データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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運用機関:
University of Missouri
生物種:
Glycine max
説明:
大豆翻訳ゲノミクスと分子育種のためのウェブリソースです。遺伝子/タンパク質、miRNA / sRNA、代謝産物、SNP、植物導入（PI系）および形質に関する情報を収録しています。大豆ゲノミクスおよびマ...
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
生物種:
All | Anopheles gambiae | Arabidopsis thaliana | Bos indicus | Bos taurus | ...
説明:
自由に利用可能なメタゲノムデータの保存、解析、比較のためのプラットフォームです。微生物の系統的多様性の他、サンプルの機能的および代謝的ポテンシャルについての知見を提供することを目的としています。プロジ...
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Institute for Systems Biology (ISB), University of California San Diego, National Center for Protein Sciences, University of Washington
生物種:
All
説明:
ProteomeXchange は、PRIDEやPeptideAtlasなどの主なプロテオミクスリポジトリへのMS プロテオミクスデータ登録とデータ配布の標準化のためのコンソーシアムです。データ登録に...
運用機関:
GigaScience/BGI HK Ltd
生物種:
All
説明:
GigaScience ジャーナルの論文に関連するデータとツールを提供するリポジトリです。ただし、GigaScience の論文に関連付けられていないデータも一部含まれています。シークエンスデータ、解...
運用機関:
Yale University School of Medicine
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
脊椎動物の嗅覚受容体（OR: olfactory receptor）遺伝子およびタンパク質のデータベースです。味覚受容体、鋤鼻器官受容体、昆虫や線虫の嗅覚受容体、菌類のフェロモン受容体の情報も含まれて...
運用機関:
Washington University in St Louis School of Medicine
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）の転写因子に対する位置特異的重み行列（PWM：position weight matrices）のデータベースです。各転写因子に対して、in...
運用機関:
Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute, Washington State University
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母の実験データを格納するデータベースです。質量分析、ツーハイブリット、蛍光顕微鏡、タンパク質構造予測のデータが含まれます。遺伝子・タンパク質名、SwissProt ID、GO term、実験手法...
運用機関:
Washington State University
生物種:
Fragaria vesca | Malus domestica | Malus x domestica | Prunus mume | Prunus persica | ...
説明:
キュレーションおよび統合された、バラ科（Rosaceae）のオンラインデータベースです。ゲノミクス、遺伝学、育種に関するデータ、および解析ツールを提供します。ゲノム配列、トランスクリプトーム、遺伝子マ...
運用機関:
US Department of Health and Human Services, VectorBase
生物種:
Aedes aegypti | Anopheles gambiae | Chelicerata | Culicidae | Diptera | ...
説明:
ヒトの病原体を媒介する無脊椎動物に関する情報を集約したデータリポジトリです。媒介生物ゲノムに注釈を付け、メンテナンスすることで、研究コミュニティに統合されたリソースを提供します。マラリアを引き起こすマ...
運用機関:
University of Wisconsin-Madison
生物種:
All
説明:
ゲノム配列データおよび遺伝子発現データを保存、更新、および配布するために開発された、関係データベースおよびウェブインターフェースです。コミュニィの研究者らが、ゲノムに対し、容易かつ継続的にアノテーショ...
運用機関:
Jurisica Lab, Ontario Cancer Institute
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
ヒトとモデル生物の、実験的に既知もしくは予測されたタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。タンパク質名、SwissProt ID、生物種などを指定して相互作用データを検索でき、全データのダウ...
運用機関:
University of Toronto
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌に関する知識ベースとして、タンパク質 - タンパク質間の物理的相互作用と機能的相互作用を統合したデータベースです。タンパク質名、ドメイン名、GO termなどでの相互作用データの検索、Blast...
運用機関:
University of Tartu
生物種:
Eukaryota | Fungi
説明:
真菌類の種同定を目的としたrDNAのITS (internal transcribed spacer) 配列のデータベースです。ITS配列を基にした菌類の分類群をspecies hypotheses ...
運用機関:
United Kingdom National Crystallography Service (NCS), University of Southampton
生物種:
説明:
サウサンプトン化学結晶学グループ（Southampton Chemical Crystallography Group） と 英国 EPSRC 国家結晶学サービス（National Crystallo...
運用機関:
University of Nebraska Medical Center
生物種:
All
説明:
抗菌ペプチド（AMP）のデータベースです。天然由来の、アミノ酸配列が同定されており、活性が確認されている、100アミノ酸残基未満の抗菌ペプチドについてのデータが収録されています。データは文献からマニュ...
運用機関:
The National Autonomous University of Mexico at the Center for Genomic Sciences, University of Mexico
生物種:
Escherichia coli
説明:
RegulonDB は、細菌（大腸菌K12株）の遺伝子調節に関する知識を計算可能で体系化された形式で格納したデータベースです。文献からのマニュアルキュレーションおよびハイスループット実験データと計算機...
