開データをセマンティック・ウェブのRDF形式に準拠させつつ、さらに数百テラ~ペタバイトにもなる膨大なオミックス実験データを関連付けて、SWFからダウンロードできるように計画しています。これにより、理研が公開するデータの永続性を担保するとともに、文部科学省が推進する「ライフサイエンス統合データベース」からの統合検索を可能にし、外部からのアクセスを容易にします。本データベースは2009年3月より公開を開始しました。
生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID
タグ (対象)データベースに収録された主要データの対象を表すタグ
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI
PubMed ID:18263641
DOI:-
言語データベースの内容の記載に使用されている言語 日本語, 英語
稼動状況データベースの稼動状況 運用終了
一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク
一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明
データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件
データベースの使い方
データベースの連絡先
API / SPARQL endpoint
LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク
MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク
統合TVへのリンク統合TVへのリンク
FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク
類似データベースこのデータベースに類似したデータベース
レコード管理者レコード管理者 Integbio Database Catalog
レコードの由来レコードの由来
レコード公開日日本語レコードの公開日 2011-12-08
レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 2015-08-20
本レコードの利用条件 Creative Commons CC0 license