運用機関:
Manchester Center for Integrative Systems Biology
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母のゲノムスケール代謝モデル（GEM）のレポジトリです。yeast.sf.netから引き継いだプロジェクトです。ゲノムデータと文献から再構成された、高度にアノテーションされた酵母代謝ネットワーク...
運用機関:
University of Leiden
生物種:
Anopheles gambiae | Bacillus subtilis | Bombyx mori | Bordetella pertussis | Bos taurus | ...
説明:
2次構造、機能および配列データを含むRNAシュードノットのデータベースです。クラスまたは属性値によって、データの閲覧が可能です。また、ユーザーがシュードノットデータを登録することも可能です。
運用機関:
University of Helsinki
生物種:
Homo sapiens
説明:
腫瘍サンプルの臨床情報とマイクロアレイデータのデータベースです。アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（aCGH）および遺伝子コピー数変化のデータマイニングに重点を置いています。キーワードによるマイク...
運用機関:
Georgetown University, Protein Information Resource Consortium, University of Delaware
生物種:
All
説明:
アミノ末端、カルボキシル末端およびペプチド鎖のクロスリンク翻訳後修飾を含むタンパク質修飾のためのアノテーションおよび構造の包括的なコレクションです。名前、文献情報、GO IDや分子量などを組み合わせた...
運用機関:
University of Cologne
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトおよびマウスにおける免疫グロブリン遺伝子座に由来する生殖細胞系列可変領域（V）遺伝子の統合データベースです。全てのV遺伝子配列は EMBLおよびEnsemblデータベースから抽出されたものです。I...
運用機関:
University of California-Santa Barbara
生物種:
Metazoa | Viridiplantae
説明:
研究者および一般利用者に、古生物学に関する情報を提供するデータベースです。PBDB Navigatorツールにより、年代・場所・生物分類で化石の産状を絞り込んで表示することが出来ます。また、必要な情報...
運用機関:
University of California Los Angeles
生物種:
Mus musculus
説明:
ノックアウト変異マウスの系統データベースです。KOMP、EUCOMMなどのプロジェクトにより作成されたノックアウトマウスの系統について、ベクター、変異EC細胞、野生種EC細胞、成体などの別や、ES細胞...
運用機関:
Institute for Genomics and Bioinformatics, University of California, Irvine, University of California Los Angeles
生物種:
説明:
システム生物学における合成ビルディングブロック、プローブとして、そして薬物および他の有用な化合物の発見のためのリード化合物として使用する上で重要な、約 500 万の商業的に入手可能な低分子を含む化学物...
運用機関:
Cincinnati Children's Hospital Medical Center, University of Calgary
生物種:
Xenopus | Xenopus laevis | Xenopus tropicalis
説明:
アフリカツメガエル（Xenopus laevis）と ネッタイツメガエル （X. tropicalis） の包括的なモデル生物データベースです。ゲノム、遺伝子発現データ、遺伝子情報、解剖学と発生学情報...
運用機関:
University of Athens
生物種:
All
説明:
G タンパク質、GPCR およびエフェクター分子とそれらの相互作用に関するパブリックデータベースです。配列は、広範な文献検索に基づいて、異なるクラス、ファミリーおよびサブファミリーの階層に従って分類さ...
運用機関:
Wishart Lab, University of Alberta
生物種:
All
説明:
詳細な毒素データと包括的な毒素標的情報を組み合わせたバイオインフォマティクスリソースです。カテゴリーからのブラウジングの他、テキスト、構造やMSデータなどによる検索が可能です。
運用機関:
University College London
生物種:
All
説明:
タンパク質ドメイン構造の階層的な分類を収録したデータベースです。Protein Data Bankから得られたタンパク質構造は、自動および手作業で CATH階層： Class (C)、Architec...
運用機関:
Universite de Geneve
生物種:
Bacteria | Eukaryota | Vertebrata
説明:
真核生物のオーソロガスなタンパク質コード遺伝子のカタログを提供するリソースです。タンパク質コード遺伝子を最後の共通祖先（the last common ancestor ：LCA ）に従って分類し、種...
運用機関:
University of Maryland
生物種:
Homo sapiens
説明:
各疾患変異を遺伝子、タンパク質、またはドメイン位置によって表示するデータベースです。ヒトの全てのコーディング遺伝子の変異をタンパク質ドメインにマッピングし、関連する機能情報（結合部位ドメインの活性、触...
運用機関:
Trinity College Dublin
生物種:
All
説明:
IUBMB 酵素学名リストのデータにアクセスするための新たなツールとして開発されたデータベースです。MySQL データベースに格納されているデータは、IUPAC 標準に従い化学名のフォーマットを保存し...
運用機関:
Naturalis Biodiversity Center
生物種:
All
説明:
系統発生情報、特にユーザーから提出された系統樹とそれらを生成するために使用されたデータを集約したリポジトリです。本リポジトリは、すべての生物分類群を表すあらゆるタイプの系統発生データ（例えば、種の系統...
運用機関:
Toronto Hospital for Sick Children
生物種:
All
説明:
主要な公開相互作用データベースから得られたタンパク質相互作用データを統合したレポジトリです。リソースとなるデータベース、相互作用の種類、PSI MI番号、検出方法などの情報を収録しています。リソースデ...
運用機関:
生物種:
説明:
さまざまなアスペルギルス属の配列およびアノテーション付けプロジェクトから得られたアノテーション付き遺伝子データを閲覧できるリソースです。
運用機関:
National Toxicology Program (NTP), NIEHS, NIH
生物種:
All
説明:
毒物ゲノミクスデータの統合公開リポジトリです。研究デザインおよびスケジュール、臨床化学的および組織病理学的所見、ならびにマイクロアレイデータおよびプロテオミクスデータが含まれます。また、化学物質および...
運用機関:
University of California Los Angeles, University of Missouri, University of North Carolina, The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus
説明:
科学的に価値のある遺伝子改変マウス系統およびマウスES細胞株を配布および凍結保存するリソースです。変異遺伝子の位置や種類、表現型、コロニーの状態などの情報を収録しています。
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus
説明:
ヒト疾患を理解するために有効な変異マウスのデータベースです。遺伝情報、表現型、疾患、分与の情報などを収録しています。キーワードによる検索の他、変異の種類（ターゲット、トランスジェニック、コンジェニック...
運用機関:
Frederick National Laboratory for Cancer Research, University of Arkansas for Medical Sciences
生物種:
Canis lupus familiaris | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
誰でもアクセス･ダウンロードすることが可能な、がんの医療画像の大規模なアーカイブです。すべての画像は DICOM ファイル形式で保存されています。画像は、疾患名、疾患部位、画像の種類（MRI、CTなど...
運用機関:
SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
All
説明:
３次元タンパク質構造モデルのデータベースです。関係性のあるモデル生物の自動的な相同性モデリングやUniProtKBに収録された配列に関する実験的情報を収録しています。この構造モデルは、タンパク質配列の...
運用機関:
SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
All
説明:
手作業で付されたタンパク質のアノテーションに基づき、タンパク質を同定し、半自動的にアノテーション付けするシステムです。よく保存されたファミリーまたはサブファミリーの一部であるタンパク質が対象です。HA...
運用機関:
Thomas lab, University of Southern California
生物種:
All
説明:
タンパク質とその遺伝子を機能により分類するユニークなリソースです。進化的な関連によるファミリー、分子自体の機能、生物学的な生体プロセス、反応などのパスウェイに基づきタンパク質を分類しています。公開され...
運用機関:
SRI International
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの代謝パスウェイとヒトゲノムを記述するバイオインフォマティクスデータベースです。ヒトの代謝マップを中心に、反応と関連酵素、パスウェイなどの情報を収録しています。遺伝子、タンパク質、代謝物、反応、パ...
運用機関:
Brinkman Laboratory, Simon Fraser University
生物種:
Bos taurus | Homo sapiens | Mammalia | Mus musculus
説明:
遺伝子およびタンパク質、特に哺乳動物の自然免疫に関与する相互作用およびシグナル伝達応答についての、手動でキュレーションされたデータベースです。公開されているいくつかの主要なデータベースからの相互作用と...
運用機関:
生物種:
All
説明:
あらゆる生物界の生命から得られたペルオキシダーゼ配列のデータベースです。得られた生物種、機能分類（クラス）、配列の情報を収録しています。クラス、生物種、存在する組織や細胞による絞り込みが可能です。また...
運用機関:
Structural Bioinformatics and Network Biology Group
生物種:
All
説明:
高分解能で３次元構造が解明されたタンパク質におけるドメイン - ドメイン間相互作用のコレクションです。構造情報を利用し、相互作用がどのように起こるかを理解する上で必要となる重要な分子の詳細情報（ドメイ...
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute
生物種:
Vertebrata
説明:
配列決定が完了した脊椎動物のゲノム配列に手作業で付された高品質なアノテーションを収集したリポジトリです。マウスのノックアウトおよびヒトLOF転写産物を含む遺伝子、MHCおよびLRC領域、NODマウスの...
運用機関:
生物種:
説明:
ターゲットタンパク質の登録データベースです。構造決定のために選択されたターゲットタンパク質に関する実験の進行･状態に関する情報を収録しています。
Protein Structure Initiativ...
運用機関:
生物種:
説明:
Protein Data Bank にアーカイブされたタンパク質、核酸、複合体の３次元構造を活用するリソースです。PDBデータの登録、生物種やアミノ酸配列、リガンド、薬剤などによるデータの検索、３次元...
運用機関:
Rutgers, The State University of New Jersey
生物種:
All
説明:
タンパク質と核酸に結合した小分子のデータリソースです。PDBの構造データから特定の低分子を含む構造エントリーを特定し、PDBエントリ内の小分子成分の3D構造をダウンロードするためのツールを提供していま...
運用機関:
Royal Society of Chemistry
生物種:
説明:
ウェブ全体から手動で収集した、化合物に関する情報を自由に利用することができるコレクションです。化学構造および関連情報を、単一の検索可能なリポジトリエントリーに集約しています。これらのエントリーは、追加...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）